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2020 年度 実績報告書

ディジタルー分子情報変換によるマクロファージ型分子ロボットの構築と制御

研究課題

研究課題/領域番号 20H00619
研究機関東京工業大学

研究代表者

瀧ノ上 正浩  東京工業大学, 情報理工学院, 教授 (20511249)

研究分担者 伊野 浩介  東北大学, 工学研究科, 准教授 (00509739)
尾上 弘晃  慶應義塾大学, 理工学部(矢上), 教授 (30548681)
野村 慎一郎  東北大学, 工学研究科, 准教授 (50372446)
佐藤 佑介  東北大学, 学際科学フロンティア研究所, 助教 (60830560)
研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2024-03-31
キーワード分子ロボティクス / DNAナノテクノロジー / 電気化学 / 人工細胞 / ソフトマター
研究実績の概要

マクロファージは、病原体を食べて殺菌するとともに、病原体の情報を他の免疫細胞に伝える役割もする免疫細胞である。本研究では、これを模倣した「マクロファージ型分子ロボット」を構築するとともに、ディジタルの世界と当該分子ロボットをつないで、ディジタルハイブリッドな分子ロボットを構築することを目的とする。今年度は、計画に則って、以下のような研究を進めた。
(1)分子ロボットへのターゲット細胞認識能力の付与:分子ロボットのボディとして、Y字型DNAナノ構造をネットワーク状に集積させてDNAゲルを構築した。研究代表者・瀧ノ上は、分担者・佐藤、分担者・野村と協力しながら、生体分子の認識のために、DNAゲルに、分子認識ができるDNA/RNA(アプタマ)や、細胞表面の抗原を認識する抗体を修飾する方法を検討し、実際に結合できることが分かった。また、均一サイズのDNAゲルを生成するマイクロ流体デバイスについての検討も行った。また、分担者・尾上と代表者・瀧ノ上は、DNAをポリマーゲル中に導入する方法の検討も行った。
(2)薬剤カプセルへの細胞融合能力の付与:薬剤カプセルとして、脂質二重膜小胞(リポソーム)を用いる。分担者・野村を中心に、DNAゲル・DNA液滴に内包するためのリポソームを簡便に生成する技術の検討を行った。
(3)分子ロボットの情報取得とディジタル化:分子ロボットが取得した情報をディジタル情報に変換する手法を開発する。分担者・伊野を中心に、微小電極によって、電気化学的にDNAゲルを計測する技術の開発を進めた。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

代表者・瀧ノ上は、分担者・佐藤と協力して、DNAゲル・DNA液滴を利用した分子ロボットへのターゲットセンシング機能のための分子反応の設計を行った。特に、核酸の鎖置換反応がDNA液滴の相分離を誘起できる仕組みを検討し、当初の予定の生体分子・細胞センシングのための基礎を作った。分担者・尾上も別の方法により、分子センシングをできる技術を検討した。分担者・野村は、ターゲットになる細胞のタンパク質の検討について、瀧ノ上と協力しながら進めるとともに、リポソーム構築技術を発展させた。分担者・伊野は、DNAゲルと電気計測の融合という新しい問題に取り掛かることができた。年度末の東北地方での地震により、一部の実験を次年度に繰り越すことになったが、それまでの段階で大きく進んでいたため、進捗の大勢に全く影響がなく実施できた。そのため、「おおむね順調に進展している」と判断した。

今後の研究の推進方策

代表者・瀧ノ上と分担者・佐藤は、DNA液滴による生体分子・細胞のセンシングのためのDNA液滴の改良を進める。具体的には、入力が1つの単純なセンシングだけではなく、複数の入力によって、その入力パターンを判断できるような、分子コンピューティング機能を搭載したDNA液滴の開発を進め、「マクロファージ型分子ロボット」を実現するための基礎技術開発を構築することを目指す。また、分担者・尾上と協力して小分子も認識できるDNAゲルの構築をすすめる。分担者・野村は、リポソーム等の筐体でできた分子ロボットの生成と外部操作技術の開発をすすめるとともに、代表車・瀧ノ上と協力して、ターゲットとなる細胞の選定も行う。分担者・伊野は、引き続き、DNAゲル計測に向けた電気化学システムを開発する。

  • 研究成果

    (14件)

すべて 2020 その他

すべて 雑誌論文 (5件) 学会発表 (8件) (うち国際学会 1件、 招待講演 2件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] “Quantification of the effect of site-specific histone acetylation on chromatin transcription rate”2020

    • 著者名/発表者名
      Masatoshi Wakamori, *Kohki Okabe, Kiyoe Ura, Takashi Funatsu, *Masahiro Takinoue, *Takashi Umehara
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res.

