AGEレセプター(RAGE)のリガンド認識にはそのコンフォメーション多形が寄与していると考えられる。そこで安定同位体標識したRAGEリガンド結合ドメインを調製し、リガンド非存在時のNMR緩和データを解析した。その結果、合わせて行ってた変異体解析より示唆されたリガンド結合領域において、コンフォメーション多形の存在が示された。そこで分子動力学計算によって、当該部位の構造アンサンブルを求めた。得られたターゲット構造に対して親和性の高い分子をin silicoで探索した。入手可能な低分子化合物について実際にRAGEリガンド結合ドメインとの結合親和性をELISAおよびSPRによって解析した。その結果、RAGEとの結合を示す化合物が得られた。また、RAGEの内在的リガンドとして、がんや炎症といった疾患に関与すると考えられるHMGB1およびS100蛋白質が注目されている。そこでHMGB1およびS100蛋白質について大腸菌の大量発現系を構築し、RAGEリガンド結合ドメインにおける相互作用部位を解析した。その結果、低分子リガンド中に、内在的リガンドと競合する可能性があるものを見出した。
|