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2008 年度 実績報告書

全ゲノム配列を用いた嗅覚および他の化学受容体遺伝子ファミリーの比較進化解析

研究課題

研究課題/領域番号 20770192
研究機関東京医科歯科大学

研究代表者

新村 芳人  東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 准教授 (90396979)

キーワード嗅覚受容体 / 化学受容 / 多重遺伝子族 / 比較ゲノム / 分子進化 / 脊椎動物 / 霊長類 / バイオインフォマティクス
研究概要

今年度は以下の研究を行った。
1. 霊長類の進化過程における嗅覚の変化を知るために、マカクザル・チンパンジー・ヒトのゲノム配列から全嗅覚受容体(OR)遺伝子を決定し、詳細な分子進化解析を行った。その結果、従来言われていた説とは異なり、ヒト・チンパンジー間でOR機能遺伝子数、偽遺伝子の比率、偽遺伝子化の速度にはほとんど差がないことを明らかにした。一方、ヒト・チンパンジー間でオーソロガスな機能遺伝子は約75%しか存在せず、両者のOR遺伝子レパートリーは大きく異なっていることも明らかにした。本研究は京都大学霊長類研究所の郷康広博士と共に行い、その結果は国際誌Molecular Biology and Evolutionに掲載された。
2. 脊椎動物OR遺伝子ファミリーの起源と初期進化を知るために、ナメクジウオ・ホヤ・ヤツメウナギ・ギンザメ・5種の硬骨魚・カエル・トカゲ・ニワトリの全ゲノム配列からOR遺伝子を同定し、分子進化解析を行った。その結果、以下のことを明らかにした。(1) ナメクジウオは嗅覚器をもたないが、脊椎動物型のOR遺伝子をもつ。従って、OR遺伝子ファミリーの起源は脊索動物の共通祖先にまで遡る。(2) 尾索動物(ホヤ)の系統ではOR遺伝子は失われた。(3) 系統樹上でOR遺伝子に含まれるいくつかのグループは、実際には嗅覚受容体ではない。(4) 水棲の脊椎動物と陸棲の脊椎動物ではOR遺伝子レパートリーが大きく異なる。(5) 少数のOR遺伝子のグループは、水棲・陸棲の脊椎動物両方に存在する。以上の結果は、国際誌Genome Biology and Evolutionに掲載予定である。
以上の研究成果は、国内外の学会やシンポジウムで発表した。また、ペンシルバニア州立大学の根井正利教授、野澤昌史博士とともに、国際誌Nature Reviews Geneticsに化学受容体遺伝子の進化に関するレビューを執筆した。

  • 研究成果

    (17件)

すべて 2009 2008

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件) 学会発表 (14件)

  • [雑誌論文] On the origin and evolution of vertebrate olfactory receptor genes : Comparative genome analysis among 23 chordate species2009

    • 著者名/発表者名
      Yoshihito Niimura
    • 雑誌名

      Genome Biology and Evolution (in press)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Similar numbers but different repertoires of olfactory receptor genes in humans and chimpanzees2008

    • 著者名/発表者名
      Yasuhiro Go, Yoshihito Niimura
    • 雑誌名

      Molecular Biology and Evolution 25

      ページ: 1897-1907

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The evolution of animal chemosensory receptor gene repertoires : roles of chance and necessity2008

    • 著者名/発表者名
      Masatoshi Nei, Yoshihito Niimura, Masafumi Nozawa
    • 雑誌名

      Nature Reviews Genetics 9

      ページ: 951-963

    • 査読あり
  • [学会発表] Evolution of vertebrate olfactory receptor gene families : From the viewpoint of comparative genomics2009

    • 著者名/発表者名
      Yoshihito Niimura
    • 学会等名
      The Joint Symposium of Institutes Network and Osaka University Global COE Symposium
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2009-01-31
  • [学会発表] On the Origin and Evolution of Vertebrate Olfactory Receptor Genes : Comparative Genome Analysis among 23 Chordate Species2008

