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2022 年度 実績報告書

細胞内の核酸構造の定量的解析を目指した疾患細胞モデル系の構築とその活用

研究課題

研究課題/領域番号 20H02864
研究機関甲南大学

研究代表者

建石 寿枝  甲南大学, 先端生命工学研究所, 准教授 (20593495)

研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2023-03-31
キーワード核酸構造 / 細胞模倣実験系 / 相分離 / 定量的解析 / リピートRNA / 神経変性疾患
研究実績の概要

細胞内の液滴は、タンパク質やペプチドによって一過的に形成され、種々の生体反応の反応場として働く。近年、神経変性疾患細胞内で形成され、細胞毒となる液滴中にRNAが含まれることが明らかとなったが、液滴中のRNAの役割は不明であった。核酸は、その配列や周囲の化学環境に応じて多様な高次構造を形成する。そのため、疾患の進行に伴う細胞内の環境変化は、核酸の構造を変化させ、ペプチドとの相互作用を制御し、さらに細胞毒となる液滴(凝集体)の形成を制御している可能性がある。本研究では、細胞内環境が液滴形成に及ぼす影響を解析するため、下記の研究を遂行した。
まず、細胞内のタンパク質などで込み合った分子環境が核酸構造に及ぼす影響を解析するために、細胞を用いた試験管内で活用できる細胞内分子環境評価系を開発し(特願2022-189538)、開発した評価系において核酸構造を物理化学的に解析した。
液滴を形成するRNAと液滴の相互作用を解析し(Chem. Commun., 58, 12931(2022)、第16回バイオ関連化学シンポジウム(2022年)で発表)、液滴形成を促進させるには、G四重鎖の形成が重要であることを示した。さらに、G四重鎖構造に及ぼす細胞内の環境の効果についても検討した(Chem. Commun., 58, 12459 (2022))。これらの知見を基に、核酸に結合する小分子を使って液滴形成を阻害する技術を開発できた(Chem. Commun., 58, 4891 (2022),日本核酸医薬学会第7回年会(2022年)で発表)。これらの結果は、核酸の構造を決定する上での周辺の溶液環境(特に分子クラウディング)の重要性を明らかにし、核酸の構造を標的とした薬剤の分子設計に重要な知見である。

現在までの達成度 (段落)

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (34件)

すべて 2023 2022 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (5件) (うち国際共著 1件、 査読あり 5件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (25件) (うち国際学会 8件、 招待講演 5件) 備考 (1件) 産業財産権 (1件)

  • [国際共同研究] 南京農業大学(中国)

    • 国名
      中国
    • 外国機関名
      南京農業大学
  • [国際共同研究] 国立NMRセンター(スロベニア)

    • 国名
      スロベニア
    • 外国機関名
      国立NMRセンター
  • [雑誌論文] Simple and fast screening for structure-selective G-quadruplex ligands2023

    • 著者名/発表者名
      Y. Hashimoto, Y. Imagawa, K. Nagano, R. Maeda, N. N.agahama, T. Torii, N. Kinoshita, N. Takamiya, K. Kawauchi, H. Tateishi-Karimata, N. Sugimoto and D. Miyoshi
    • 雑誌名

      Chem. Commun.

      巻: 58 ページ: 4891

    • DOI

      10.1039/D3CC00556A

    • 査読あり
  • [雑誌論文] DNA methylation is regulated by both the stability and topology of G-quadruplex2022

    • 著者名/発表者名
      S. Matsumoto, H. Tateishi-Karimata, and N. Sugimoto
    • 雑誌名

      Chem. Commun.,

      巻: 58 ページ: 12459

    • DOI

      10.1039/D2CC04383A

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Controlling liquid-liquid phase separation of G-quadruplex-forming RNAs in a sequence-specific manner2022

    • 著者名/発表者名
      M. Tsuruta, T. Torii, K. Kohata, K. Kawauchi, H. Tateishi-Karimata, N. Sugimoto, and D. Miyoshi
    • 雑誌名

      Chem. Commun.

      巻: 58 ページ: 12931

    • DOI

      10.1039/D2CC04366A

    • 査読あり
  • [雑誌論文] High-temperature adaptation of an OsNRT2.3 allele is thermoregulated by small RNAs2022

    • 著者名/発表者名
      Y. Zhang, H. Tateishi-Karimata, T. Endoh, Q. Jin, K. Li, X. Fan, Y. Ma, L. Gao, H. Lu, Z. Wang, AE. Cho, X. Yao, C. Liu, N. Sugimoto, S. Guo, X. Fu, Q. Shen, G. Xu, LR. Herrera-Estrella, and X. Fan
    • 雑誌名

      Sci. Adv.,

      巻: 8 ページ: eadc9785

    • DOI

      10.1126/sciadv.adc9785

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Nearest-neighbor parameters for the prediction of RNA duplex stability in diverse in vitro and cellular-like crowding conditions2022