      巻: Vol. 48(22) ページ: 12648-12659

    • DOI

      10.1093/nar/gkaa1050

  • [雑誌論文] “Sequence-based engineering of dynamic functions of micrometer-sized DNA droplets”2020

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Sato, Tetsuro Sakamoto, *Masahiro Takinoue
    • 雑誌名

      Science Advances

      巻: Vol. 6 ページ: no. 23, 3471

    • DOI

      10.1126/sciadv.aba3471

  • [雑誌論文] “Collective ratchet transport generated by particle crowding under asymmetric sawtooth-shaped static potential”2020

    • 著者名/発表者名
      Masayuki Hayakawa, Yusuke Kishino, *Masahiro Takinoue
    • 雑誌名

      Advanced Intelligent Systems

      巻: Vol. 2 ページ: 2000031

    • DOI

      10.1002/aisy.202000031

  • [雑誌論文] “Surfactant concentration modulates the motion and placement of microparticles in an inhomogeneous electric field”2020

    • 著者名/発表者名
      Marcos K. Masukawa, Masayuki Hayakawa, *Masahiro Takinoue
    • 雑誌名

      RSC Advances

      巻: vol.10 ページ: pp.8895-8904

    • DOI

      10.1039/D0RA00703J

  • [雑誌論文] “Photolithographic shape control of DNA hydrogels by photo-activated self-assembly of DNA nanostructures”2020

    • 著者名/発表者名
      Yu Kasahara#, Yusuke Sato#, Marcos Masukawa, Yukiko Okuda, *Masahiro Takinoue
    • 雑誌名

      APL Bioengineering

      巻: vol.4 ページ: 016109

    • DOI

      10.1063/1.5132929

  • [学会発表] “Soft matter biophysics study of DNA capsules and DNA droplets toward micrometer-sized molecular robots”2020

    • 著者名/発表者名
      Masahiro Takinoue
    • 学会等名
      17th Annual Conference on FOUNDATIONS OF NANOSCIENCE: SELF-ASSEMBLED ARCHITECTURES AND DEVICES (FNANO20)
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] “DNAのソフトマター物理による分子ロボティクス”2020

    • 著者名/発表者名
      瀧ノ上正浩
    • 学会等名
      東京大学大学院工学系研究科化学生命工学専攻 第13回ChemBioハイブリッドレクチャー
    • 招待講演
  • [学会発表] “光による液ーゲル相転移制御を通じたDNA自己集積体の流動性制御“2020

    • 著者名/発表者名
      鵜殿寛岳,瀧ノ上正浩
    • 学会等名
      第7回サイボウニクス研究会
  • [学会発表] “液-液相分離現象を伴うDNAゲルによる核酸センシング”2020

    • 著者名/発表者名
      津村希望, 佐藤佑介, 瀧ノ上正浩
    • 学会等名
      第7回サイボウニクス研究会
  • [学会発表] “DNA ナノ構造の液-液相分離による液滴形成と二次元界面への展開“2020

    • 著者名/発表者名
      佐藤佑介, 瀧ノ上正浩
    • 学会等名
      「細胞を創る」研究会13.0
  • [学会発表] “光応答性塩基を用いたDNA液体ーDNAゲルの相転移の光制御“2020

    • 著者名/発表者名
      鵜殿寛岳,瀧ノ上正浩
    • 学会等名
      「細胞を創る」研究会13.0
  • [学会発表] “粗視化Brown動力学法を用いた化学反応を伴うDNA 液滴の相分離シミュレーション”2020

    • 著者名/発表者名
      山本陽大, 瀧ノ上正浩
    • 学会等名
      「細胞を創る」研究会13.0
  • [学会発表] “液-液相分離現象を伴うDNAゲルによる核酸センシング”2020

    • 著者名/発表者名
      津村希望, 佐藤佑介, 瀧ノ上正浩
    • 学会等名
      「細胞を創る」研究会13.0
  • [備考] 瀧ノ上研究室

    • URL

      http://takinoue-lab.jp/

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公開日: 2022-12-28  

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