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2008 年度 実績報告書

原生生物有中心粒太陽虫のEST解析

研究課題

研究課題/領域番号 20770062
研究機関筑波大学

研究代表者

坂口 美亜子  筑波大学, 大学院・生命環境科学研究科, 研究員 (50400651)

キーワード分子系統 / 原生生物 / 太陽虫 / 最尤法 / 分子進化
研究概要

有中心粒太陽虫の一種Raphidiophrys contractilisを材料として、この生物グループと他の真核生物グループとの系統関係を明らかにし、また真核生物における有中心粒太陽虫の系統的位置を解明することを目的として、すでに作製してあるR. contractilisのcDNAライブラリを用いて大規模データセットによる分子系統解析を行うことを目指した。得られたコロニーからプラスミド抽出を行って片鎖シーケンスによる遺伝子の配列を決定したところ、約100遺伝子の配列が得られた。そこで他の真核生物においてそれらに対応する遺伝子配列を各データベースから収集し、データセットを作成した。
まず前段階の解析として、43個のリボソームタンパク質遺伝子と6個の遺伝子(actin, α-tubulin, β-tubulin, elongation factor 2, heat shock protein 70及び90)を合わせた7779アミノ酸サイトを用いた最尤法による連結分子系統解析を行ったところ、他の真核生物グループ間の近縁性は従来の解析結果のように再現されたが、有中心粒太陽虫は他のどの生物グループとも近縁性を示さず、真核生物におけるこの生物グループの系統的位置は明らかとはならなかった。
今後はさらにデータセットを大きくし、情報量をさらに増やして連結遺伝子による再解析を行う予定である。

  • 研究成果

    (2件)

すべて 2009 2008

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件) 学会発表 (1件)

  • [雑誌論文] Tracing back EFL gene evolution in the cryptomonads-haptophy tes assemblage : Separate origins of EFL genes in haptophytes, photosynthetic cryptomonads, and goniomonads2009

    • 著者名/発表者名
      M. Sakaguchi, K. Takishita, T. Matsumoto, T. Hashimoto, Y. I nagaki
    • 雑誌名

      Gene (印刷中)(掲載確定)

    • 査読あり
  • [学会発表] Updating the distribution of elongation factor-like genes in euk aryotes2008

    • 著者名/発表者名
      M. Sakaguchi, K. Takishita, T. Matsumoto, T. Hashimoto, Y. I nagaki
    • 学会等名
      International society for evolutionary proti stology
    • 発表場所
      カナダ・ハリファックズ大学
    • 年月日
      2008-07-23

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公開日: 2010-06-11   更新日: 2016-04-21  

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