ヒト全マイクロRNA発現ベクターライブラリの構築とそれを用いた標的制御機構の解明

2008 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 20770133
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 内藤 雄樹 東京大学, 大学院・理学系研究科, 特任助教 (60451829)
• キーワード: マイクロRNA

研究概要

マイクロRNA(miRNA)の機能を解明するための基盤を構築すると同時に, miRNAによる遺伝子の発現制御ネットワークの全体像を理解することを目的として, ヒト全miRNAの発現ベクターライブラリの構築およびmiRNAの活性を定量的にモニタリングできる「miRNAセンサー」の構築をおこなった. miRBase release 12. 0(2008年9月)に収録されたヒトの前駆体miRNA(pre-miRNA)は695種であり, それらから生成される成熟miRNAは866種であった. miRNA発現ベクターについては, これらの前駆体miRNA配列をゲノムにマッピングし, その前後約200塩基対を含む領域をPCRで増幅するためのプライマーを作成した. ヒトのゲノムDNAを鋳型にPCRで当該領域を増幅し, 発現ベクターに挿入してmiRNA発現ベクターを構築している. 平成21年度も継続して構築を進める予定である. miRNAセンサーについては, 前述の成熟miRNAの標的配列を合成DNAオリゴヌクレオチドで作成した. これらをルシフェラーゼ遺伝子の下流部分に挿入し, miRNAの活性を定量的に評価できるベクターを構築している. 平成21年度も継続して構築を進める予定である.

研究成果

• [雑誌論文] Experimental validation of published siRNA design algorithms. (2009)
  • 著者名/発表者名: Naito, Y. ら
  • 雑誌名: Small Interfering RNA : New Research 印刷中(掲載確定)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Evaluation of published rational siRNA design algorithms using firefly luciferase gene as a reporter. (2008)
  • 著者名/発表者名: Naito, Y. ら
  • 雑誌名: RNA interference research progress ページ: 3-11
  • 査読あり
• [雑誌論文] Thermodynamic stability and Watson-Crick base pairing in the seed duplex are major determinants of the efficiency of the siRNA-based off-target effect. (2008)
  • 著者名/発表者名: Ui-Tei, K. ら
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 36 ページ: 7100-7109
  • 査読あり