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選択的スプライシングは、限られた数の遺伝子から膨大な転写産物を産生させ、生物に多様性を作り出す機構である。現在、選択的スプライシングは細胞の分化や細胞系譜の決定、器官の発達に関わることが知られている。従って、スプライスシングバリアント（SV）の網羅的な理解がなくしては、組織や器官の発達を分子機構で理解することはできない。そこで、発生異常を示すRNA結合タンパク質をコードする遺伝子(以下、RBP遺伝子)をノックアウトしたマウスの原腸胚形成における内胚葉特異的なトランスクリプトーム比較解析を目的とする研究を行った。
我々自身が作出した内胚葉特異的にEGFPを発現するマウスより高品質な胚性幹(ES)細胞を樹立し、11のRBPをそれぞれ欠損させたRBP-KO ES細胞シリーズを構築した。RBP-KO ES細胞シリーズを胚盤胞補完法にて発生させ、各KOキメラマウスが過去の報告と同様の時期に致死を示すことを確認した。次に、その致死が生じる数日前に各RBP-KOキメラマウスをサンプリングし、FACSにて内胚葉のみを分取後をそれらのトランスクリプトームをSMART-Seqで解析した。
これらの実験で得たシークエンスデータを解析したところ、各RBP-KOキメラマウスで特異的に使用頻度が変動するエキソンや、全てのRBP-KOキメラマウスで共通して使用頻度が変動するエキソンが発見された。また、使用頻度変動エキソンでのグルーピングと遺伝子発現でのグルーピングの相関性が低いことも判明した。更に、表現型に影響を与える可能性が高い多数のSVを浮かび上がらせることにも成功した。
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