多種間の比較ゲノム解析による新規メチル化制御配列の同定

2009 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 20870008
• 研究種目: 若手研究(スタートアップ)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 遺伝・ゲノム動態
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 岡村 浩司 お茶の水女子大学, 生命情報学教育研究センター, 特任講師 (80456194)
• 研究期間 (年度): 2008 – 2009
• キーワード: ゲノムインプリンティング / DNAメチル化 / CpGアイランド / 齧歯目 / 重歯目

研究概要

ネズミ目およびウサギ目特異的インプリンティングを受ける遺伝子Impactに着目し、卵形成で新規メチル化を受けるDNA配列を、ビーバー、リスなど約30種の動物で決定し、メチル化シグナル同定を目指してインプリンティングを受けない哺乳類ゲノムと比較解析を行った。その結果、これまで重要と考えられてきたリピート配列や、CpGおよびG+C含量ではなく、CpGサイト間の間隔がアレル別メチル化の確立に関わっていることが示唆された。

研究成果

• [雑誌論文] Gradual transition from mosaic to global DNA methylation patterns during deuterostome evolution Kohji Okamura (2010)
  • 著者名/発表者名: Kazuaki A. Matsumoto, Kenta Nakai
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics (in press)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Characterization of the differentially methylated region of the Impact gene that exhibits Glires-specific imprinting (2008)
  • 著者名/発表者名: Kohji Okamura, Richard F. Wintle, Stephen W. Scherer
  • 雑誌名: Genome Biol 9 ページ: 160
  • 査読あり
• [学会発表] 哺乳類に見られるグローバルなメチル化パターンの起源 (2009)
  • 著者名/発表者名: 松本和晃, 岡村浩司, 中井謙太
  • 学会等名: 第32回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
  • 年月日: 2009-12-09
• [学会発表] 無脊椎動物ホヤの大規模転写開始点決定から探るCpGアイランドプロモータの進化 (2009)
  • 著者名/発表者名: 岡村浩司, 山下理宇, 滝本紀子, 西辻光希, 鈴木穣, 日下部岳広, 中井謙太
  • 学会等名: 第32回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
  • 年月日: 2009-12-09
• [学会発表] 新規プロモータ生成源としてのレトロ転移Retrotransposition as a source of new promoters (2009)
  • 著者名/発表者名: 岡村浩司, 中井謙太
  • 学会等名: 日本遺伝学会第81回大会
  • 発表場所: 信州大学
  • 年月日: 2009-09-17
• [学会発表] 筋肉ではたらくmicroRNAの機能と進化日下部りえ (2009)
  • 著者名/発表者名: 谷沙織, 工樂樹洋, 成瀬清, 宮本由紀, 岡村浩司, 中井謙太, 日下部岳広, 井上邦夫
  • 学会等名: 第15回小型魚類研究会
  • 発表場所: 名古屋大学
  • 年月日: 2009-09-13
• [学会発表] Characterization and definition of promoter-associated CpG islands in ascidian genomes (2009)
  • 著者名/発表者名: Kohji Okamura, Riu Yamashita, Noriko Takimoto, Koki Nishitsuji, Yutaka Suzuki, Takehiro G. Kusakabe, Kenta Nakai
  • 学会等名: The 5th International Tunicate Meeting
  • 発表場所: Okinawa Industry Support Center, Naha, Okinawa, Japan
  • 年月日: 2009-06-22
• [学会発表] Genomic organization and developmental expression of tunicate microRNAs (2009)
  • 著者名/発表者名: Saori Tani, Rie Kusakabe, Yuki Miyamoto, Kohji Okamura, Kenta Nakai, Takehiro G. Kusakabe, Kunio Inoue
  • 学会等名: The 5th International Tunicate Meeting
  • 発表場所: Okinawa Industry Support Center, Naha, Okinawa
  • 年月日: 2009-06-21
• [学会発表] Evolution and developmental expression of chordate microRNAs Rie Kusakabe (2009)
  • 著者名/発表者名: Saori Tani, Shigehiro Kuraku, Yuki Miyamoto, Kohji Okamura, Kenta Nakai, Takehiro G. Kusakabe, Kunio Inoue
  • 学会等名: The 42nd Annual Meeting of the Japanese Society of Developmental Biologists
  • 発表場所: Toki Messe, Niigata, Japan
  • 年月日: 2009-05-30
• [学会発表] レトロ転移による新規プロモータ生成Retrotransposition as a source of new promoters (2008)
  • 著者名/発表者名: 岡村浩司, 中井謙太
  • 学会等名: 第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会合同大会
  • 発表場所: 神戸ポートピアホテル
  • 年月日: 2008-12-09
• [図書]
  • 著者名/発表者名: http://epigenetics. hgc. jp/mosaicglobal/