ヒト全マイクロRNA発現ベクターライブラリの構築とそれを用いた標的制御機構の解明

2010 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 20770133
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 分子生物学
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 内藤 雄樹 東京大学, 大学院・理学系研究科, 特任助教 (60451829)
• 研究期間 (年度): 2008 – 2010
• キーワード: マイクロRNA

研究概要

マイクロRNA(miRNA)の機能を解明するための基盤を構築すると同時に,miRNAによる遺伝子の発現制御ネットワークの全体像を理解するために,ヒトmiRNAの発現ベクターライブラリの構築およびmiRNAの活性を定量的にモニタリングできる「miRNAセンサー」の構築をおこなった.またmiRNAの標的認識と類似の機構で起こるsiRNAのオフターゲット効果(副作用)が少ないsiRNAを設計できるウェブサーバsiDirect2.0を構築し公開した.

研究成果

• [雑誌論文] Designing functional siRNA with reduced off-target effects. (2011)
  • 著者名/発表者名: Naito Y, Ui-Tei K.
  • 雑誌名: Methods in Molecular Biology in press.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genome-wide identification and analysis of miRNAs complementary to upstream sequences of mRNA transcription start sites. (2010)
  • 著者名/発表者名: Narikawa K, Nishi K, Naito Y, Yonezawa S, Mazda M, Ui-Tei K.
  • 雑誌名: Gene Silencing : Theory, Techniques and Applications ページ: 287-319
  • 査読あり
• [雑誌論文] siDirect 2.0 : updated software for designing functional siRNA with reduced seed-dependent off-target effect. (2009)
  • 著者名/発表者名: Naito Y, Yoshimura J, Morishita S, Ui-Tei K.
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 10 ページ: 392
  • 査読あり
• [雑誌論文] Reduced base-base interactions between the DNA seed and RNA target are the major determinants of a significant reduction in the off-target effect due to DNA-seed-containing siRNA. (2009)
  • 著者名/発表者名: Ui-Tei K, Nishi K, Naito Y, Zenno S, Juni A, Saigo K.
  • 雑誌名: Proceedings of the 2009 Micro-Nano Mechatronics and Human Science(MHS2009) ページ: 298-304
  • 査読あり
• [雑誌論文] Functional shRNA expression system with reduced off-target effects. (2009)
  • 著者名/発表者名: Naito Y, Nishi K, Juni A, Ui-Tei K.
  • 雑誌名: Proceedings of the 2009 Micro-Nano Mechatronics and Human Science (MHS2009) ページ: 291-297
  • 査読あり
• [雑誌論文] Bipartite roles of the central region of the siRNA guide strand in RNA interference due to modified siRNA with a DNA seed arm. (2009)
  • 著者名/発表者名: Ui-Tei K, Naito Y, Zenno S, Nishi K, Juni A, Tanaka A, Saigo K.
  • 雑誌名: Research Advances in Nucleic Acids Research 3 ページ: 1-17
  • 査読あり
• [雑誌論文] Thermodynamic stability and Watson-Crick base pairing in the seed duplex are major determinants of the efficiency of the siRNA-based off-target effect. (2008)
  • 著者名/発表者名: Ui-Tei K, Naito Y, Nishi K, Juni A, Saigo K.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 36 ページ: 7100-7109
  • 査読あり
• [雑誌論文] DNA-modified siRNA-dependent gene silencing with reduced off-target effect is induced through a pathway parallel to that for siRNA-mediated RNA interference. (2008)
  • 著者名/発表者名: Ui-Tei K, Zenno S, Naito Y, Takahashi F, Nishi K, Juni A, Tanaka A, Saigo K.
  • 雑誌名: Proceedings of the 2008 Micro-Nano Mechatronics and Human Science (MHS2008) ページ: 339-345
  • 査読あり
• [雑誌論文] Evaluation of published rational iRNA design algorithms using firefly luciferase gene as a reporter. (2008)
  • 著者名/発表者名: Naito Y, Saigo K, Ui-Tei K.
  • 雑誌名: RNA interference research progress ページ: 3-11
  • 査読あり
• [学会発表] siDirect 2.0 : an Updated Website to Select Functional, Target-specific siRNA with Reduced Seed-dependent Off-target Effect for Mammalian Functional Genomics. (2010)
  • 著者名/発表者名: Naito Y, Yoshimura J, Morishita S, Ui-Tei K.
  • 学会等名: The 19th CDB Meeting "RNA Sciences in Cell and Developmental Biology"
  • 発表場所: Kobe.
  • 年月日: 2010-05-10
• [学会発表] siDirect2.0 : a website updated to select functional siRNA with reduced off-target effect for functional genomics. (2009)
  • 著者名/発表者名: 内藤雄樹, 吉村淳, 森下真一, 程久美子
  • 学会等名: 第32回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2009-12-11
• [学会発表] 高いゲノム多様性をもつHIV-1を標的とする至適siRNAの設計 (2009)
  • 著者名/発表者名: 内藤雄樹
  • 学会等名: 第20回日本数理生物学会年会
  • 発表場所: 札幌
  • 年月日: 2009-09-16
• [図書] Experimental validatio of published siRNA design algorithms(Small Interfering RNA : New Research) (2009)
  • 著者名/発表者名: Naito Y, Saigo K, Ui-Tei K.
  • 総ページ数: 185-194
  • 出版者: Nova Science Publishers.
• [備考] siDirect 2.0ウェブサーバ
  • URL: http://siDirect2.RNAi.jp/