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2022 年度 実績報告書

大自由度生命システムの次元縮減:検証、理論化、生物状態論及び神経系学習への展開

研究課題

研究課題/領域番号 20H00123
研究機関東京大学

研究代表者

金子 邦彦  東京大学, 大学院総合文化研究科, 名誉教授 (30177513)

研究分担者 栗川 知己  関西医科大学, 医学部, 助教 (20741333)
坂田 綾香  統計数理研究所, 数理・推論研究系, 准教授 (80733071)
研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2024-03-31
キーワード頑健性 / 可塑性 / 学習 / 進化 / 次元圧縮
研究実績の概要

[I]進化シミュレーションによる次元縮減の検証およびその条件の解明:遺伝子制御ネットワークを異なる条件で進化させ、抗生物質への交差耐性が形成されること、それが進化前の揺らぎで表されることを示した。一方、速い遺伝子発現と遅いエピジェネティック過程の相互影響により、様々な環境への適応ができることを明らかにした。
[II]理論解析:アロステリック制御の進化をスピンモデルを解析し、中間温度領域で、アロステリック制御を示すスピン間相互作用が進化する仕組みを解明した。発現パタンに低次元構造がみられることを明らかにして適切に特徴づけ、この空間上での活性部位の遷移ダイナミクスと進化のメカニズムを理論的に解明した。
[III]細胞―多細胞階層への展開:多細胞生物の細胞分化発生過程の進化シミュレーションにより、その過程が低次元に縮減されていることにより発生過程がロバストになることを見出した。
[IV]神経集団における学習過程:入出力関係の学習モデルの厳密な解析を行って、想起性能の定量的表式を求め、カオスの縁でそれが最適化されることを理論的に明らかにした。またDelayed matching to sample課題などの作業記憶を要する課題を、速い神経活動と遅い神経活動を組み合わせることで簡単な学習則で行えることを示した。また、習得した課題を遂行するスピードを入力強度をかえることでコントロールできることを明らかにした。さらに遅い神経活動と速い神経活動が分化することでベイズ推論機構を持つことを示した。

他にも課題遂行のスピードコントロールは、モデルニューロンのゲインや課題の難易度を変更することでも可能であることを示し、その背後にある共通の機構として、速い神経活動がつくるアトラクタを遅い神経活動が遷移パタンをコントロールする機構があることを見出した。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

Covidの影響で、論文の出版過程に以前より時間がかかるなども続いているが、それ以外ではおよそ予定通りに進捗した。以下各テーマを述べる。
[I] 進化シミュレーションは抗生物質耐性進化の遺伝子制御ネットワークで、次元縮減の意義が明らかになり順調に進んでいる。また、環境条件が悪くなった時に細胞の休眠状態への転移が起こることをシミュレーションで示し、それと次元縮減の破れとの関係を調べつつあり、計画以上の成果が得られている。
[II]スピン系モデルの進化では、最終状態だけでなく状態遷移における次元縮減が明らかになった。これは、タンパク質の動的機能の理解につながる。
[III]多細胞系発生過程では、その発生パスでも次元縮減が重要であることを見出したのは今後につながる成果である。また異なる微生物からなる生態系のモデル化を行って、各細胞の低次元縮減された状態変化が細胞間で相関を示すと多細胞共存の条件、系のロバストネスとの関連を求めているのも大きな進展である。
[IV]厳密に解析できる、分岐による記憶モデルの解析が完成したことにより、神経自発活動の意義が明らかになったのは大きな進展である。また、様々な局面で速い神経活動と遅い活動との相互作用の意義が明らかになったのも大きな進展である。
[V]新しい研究課題として、社会構造の進化モデルの研究を進めて、競覇的贈与のモデルを考え、返礼の利率によって、バンド、部族、首長、王制への転移が起こることを示し、その低次元構造を議論した。これは予想以上の進展で、このような問題での次元縮減の意義につながる一歩である。

今後の研究の推進方策

最終年度なので、これまでに得られた結果の論文出版に努め、また国際会議での発表も含め、成果の公表に尽力する。
[I]進化シミュレーションによる次元縮減の検証およびその条件の解明:抗生物質への交差耐性の結果については実験との比較も含めて論文として発表する。環境条件が悪くなった時の細胞の休眠状態への転移のシミュレーションについてはそれと次元縮減の破れとの関係も含めて論文発表する。
[II]理論解析:アロステリック制御のスピンモデル進化と次元縮減の結果を論文にまとめて出版する。
[III]細胞―多細胞階層への展開:多細胞生物の細胞分化発生過程の進化シミュレーションに関しては、その低次元縮減、進化生物学で議論されている発生砂時計説との関連を明らかにして論文発表する。
[IV]神経集団における学習過程:入出力関係を埋め込んだ厳密にの解けるモデルの解析結果をまとめて論文発表する。学習速度と神経活動の自発的揺らぎとの関係を定式化し、それにより新規学習パタンと揺らぎの相関と学習速度が比例することを明らかにし、学習しやすさ、揺らぎ、次元縮減の関係を明らかにする。
[V]社会構造の進化モデルの研究を進めて、競覇的贈与のモデルを解析してバンド、部族、首長、王制への転移を贈与頻度の相図で表して論文発表する。また親族構造に関しても相図とスケーリング関係を明らかにし、この論文発表も行う。

  • 研究成果

    (20件)

すべて 2023 2022

すべて 雑誌論文 (7件) (うち国際共著 2件、 査読あり 7件、 オープンアクセス 7件) 学会発表 (13件) (うち国際学会 8件、 招待講演 5件)

  • [雑誌論文] Generic optimization by fast chaotic exploration and slow feedback fixation2023

