代謝ネットワークの再構築による天然化合物の設計原理の抽出

2010 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 20710156
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: ゲノム情報科学
• 研究機関: 京都大学
• 研究代表者: 荒木 通啓 京都大学, 先端技術グローバルリーダー養成ユニット, 准教授 (40396867)
• 研究期間 (年度): 2008 – 2010
• キーワード: 代謝工学 / 合成生物学 / バイオインフォマティクス / ケモインフォマティクス

研究概要

天然化合物の設計には、化合物構造に記録された設計情報を抽出し、代謝ネットワーク情報の再構築をもとにした体系的な設計フレームを構築する必要がある。このために本研究では、天然化合物の表現方法の開発、代謝ネットワーク情報の再構築、解析アルゴリズムの開発、について検討を行った。この結果、本研究で提案する体系的な化合物表現方法が、従来方法よりも生合成情報を反映しており、任意の天然化合物に対して設計ルートの提案が可能であることを示した。

研究成果

• [雑誌論文] A Web Tool for Expression Pattern-Based Data Retrieval and Relevant Network Discovery fromvast Public Microarray Database (2009)
  • 著者名/発表者名: Feng, C., Araki, M., etal.
  • 雑誌名: GIW2009,PosterAbstracts P056 ページ: Yokohama
  • 査読あり
• [雑誌論文] GEM-TREND : a web tool for gene expression datamining toward relevant network discovery (2009)
  • 著者名/発表者名: Feng, C., Araki, M., etal.
  • 雑誌名: BMCG enomics 10 ページ: 411
  • 査読あり
• [雑誌論文] Extraction and analysis of chemical modification patterns in drugdevelopment (2009)
  • 著者名/発表者名: Shigemizu, D., Araki, M., Okuda, S., etal.
  • 雑誌名: Journal of Chemical Information and Modeling 49(4) ページ: 1122-1129
  • 査読あり
• [雑誌論文] Analysis of Chemical Modification Patterns Extracted from KEGG Drug Structure Maps (2009)
  • 著者名/発表者名: Shigemizu, D., Araki, M., Okuda, S., etal.
  • 雑誌名: IBSB2009 Boston
  • 査読あり
• [雑誌論文] Predictionof drug-target interaction networks from the integration of chemical and genomic spaces (2008)
  • 著者名/発表者名: Yamanishi, Y., Araki, M., Gutteridge, A., etal.
  • 雑誌名: Bioin for matics(ISMB2008) 24 ページ: i232-i240
  • 査読あり
• [雑誌論文] KEGG for linking genomes to life and the environment (2008)
  • 著者名/発表者名: Kanehisa, M., Araki, M., etal.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 36 ページ: D480-484
  • 査読あり
• [学会発表] 合成生物事始め (2011)
  • 著者名/発表者名: 荒木通啓
  • 発表場所: 三菱化学科学技術センター横浜
  • 年月日: 2011-03-05
• [学会発表] retrobiosynthesisに向けた天然化合物のアーキテクチャ解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 荒木通啓
  • 学会等名: 第3回医薬品研究会
  • 発表場所: 東京大学医科学研究所
  • 年月日: 2010-08-02
• [学会発表] 医薬品-臨床知識統合データベースの構築 (2010)
  • 著者名/発表者名: 馮春来、荒木通啓、他
  • 学会等名: 日本薬学会第130年会
  • 発表場所: 岡山
  • 年月日: 2010-03-29
• [学会発表] 医薬品-疾病作用情報データベース (2009)
  • 著者名/発表者名: 荒木通啓、馮春来、他
  • 学会等名: 日本薬学会第129年会
  • 発表場所: 京都
  • 年月日: 2009-03-26
• [学会発表] 統合型薬学情報ナビゲーションシステムの開発 (2009)
  • 著者名/発表者名: 多門啓子、牧口大旭、荒木通啓、他
  • 学会等名: 日本薬学会第129年会
  • 発表場所: 京都
  • 年月日: 2009-03-26
• [学会発表] ケミカルゲノミクス情報を用いた標的タンパク質の予測法の開発 (2009)
  • 著者名/発表者名: 藤田淳人、藪内弘昭、小川哲平、荒木通啓、他
  • 学会等名: 日本薬学会第129年会
  • 発表場所: 京都
  • 年月日: 2009-03-26
• [産業財産権] 合成経路作成装置、合成経路作成方法及び合成経路作成プログラムならびに3‐ヒドロキシプロピオン酸の製造方法 (2010)
  • 発明者名: 荒木通啓、宮奥康平、谷口岳志
  • 権利者名: 三菱化学株式会社
  • 産業財産権番号: 特願,2010‐281794
  • 出願年月日: 2010-12-17