形式文法に基づくRNAタンパク質相互作用予測

2009 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 20800023
• 研究種目: 若手研究(スタートアップ)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 生体生命情報学
• 研究機関: 京都大学
• 研究代表者: 加藤 有己 京都大学, 化学研究所, 研究員(科学研究) (10511280)
• 研究期間 (年度): 2008 – 2009
• キーワード: RNA2次構造 / RNA-RNA相互作用 / 形式文法 / タンパク質2次構造 / βシート / 動的計画法 / RNA-タンパク質相互作用

研究概要

本研究ではまず、形式文法を用いたRNA-RNA相互作用予測を行った。次に、形式文法によるタンパク質の2次構造のモデル化と、タンパク質配列における2次構造領域予測のための高速なアルゴリズムを開発した。さらに、RNA配列における結合部位予測のための、プロファイルに基づく効率的なアルゴリズムの開発を行った。いずれの手法に対しても実際の生物データを用いて予測性能評価を行い、既存研究に勝るとも劣らない予測精度を上げることに成功した。

研究成果

• [雑誌論文] Dynamic programming algorithms and grammatical modeling for protein beta-sheet prediction (2009)
  • 著者名/発表者名: Yuki Kato, Tatsuya Akutsu, Hiroyuki Seki
  • 雑誌名: Journal of Computational Biology vol.16,no.7 ページ: 945-957
  • 査読あり
• [雑誌論文] A grammatical approach to RNA-RNA interaction prediction (2009)
  • 著者名/発表者名: Yuki Kato, Tatsuya Akutsu, Hiroyuki Seki
  • 雑誌名: Pattern Recognition vol.42,issue4 ページ: 531-538
  • 査読あり
• [雑誌論文] Prediction of RNA secondary structure with pseudoknots using integer programming (2009)
  • 著者名/発表者名: Unyanee Poolsap, Yuki Kato, Tatsuya Akutsu
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics vol.10 ページ: 1
• [学会発表] Dynamic programming algorithms for RNA structure prediction with binding sites (2010)
  • 著者名/発表者名: Unyanee Poolsap, Yuki Kato, Tatsuya Akutsu
  • 学会等名: The Fifteenth Pacific Symposium on Biocomputing (PSB2010)
  • 発表場所: ハワイ
  • 年月日: 2010-01-07
• [学会発表] Pairwise RNA pseudoknotted structure prediction based on stochastic grammar (2009)
  • 著者名/発表者名: Nobuyoshi Mizoguchi, Yuki Kato, Hiroyuki Seki
  • 学会等名: The 20th International Conference on Genome Informatics (GIW2009)
  • 発表場所: 神奈川
  • 年月日: 2009-12-15
• [学会発表] Dynamic programming algorithms for RNA structure prediction with binding sites (2009)
  • 著者名/発表者名: Unyanee Poolsap, Yuki Kato, Tatsuya Akutsu
  • 学会等名: The 20th International Conference on Genome Informatics (GIW2009)
  • 発表場所: 神奈川
  • 年月日: 2009-12-14
• [学会発表] Prediction of interacting RNA secondary structures including binding sites (2009)
  • 著者名/発表者名: Yuki Kato
  • 学会等名: International Workshop on Computational methods for RNA analysis
  • 発表場所: スペイン
  • 年月日: 2009-08-05
• [学会発表] RNA pseudoknot prediction based on integer programming (2009)
  • 著者名/発表者名: Yuki Kato
  • 学会等名: International Workshop on Computational methods for RNA analysis
  • 発表場所: スペイン
  • 年月日: 2009-07-29
• [学会発表] Prediction of RNA secondary structures with binding sites using dynamic programming algorithm (2009)
  • 著者名/発表者名: Unyanee Poolsap, Yuki Kato, Tatsuya Akutsu
  • 学会等名: 情報処理学会バイオ情報学研究会
  • 発表場所: 沖縄
  • 年月日: 2009-05-26
• [学会発表] ペア確率多重文脈自由文法によるシュードノットつきRNA2次構造予測 (2009)
  • 著者名/発表者名: 田中翔, 加藤有己, 関浩之
  • 学会等名: 情報処理学会バイオ情報学研究会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2009-03-06
• [学会発表] Prediction of RNA secondary structure with pseudoknots using integer programming (2009)
  • 著者名/発表者名: Unyanee Poolsap, Yuki Kato, Tatsuya Akutsu
  • 学会等名: The Seventh Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2009)
  • 発表場所: 中国
  • 年月日: 2009-01-16
• [学会発表] Dynamic programming versus grammatical approach for protein beta-sheet prediction (2008)
  • 著者名/発表者名: Yuki Kato, Tatsuya Akutsu, Hiroyuki Seki
  • 学会等名: The 2008 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2008)
  • 発表場所: 大阪
  • 年月日: 2008-12-15
• [学会発表] An integer programming-based method of predicting RNA secondary structure with pseudoknots and its relation to simple linear tree adjoining grammar (2008)
  • 著者名/発表者名: Unyanee Poolsap, Yuki Kato, Tatsuya Akutsu
  • 学会等名: The 1st Thailand-Japan International Academic Conference 2008 (TJIA2008)
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2008-11-21
• [学会発表] Prediction of protein beta-sheets: dynamic programming versus grammatical approach (2008)
  • 著者名/発表者名: Yuki Kato, Tatsuya Akutsu, Hiroyuki Seki
  • 学会等名: Third IAPR Conference on Pattern Recognition in Bioinformatics (PRIB2008)
  • 発表場所: オーストラリア
  • 年月日: 2008-10-15
• [学会発表] Prediction of protein beta-sheets: dynamic programming versus grammatical approach (2008)
  • 著者名/発表者名: Yuki Kato, Tatsuya Akutsu, Hiroyuki Seki
  • 学会等名: 情報処理学会バイオ情報学研究会
  • 発表場所: 沖縄
  • 年月日: 2008-06-27
• [学会発表] Prediction of RNA secondary structure with pseudoknots using integer programming (2008)
  • 著者名/発表者名: Unyanee Poolsap, Yuki Kato, Tatsuya Akutsu
  • 学会等名: The 8th International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology (IBSB2008)
  • 発表場所: ドイツ
  • 年月日: 2008-06-09