| 研究課題/領域番号 |
20H00653
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| 研究機関 | 国立研究開発法人産業技術総合研究所 |
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研究代表者 |
井口 亮 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 地質調査総合センター, 主任研究員 (50547502)
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| 研究分担者 |
酒井 一彦 琉球大学, 熱帯生物圏研究センター, 教授 (50153838)
田邊 俊朗 沖縄工業高等専門学校, 生物資源工学科, 准教授 (50378915)
豊原 治彦 摂南大学, 農学部, 教授 (90183079) [辞退]
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| 研究期間 (年度) |
2020-04-01 – 2024-03-31
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| キーワード | サンゴ / フェーズシフト / 体外分解系 |
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| 研究実績の概要 |
研究の対象地域の一つである瀬底島周辺において、サンゴと底質の分布調査を実施し、サンゴ卓越環境・サンゴ非卓越環境における生物相の把握を行った。また、サンゴの生息が見られる地点を選定し、海水をサンプリングしてステリベクス濾過による採水作業を実施した。主要なサンゴ種のサンゴ片と底質のサンプリングを行い、遺伝子解析用に保存した。また、温度ロガーを設置して、水温の変動を確認するための準備を行った。
瀬底島周辺によく見られるコユビミドリイシを用いたストレス暴露実験の予備実験を実施し、成長率及び褐虫藻を対象とした光合成効率・クロロフィル量・褐虫藻密度を測定した。また、ハイスループットシーケンサーで得られた褐虫藻の配列データを元に、最新の褐虫藻遺伝子型解析パイプラインであるSymPortalを用いて、得られたサンプルの褐虫藻解析を行った。その結果、死亡したと思われるサンゴ片で顕著な褐虫藻変化が見られたが、他のサンゴ片ではストレス暴露後も顕著な褐虫藻の遺伝子型組成の変化は確認されなかった。また、サンゴポリプを用いたpCO2暴露実験を行い、遺伝子解析用のサンプルとして固定した。
ステリベクス濾過で得られた海水サンプルを用いて、複数種類のバッファーによる酵素精製を行い、酵素活性確認のための予備実験を行った。濃度が薄く、十分な活性が確認されなかった。また、同じ海水サンプルを用いてDNA抽出を行い、メタゲノム解析には十分なDNA量が得られたことを確認した。海水サンプルを用いた細菌叢解析を行い、基本的な組成の把握を進めた。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
新型コロナウイルス感染拡大の影響を受けて、予定していた実験・調査の一部を見送ったが、予算繰り越しを通じてサンゴ飼育実験の追加を実施でき、必要となるデータ取得ができたため。
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| 今後の研究の推進方策 |
野外及び飼育実験採取した実験サンプルの遺伝子解析を進めていく。特に酵素関連遺伝子の情報抽出のためのシーケンスデータのアセンブル及びアノテーションを行うための手法確立を進める。また、環境データ解析の効率化を図るために、細菌叢データからPICRUStなどを用いることで酵素構成の詳細把握を進める。酵素精製に関しては活性を上げるために、サンプルの量を増やしたり夾雑物の除去を行うなどの工夫を行う。
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