    • 著者名/発表者名
      新村芳人
    • 学会等名
      BMB2008(第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会合同大会)
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      2008-12-12
  • [学会発表] On the origin and evolution of olfactory receptor gene families in vertebrates2008

    • 著者名/発表者名
      Yoshihito Niimura
    • 学会等名
      The 6th International Symposium on Molecular and Neural Mechanisms of Taste and Olfactory Perception
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      2008-12-07
  • [学会発表] たんぱく質問相互作用ネットワークの進化における非同類結合性の生成について2008

    • 著者名/発表者名
      長谷武志、新村芳人、神沼二眞、田中博
    • 学会等名
      日本生物物理学会2008年年会
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      2008-12-03
  • [学会発表] Evolution of olfactory receptor genes in primates2008

    • 著者名/発表者名
      Matsui A, Go Y, Niimura Y
    • 学会等名
      Biodiversity and Evolution gCOE the 2nd International Symposium
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2008-11-21
  • [学会発表] 霊長目における嗅覚受容体遺伝子ファミリーの進化2008

    • 著者名/発表者名
      松井淳、郷康広、新村芳人
    • 学会等名
      日本味と匂い学会第42回大会
    • 発表場所
      富山
    • 年月日
      2008-09-17
  • [学会発表] 脊椎動物嗅覚受容体遺伝子ファミリーの起源と進化2008

    • 著者名/発表者名
      新村芳人
    • 学会等名
      日本進化学会第10回大会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2008-08-22
  • [学会発表] 霊長目における嗅覚受容体遺伝子ファミリーの進化2008

    • 著者名/発表者名
      松井淳、郷康広、新村芳人
    • 学会等名
      日本進化学会第10回大会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2008-08-22
  • [学会発表] 蛋白質問相互作用ネットワークを再現する進化モデルの構築2008

    • 著者名/発表者名
      長谷武志、新村芳人、神沼二眞、田中博
    • 学会等名
      日本進化学会第10回大会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2008-08-22
  • [学会発表] Comparative evolutionary analysis of the sequences upstream of the translation initiation codon in prokaryotes2008

    • 著者名/発表者名
      中川草、新村芳人、三浦謹一郎、五條堀孝
    • 学会等名
      日本進化学会第10回大会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2008-08-22
  • [学会発表] Extensive gains and losses of olfactory receptor genes in mammalian evolution2008

    • 著者名/発表者名
      Yoshihito Niimura, Yasuhiro Go, Masatoshi Nei
    • 学会等名
      XX International Congress of Genetics
    • 発表場所
      Berlin, Germany
    • 年月日
      2008-07-16
  • [学会発表] Diversity of preferred nucleotide sequences around the translation initiation codon in eukaryote genomes2008

    • 著者名/発表者名
      Nakagawa S, Niimura Y, Gojobori T, Tanaka H, Miura K
    • 学会等名
      XX International Congress of Genetics
    • 発表場所
      Berlin, Germany
    • 年月日
      2008-07-16
  • [学会発表] Similar numbers but different repertoires of olfactory receptor genes in humans and chimpanzees2008

    • 著者名/発表者名
      Yoshihito Niimura, Yasuhiro Go
    • 学会等名
      Annual Meeting of the Society for Molecular Biology and Evolution
    • 発表場所
      Barcelona, Spain
    • 年月日
      2008-06-06
  • [学会発表] Comparative genomic analysis of the nucleotide sequences upstream of the translation initiation codon in prokaryotes2008

    • 著者名/発表者名
      Nakagawa S, Niimura Y, Gojobori T, Tanaka H, Miura K
    • 学会等名
      Annual Meeting of the Society for Molecular Biology and Evolution
    • 発表場所
      Barcelona, Spain
    • 年月日
      2008-06-06

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公開日: 2010-06-11   更新日: 2016-04-21  

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