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ゲノム中で遺伝子をコードしないジャンクと考えられていた配列が、実際にはRNAへと転写され、遺伝子発現の調整など重要な機能を細胞中で担っていることが明らかとなり、これら遺伝子をコードしないnon-coding RNAに関する研究が活発に行われるようになってきている。non-coding RNAが実際に細胞中でどのように発現し、働いているのか明らかにするには、注目するRNAを選択的に検出する技術の発展が必要不可欠である。本研究課題ではRNA配列を認識し、RNA鎖と二重鎖形成したときのみ蛍光を発する核酸検出プローブの開発を目指した。PET(Photoinduced Electron Transfer)により消光された蛍光発色団を導入したプローブオリゴが、標的RNA鎖とハイブリダイゼーションし、同時に3'末端に存在するcis-ジオールを認識することでPETが解消され蛍光が回復し、標的RNA鎖が配列特異的に検出できると期待した。まずモデルとして、核酸塩基部にcis-ジオールを認識し蛍光を発する発色団をもつヌクレオシドを合成し、そのRNA認識能を調べたところ、RNAが存在する時に蛍光が回復することが確かめられた。そこで、5'末端に上述の発色団をもつプローブオリゴの合成を試みた。この発色団をもつヌクレオシドをホスホロアミダイト法によってプローブオリゴへ導入するのは困難であった。そこで、活性エステル構造を有するオリゴヌクレオチドに対してアミノ基を有する蛍光発色団を導入する方法を試みた。これらの結果について、日本化学会春季年会において発表を行った。
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