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2021 年度 実績報告書

ユビキタス海洋動物プランクトン、ワカレオタマボヤの集団ゲノム科学

研究課題

研究課題/領域番号 20F20760
研究機関沖縄科学技術大学院大学

研究代表者

ラスカム ニコラス  沖縄科学技術大学院大学, ゲノム・遺伝子制御システム科学ユニット, 教授 (70724087)

研究分担者 MANSFIELD MICHAEL  沖縄科学技術大学院大学, ゲノム・遺伝子制御システム科学ユニット, 外国人特別研究員
研究期間 (年度) 2020-09-25 – 2022-03-31
キーワードgenomics / bioinformatics / marine biology / zooplankton / Oikopleura / functional genomics / ecology / evolution
研究実績の概要

In FY2021, I contributed to two studies on genetic variation in O. dioica. The first reports that the species O. dioica may in fact be a species complex representing multiple lineages. The second demonstrates a considerable degree of genetic rearrangement in these species, which is unique among chordates and perhaps all metazoa.
We began follow-up studies to examine the effects of this rearrangement on gene expression, achieving two important milestones in FY2021. In FY2020, we established the ATACseq method. In FY2021 we completed sampling and sequencing for RNAseq and ATACseq in two O. dioica populations, across developmental time points. We also established the hybridization chain reaction in O. dioica to accurately observe the spatiotemporal patterns of expression in real time.

現在までの達成度 (段落)

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (2件)

すべて 2022

すべて 雑誌論文 (1件) (うち国際共著 1件、 査読あり 1件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (1件)

  • [雑誌論文] Structures of distant diphtheria toxin homologs reveal functional determinants of an evolutionarily conserved toxin scaffold2022

    • 著者名/発表者名
      Sugiman-Marangos, S. N., Gill, S. K., Mansfield, M. J., Orrell, K. E., Doxey, A. C., & Melnyk, R. A.
    • 雑誌名

      Communications biology

      巻: 5(1) ページ: 1-12

    • DOI

      10.1038/s42003-022-03333-9

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] Molecular clock estimation of divergence times in populations of Oikopleura dioica2022

    • 著者名/発表者名
      Michael Mansfield and the Luscombe Lab
    • 学会等名
      OIST-Tohoku Marine Science Workshop

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公開日: 2022-12-28  

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