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2010 年度 研究成果報告書

全ゲノム配列を用いた嗅覚および他の化学受容体遺伝子ファミリーの比較進化解析

研究課題

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研究課題/領域番号 20770192
研究種目

若手研究(B)

配分区分補助金
研究分野 進化生物学
研究機関東京医科歯科大学

研究代表者

新村 芳人  東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 准教授 (90396979)

研究期間 (年度) 2008 – 2010
キーワード嗅覚受容体 / 化学受容 / 遺伝子ファミリー / 比較ゲノム / 分子進化 / 脊椎動物 / 霊長類 / バイオインフォマティクス
研究概要

環境中の匂い分子は、嗅覚受容体(olfactory receptor, OR)によって検出される。匂いの多様性に対応して、脊椎動物ゲノム中には非常に多数のOR遺伝子が存在する。本研究では、霊長類の進化過程において、嗅覚の退化(OR遺伝子の減少)と色覚の進化(三色色覚の獲得)との関連性を調べた。その結果、従来の説とは異なり、両者は直接リンクしていないことを示した。また、ナメクジウオ(脊椎動物の祖先に相当する種)を含む多数の脊索動物ゲノムを用いた網羅的解析を行い、OR遺伝子ファミリーの起源と初期進化の過程を明らかにした。

  • 研究成果

    (24件)

すべて 2011 2010 2009 2008 その他

すべて 雑誌論文 (9件) (うち査読あり 8件) 学会発表 (14件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] hzAnalyzer : detection, quantification, and visualization of contiguous homozygosity in high-density genotyping datasets.2011

    • 著者名/発表者名
      Todd A Johnson, Yoshihito Niimura, Hiroshi Tanaka, Yusuke Nakamura, Tatsuhiko Tsunoda
    • 雑誌名

      Genome Biol. 12

      ページ: R21

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Difference in gene duplicability may explain the difference in overall structure of protein-protein interaction networks among eukaryotes.2010

    • 著者名/発表者名
      Takeshi Hase, Yoshihito Niimura, Hiroshi Tanaka
    • 雑誌名

      BMC Evol.Biol. 10

      ページ: 358

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Dynamic evolution of translation initiation mechanisms in prokaryotes.2010

    • 著者名/発表者名
      So Nakagawa, Yoshihito Niimura, Kin-ichiro Miura, Takashi Gojobori
    • 雑誌名

      Proc.Natl.Acad.Sci.USA 107

      ページ: 6382-6387

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Degeneration of olfactory receptor gene repertories in primates: No direct link to full trichromatic vision.2010

    • 著者名/発表者名
      Atsushi Matsui, Yasuhiro Go, Yoshihito Niimura
    • 雑誌名

      Mol.Biol.Evol. 27

      ページ: 1192-1200

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Evolutionary dynamics of olfactory receptor genes in chordates : Interaction between environments and genomic contents.2009

    • 著者名/発表者名
      Yoshihito Niimura
    • 雑誌名

      Human Genomics 4

      ページ: 107-118

    • 査読あり
  • [雑誌論文] On the origin and evolution of vertebrate olfactory receptor genes : Comparative genome analysis among 23 chordate species.2009

    • 著者名/発表者名
      Yoshihito Niimura
    • 雑誌名

      Genome Biol.Evol. 1

      ページ: 34-44

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 嗅覚受容体遺伝子ファミリーの進化ダイナミクス-ゲノムと環境の相互作用-2009

    • 著者名/発表者名
      Yoshihito Niimura
    • 雑誌名

      実験医学 (12月号)27

      ページ: 3093-3102

  • [雑誌論文] The evolution of animal chemosensory receptor gene repertoires : roles of chance and necessity.2008

    • 著者名/発表者名
      Masatoshi Nei, Yoshihito Niimura, Masafumi Nozawa
    • 雑誌名

      Nat.Rev.Genet. 9

      ページ: 951-963

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Similar numbers but different repertoires of olfactory receptor genes in humans and chimpanzees.2008

    • 著者名/発表者名
      Yasuhiro Go, Yoshihito Niimura
    • 雑誌名

      Mol.Biol.Evol. 25

      ページ: 1897-1907

    • 査読あり
  • [学会発表] Diversity of olfactory receptor gene repertoires among 38 mammals2011