    • 著者名/発表者名
      Matsushita Yuuki、Kaneko Kunihiko
    • 雑誌名

      Physical Review Research

      巻: 5 ページ: 23017

    • DOI

      10.1103/PhysRevResearch.5.023017

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Avoidance of error catastrophe via proofreading innate to template-directed polymerization2023

    • 著者名/発表者名
      Matsubara Yoshiya J.、Takeuchi Nobuto、Kaneko Kunihiko
    • 雑誌名

      Physical Review Research

      巻: 5 ページ: 13170

    • DOI

      10.1103/PhysRevResearch.5.013170

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] A linear reciprocal relationship between robustness and plasticity in homeostatic biological networks2023

    • 著者名/発表者名
      Hatakeyama Tetsuhiro S.、Kaneko Kunihiko
    • 雑誌名

      PLOS ONE

      巻: 18 ページ: e0277181

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0277181

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Long-tailed distribution of excitatory postsynaptic potentials enhances learning performance of Liquid State Machine2022

    • 著者名/発表者名
      Ibuki Matsumoto, Sou Nobukawa, Nobuhiko Wagatsuma, Tomoki Kurikawa
    • 雑誌名

      International Symposium on Nonlinear Theory and Its Applications

      巻: NOLTA2022 ページ: 244-247

    • DOI

      10.34385/proc.71.B1L-E-01

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Comprehensive analysis of gene regulatory dynamics, fitness landscape, and population evolution during sexual reproduction2022

    • 著者名/発表者名
      Okubo Kenji、Kaneko Kunihiko
    • 雑誌名

      New Journal of Physics

      巻: 24 ページ: 103017

    • DOI

      10.1088/1367-2630/ac9549

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] The Statistical Trends of Protein Evolution: A Lesson from AlphaFold Database2022

    • 著者名/発表者名
      Tang Qian-Yuan、Ren Weitong、Wang Jun、Kaneko Kunihiko
    • 雑誌名

      Molecular Biology and Evolution

      巻: 39 ページ: msac197

    • DOI

      10.1093/molbev/msac197

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Chemophoresis engine: A general mechanism of ATPase-driven cargo transport2022

    • 著者名/発表者名
      Sugawara Takeshi、Kaneko Kunihiko
    • 雑誌名

      PLOS Computational Biology

      巻: 18 ページ: e1010324

    • DOI

      10.1371/journal.pcbi.1010324

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Collective dynamics of neural activities underlying cognitive functions and their computational role2023

    • 著者名/発表者名
      Tomoki Kurikawa
    • 学会等名
      脳と心のメカニズム 冬のワークショップ
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Dynamical systems theory of robust cell differentiation and reprogramming2022

    • 著者名/発表者名
      Kunihiko Kaneko
    • 学会等名
      Net Bio Med 2022
    • 国際学会
  • [学会発表] 多次元神経活動のダイナミクスとしての認知機能2022

    • 著者名/発表者名
      Tomoki Kurikawa
    • 学会等名
      生理学研究所研究会 大脳皮質を中心とした神経回路: 構造と機能、その作動原理
    • 招待講演
  • [学会発表] Dynamical systems theory of robust cell differentiation and reprogramming2022

    • 著者名/発表者名
      Kunihiko Kaneko
    • 学会等名
      2022 ICTP-KIAS School: Statistical Mechanics and Quantitative Life Science
    • 国際学会
  • [学会発表] An intermediate state between the synchronous and asynchronous states enhances the inter-areal communication with the multiple frequencies: a detailed local circuit model2022

    • 著者名/発表者名
      Tomoki Kurikawa
    • 学会等名
      Neuroscience2022
    • 国際学会
  • [学会発表] 普遍生物学 ? 細胞間相互作用による階層間整合性を中心にしてー2022

    • 著者名/発表者名
      金子邦彦
    • 学会等名
      日本細胞外小胞学会
  • [学会発表] 学習と進化におけるレプリカ対称性の破れ2022

    • 著者名/発表者名
      坂田綾香
    • 学会等名
      日本物理学会2022秋季大会 シンポジウム「Parisiのスピングラス理論と複雑系研究の発展」
    • 招待講演
  • [学会発表] Universal biology in adaptation and evolution: dimensional reduction and fluctuation-response relationship2022

    • 著者名/発表者名
      Kunihiko Kaneko
    • 学会等名
      2nd Biology for Physics Conference "Biological Evolution and Nonequilibrium Physics: Close Encounters"
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Harnessing Complexity through Evolutionary Dimensional Reduction2022

    • 著者名/発表者名
      Kunihiko Kaneko
    • 学会等名
      Evolution of Complexity from the Statistical Physics
    • 国際学会
  • [学会発表] Temporal scaling of neural trajectories in a multiple-timescale network2022

    • 著者名/発表者名
      Tomoki Kurikawa
    • 学会等名
      31th Annual computational neuroscience meeting (CNS2022)
    • 国際学会
  • [学会発表] Inter-areal communications dependent on neural dynamics in a detailed local circuit model2022

    • 著者名/発表者名
      Tomoki Kurikawa
    • 学会等名
      第45回日本神経科学大会?2022年7月
  • [学会発表] 内部共生の理論に向けて2022

    • 著者名/発表者名
      金子邦彦
    • 学会等名
      第12回共生進化機構先端セミナー
    • 招待講演
  • [学会発表] Universal Biology in Adaptation and Evolution: Dimensional Reduction, and Fluctuation-Response Relationship2022

    • 著者名/発表者名
      Kunihiko Kaneko
    • 学会等名
      IBS-BIMAG Colloquium
    • 国際学会

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公開日: 2024-12-25  

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