質量分析法と重水素交換を用いたリボゾームの反応機序とダイナミクスの研究

2010 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 20770129
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 生物物理学
• 研究機関: 慶應義塾大学
• 研究代表者: 山本 竜也 慶應義塾大学, 医学部, 助教 (70437573)
• 研究期間 (年度): 2008 – 2010
• キーワード: タンパク質 / 核酸の構造 / 動態 / 機能

研究概要

タンパク質はリボソームによって合成されるが(翻訳)、その様子はリボソームが50以上のタンパク質と3つRNA から成る巨大な複合体(2.3MDa)であるため、溶液中で詳細に観察されてこなかった。本研究によって、タンパク質合成過程の中の「転移」について、質量分析法と重水素交換を用いることで52リボソームタンパク質の構造変化の程度を実際に働いている時間スケール(ミリ秒)で一斉検出することに成功した。

研究成果

• [雑誌論文] Application of micro-reactor chip technique for millisecond quenching of deuterium incorporation into 70S ribosomal protein complex (2011)
  • 著者名/発表者名: Tatsuya Yamamoto, Yoshihiro Shimizu, Takuya Ueda, Yoshitsugu Shiro, Makoto Suematsu
  • 雑誌名: International Journal of Mass Spectrometry 302 ページ: 132-138
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mg2+ dependence of 70 s ribosomal protein flexibility revealed by hydrogen/deuterium exchange and mass spectrometry (2010)
  • 著者名/発表者名: Tatsuya Yamamoto, Yoshihiro Shimizu, Takuya Ueda, Yoshitsugu Shiro
  • 雑誌名: The Journal of biological chemistry 285(8) ページ: 5646-5652
  • 査読あり
• [雑誌論文] 質量分析法による巨大タンパク質複合体ダイナミクスの研究 (2008)
  • 著者名/発表者名: 山本竜也
  • 雑誌名: 生物物理 48(6) ページ: 345-346
  • 査読あり
• [学会発表] H/D 交換と質量分析によって観測されたMg2+に依存した70Sリボソームの柔軟性 (2010)
  • 著者名/発表者名: 山本竜也・清水義宏・上田卓也・城宜嗣
  • 学会等名: 第58回質量分析総合討論会/第1回アジア・オセアニア質量分析会議、招待講演
  • 発表場所: くば国際会議場
  • 年月日: 20100615-20100618
• [学会発表] 巨大蛋白質複合体のダイナミクスを働いているタイムスケールで観察する (2010)
  • 著者名/発表者名: 山本竜也
  • 学会等名: BMS シンポジウム 「機能するタンパク質の構造を探る」招待講演
  • 発表場所: 微生物化学研究所(東京)
  • 年月日: 2010-12-11
• [学会発表] 70S ribosomal-protein dynamics in translocation revealed by H/D exchange and mass spectrometry (2009)
  • 著者名/発表者名: 山本竜也・清水義宏・上田卓也・城宜嗣
  • 学会等名: シンポジウム「分子アンサンブル2009」
  • 発表場所: 和光市
  • 年月日: 20091207-20091209
• [学会発表] H/D交換と質量分析法を用いた転移過程における70Sリボソーム蛋白質のダイナミクス研究 (2009)
  • 著者名/発表者名: 山本竜也・清水義宏・上田卓也・城宜嗣
  • 学会等名: 第11回RNA ミーティング
  • 発表場所: 新潟市
  • 年月日: 20090727-20090729
• [学会発表] 70S Ribosomal-protein dynamics in translocation revealed by H/D exchange and mass spectrometry (2009)
  • 著者名/発表者名: Tatsuya Yamamoto、Yoshihiro Shimizu、Takuya Ueda 、Yoshitsugu Shiro
  • 学会等名: 57th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics
  • 発表場所: Philadelphia USA
  • 年月日: 20090531-20090604
• [学会発表] H/D 交換と質量分析法を用いた転移過程における70Sリボソーム蛋白質のダイナミクス研究 (2009)
  • 著者名/発表者名: 山本竜也・清水義宏・上田卓也・城宜嗣
  • 学会等名: 第57回質量分析総合討論会
  • 発表場所: つくば市
  • 年月日: 20090513-20090515
• [学会発表] H/D交換と質量分析法を用いた転移過程における70Sリボソーム蛋白質のダイナミクス研究 (2008)
  • 著者名/発表者名: 山本竜也・清水義宏・上田卓也・城宜嗣
  • 学会等名: BMB2008
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 20081209-20081212
• [学会発表] H/D 交換と質量分析法によるリボソーム/EF-G複合体のダイナミクス解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 山本竜也・清水義宏・上田卓也・城宜嗣
  • 学会等名: 日本生物物理学会第46回年会
  • 発表場所: 福岡
  • 年月日: 20081203-20081205
• [学会発表] H/D 交換と質量分析法による70Sリボソーム蛋白質ダイナミクスのMg2+濃度依存性解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 山本竜也・清水義宏・上田卓也・城宜嗣
  • 学会等名: 第10回RNAミーティング
  • 発表場所: 札幌
  • 年月日: 20080723-20080725
• [学会発表] 70Sリボソーム蛋白質ダイナミクスのMg2+濃度依存性解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 山本竜也・城宜嗣
  • 学会等名: 第56回質量分析総合討論会
  • 発表場所: つくば
  • 年月日: 20080514-20080516
• [学会発表] Mg2+ concentration-dependence of 70S ribosomal-protein dynamics revealed by H/D exchange and mass spectrometry (2008)
  • 著者名/発表者名: Tatsuya Yamamoto, Yoshitsugu Shiro
  • 学会等名: 56th ASMS Conference on Mass Spectrometry
  • 発表場所: Denver, USA
  • 年月日: 20080501-20080505
• [備考] ホームページ等
  • URL: http://web.keio.jp/?dynamics/