    • 著者名/発表者名
      Yoshihito Niimura
    • 学会等名
      Penn State SMBE Symposium on Molecular and Genomic Evolution
    • 発表場所
      State College, USA
    • 年月日
      2011-03-19
  • [学会発表] Diversity of olfactory receptor gene repertoires among 38 mammals2011

    • 著者名/発表者名
      Yoshihito Niimura
    • 学会等名
      The 20the CDB Meeting : Molecular Bases for Evolution of Complex Traits
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      2011-02-23
  • [学会発表] 脊椎動物嗅覚受容体遺伝子ファミリーの進化-環境に応じて変化するゲノム-2010

    • 著者名/発表者名
      新村芳人
    • 学会等名
      日本遺伝学会第82回大会
    • 発表場所
      札幌
    • 年月日
      2010-09-22
  • [学会発表] 脊椎動物嗅覚受容体遺伝子ファミリーの進化-環境に応じて変化するゲノム-2010

    • 著者名/発表者名
      新村芳人
    • 学会等名
      第12回日本進化学会大会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2010-08-04
  • [学会発表] Evolutionary dynamics of olfactory receptor genes in vertebrates : Interaction between environments and genomic contents2010

    • 著者名/発表者名
      Yoshihito Niimura
    • 学会等名
      Asian Young Researchers Conference on Computational and Omics Biology
    • 発表場所
      台南、台湾
    • 年月日
      2010-03-11
  • [学会発表] Evolution of olfactory receptor genes in vertebrates : From the viewpoint of comparative genomics2009

    • 著者名/発表者名
      Yoshihito Niimura
    • 学会等名
      8th Surugadai International Symposium
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2009-09-09
  • [学会発表] 霊長類ゲノム配列を用いた嗅覚受容体遺伝子の比較解析:ヒトの嗅覚は他の霊長類よりも劣っているのだろうか?2009

    • 著者名/発表者名
      松井淳、郷康広、新村芳人
    • 学会等名
      第11回日本進化学会大会
    • 発表場所
      札幌
    • 年月日
      2009-09-03
  • [学会発表] On the origin and evolution of vertebrate olfactory receptor genes : Comparative genome analysis among 23 chordate species2009

    • 著者名/発表者名
      Yoshihito Niimura
    • 学会等名
      12th Congress European Society for Evolutionary Biology
    • 発表場所
      Turin, Italy
    • 年月日
      2009-08-25
  • [学会発表] On the origin and evolution of vertebrate olfactory receptor genes : Comparative genome analysis among 23 chordate species2009

    • 著者名/発表者名
      Yoshihito Niimura
    • 学会等名
      Annual Meeting of the Society for Molecular Biology and Evolution
    • 発表場所
      Iowa City, USA
    • 年月日
      2009-06-04
  • [学会発表] Evolution of vertebrate olfactory receptor gene families : From the viewpoint of comparative genomics2009

    • 著者名/発表者名
      Yoshihito Niimura
    • 学会等名
      The Joint Symposium of Institutes Network and Osaka University Global COE Symposium
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2009-01-31
  • [学会発表] On the origin and evolution of olfactory receptor gene families in vertebrates2008

    • 著者名/発表者名
      Yoshihito Niimura
    • 学会等名
      The 6th International Symposium on Molecular and Neural Mechanisms of Taste and Olfactory Perception
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      2008-12-07
  • [学会発表] 脊椎動物嗅覚受容体遺伝子ファミリーの起源と進化2008

    • 著者名/発表者名
      新村芳人
    • 学会等名
      日本進化学会第10回大会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2008-08-22
  • [学会発表] Extensive gains and losses of olfactory receptor genes in mammalian evolution2008

    • 著者名/発表者名
      Yoshihito Niimura, Yasuhiro Go, Masatoshi Nei
    • 学会等名
      XX International Congress of Genetics
    • 発表場所
      Berlin, Germany
    • 年月日
      2008-07-16
  • [学会発表] Similar numbers but different repertoires of olfactory receptor genes in humans and chimpanzees2008

    • 著者名/発表者名
      Yoshihito Niimura, Yasuhiro Go
    • 学会等名
      Annual Meeting of the Society for Molecular Biology and Evolution
    • 発表場所
      Barcelona, Spain
    • 年月日
      2008-06-06
  • [備考] ホームページ

    • URL

      http://bioinfo.tmd.ac.jp/~niimura/

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公開日: 2012-02-13   更新日: 2016-04-21  

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