FMO法による体内揺らぎを考慮した相互作用法の構築とプリオンタンパクへの応用

2009 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 20850020
• 研究種目: 若手研究(スタートアップ)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 物理化学
• 研究機関: 岐阜大学
• 研究代表者: 石川 岳志 岐阜大学, 人獣感染防御研究センター, 助教 (80505909)
• 研究期間 (年度): 2007 – 2009
• キーワード: 量子化学 / フラグメント分子軌道法 / プリオンタンパク質 / RI-MP2法

研究概要

本研究の目的は、生体分子内の相互作用を量子化学的に解析するための手法を構築し、それをプリオンタンパク質と薬剤候補化合物の相互作用解析に応用することである。研究期間を通じて、自身が開発しているFMO計算プログラム「PAICS」に相互作用を高速に計算するルーチンを導入し、少ない時間で複数構造に対し相互作用解析を行うことが可能となった。これらの計算結果を平均的に取り扱うことで、体内揺らぎを考慮しかつ量子化学的に相互作用を議論することができた。

研究成果

• [雑誌論文] Interaction analysis of the native structure of prion protein with quantum chemical calculations (2010)
  • 著者名/発表者名: T. Ishikawa, K. Kuwata
  • 雑誌名: J. Chem. Theor Comput. 6 ページ: 538-547
  • 査読あり
• [雑誌論文] Theoretical study of the prion protein based on the fragment molecular orbital method (2009)
  • 著者名/発表者名: T. Ishikawa, T. Ishikura, K. Kuwata
  • 雑誌名: J. Comput. Chem. 30 ページ: 2594-2601
  • 査読あり
• [雑誌論文] Fragment molecular orbital calculation with RI-MP2 method, T. Ishikawa (2009)
  • 著者名/発表者名: K. Kuwata
  • 雑誌名: Chem. Phys. Lett. 474 ページ: 195-198
  • 査読あり
• [雑誌論文] Acceleration of monomer self-consistent charge process in fragment molecular orbital method
  • 著者名/発表者名: T. Ishikawa, K. Kuwata
  • 雑誌名: C.B.I.J. (inpress)
  • 査読あり
• [学会発表] ランチョンセミナー:「次世代創薬への挑戦」 (2010)
  • 著者名/発表者名: 石川岳志
  • 学会等名: 第130回日本薬学会
  • 発表場所: 岡山
  • 年月日: 20100328-20100330
• [学会発表] Quantum chemical calculation of biomolecular systems based on fragment molecular orbital method (2009)
  • 著者名/発表者名: T. Ishikawa
  • 学会等名: International Symposium on Multi-Scale Dynamics of Protein Complex Fromations and Function
  • 発表場所: Tokyo, Japan
  • 年月日: 20090714-20090716
• [学会発表] シンポジウム「レアイベントから創薬へ」:量子化学計算に基づく創薬研究へのアプローチ～プログラム開発と生体分子への応用- (2008)
  • 著者名/発表者名: 石川岳志
  • 学会等名: 第46回生物物理学会
  • 発表場所: 福岡
  • 年月日: 20081203-20081205
• [図書] The FRAGMENT MOLECULAR ORBIAL METHOD: Practical Applications to Large Molecular Systems (2009)
  • 著者名/発表者名: T. Nakano, Y. Mochizuki, A. Kato, K. Fukuzawa, T. Ishikawa, S. Amaari, I. Kurisaki, S. Tanaka
  • 総ページ数: 37-62
  • 出版者: CRC Press, Boca Raton, FL
• [備考] PAICSのホームページ
  • URL: http://www.paics.net/