    • 著者名/発表者名
      S. Ghosh, S. Takahashi, D. Banerjee, T. Ohyama, T. Endoh, H. Tateishi-Karimata, and N. Sugimoto
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res.,

      巻: 51 ページ: gkad020

    • DOI

      10.1093/nar/gkad020

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Nucleic Acids Chemistry beyond the Watson-Crick Double Helix (83) : Bulge-containing G-quadruplexes is a new target motif to regulate gene expression in therapeutics2023

    • 著者名/発表者名
      S. Sarkar, H. Tateishi-Karimata, N. Sugimoto
    • 学会等名
      日本化学会第103回春季年会
  • [学会発表] Nucleic Acids Chemistry beyond the Watson-Crick Double Helix (82) : Applications of nearest-neighbor parameters for RNA/DNA hybrid duplexes in the advancement of therapeutics2023

    • 著者名/発表者名
      Dipanwita Banerjee, Hisae Tateishi-Karimata, Saptarshi Ghosh, Shuntaro Takahashi, Tatsuya Ohyama, Tamaki Endoh, Maria Toplishek, Marko Trajkovski , Janez Plavec, Naoki Sugimoto
    • 学会等名
      日本化学会第103回春季年会
  • [学会発表] Nucleic Acids Chemistry beyond the Watson-Crick Double Helix (81) : Stability prediction of RNA duplexes under various molecular crowding in vitro and in cell2023

    • 著者名/発表者名
      Saptarshi Ghosh, Shuntaro Takahashi, Dipanwita Banerjee, Tatsuya Ohyama, Tamaki Endoh, Hisae Tateishi-Karimata, Naoki Sugimoto1
    • 学会等名
      日本化学会第103回春季年会
  • [学会発表] 脱ワトソン・クリックの核酸化学 (88): がん細胞内環境変化に応答したC四重らせん構造の形成機構の解明2023

    • 著者名/発表者名
      建石 寿枝、川内 敬子、杉本 直己
    • 学会等名
      日本化学会第103回春季年会
  • [学会発表] 脱ワトソン・クリックの核酸化学 (85): G4C2 繰り返し配列をもつ RNA 四重鎖とジペプチドの集積メカニズムの解析2023

    • 著者名/発表者名
      大山 達也、建石 寿枝、田中 成典、杉本 直己
    • 学会等名
      日本化学会第103回春季年会
  • [学会発表] 構造選択的G4リガンドのテロメア長とTERRA発現量に対する効果2023

    • 著者名/発表者名
      橋本 佳樹、取井 猛流、木下 菜月、川内 敬子、建石 寿枝、杉本 直己、三好 大輔
    • 学会等名
      日本化学会第103回春季年会
  • [学会発表] 核酸構造の定量的解析を基にしたC9orf72由来のリピートRNAとペプチドの相互作用制御法の開発2022

    • 著者名/発表者名
      建石寿枝, 松本咲, 大山達也, Ye Teng, 田中成典, 杉本直己
    • 学会等名
      日本核酸医薬学会第7回年会
  • [学会発表] Functions of nucleic acids regulated by the intracellular molecular environments2022

    • 著者名/発表者名
      H. Tateishi-Karimata, N. Sugimoto
    • 学会等名
      India|EMBO Lecture Course: Functional nucleic acids: Recent landscapes and therapeutic applications
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 神経変性疾患に関わるリピートRNAとペプチドの相互作用解析2022

    • 著者名/発表者名
      建石 寿枝, 大山達也, 田中成典, 杉本 直己
    • 学会等名
      第16回バイオ関連化学シンポジウム
  • [学会発表] 疾患細胞内における非二重らせん核酸の機能解析2022

    • 著者名/発表者名
      建石寿枝
    • 学会等名
      大阪大学産業科学研究所 次世代有機化学セミナー
    • 招待講演
  • [学会発表] DNA methylation depending on stability and topology of G-quadruplex2022

    • 著者名/発表者名
      S. Matsumoto, H. Tateishi-Karimata, N. Sugimoto
    • 学会等名
      Advances in Noncanonical Nucleic Acids 2022 “ANNA2022”
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Analysis of dynamic behaviors of G-quadruplexes using molecular simulations2022

    • 著者名/発表者名
      T. Ohyama, H. Tateishi-Karimata, S. Takahashi, S. Tanaka, N. Sugimoto
    • 学会等名
      Advances in Noncanonical Nucleic Acids 2022 “ANNA2022”
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Analysis of the effect of high-pressure on the stability of nucleic acids using molecular dynamics simulations2022

    • 著者名/発表者名
      T. Ohyama, S. Takahashi, H. Tateishi-Karimata, S. Tanaka, N. Sugimoto
    • 学会等名
      第49回国際核酸化学シンポジウム
    • 国際学会
  • [学会発表] Prediction of RNA duplex stability in physiological crowding conditions based on the nearest-neighbor model2022

    • 著者名/発表者名
      S. Ghosh, S. Takahashi, D. Banerjee, T. Ohyama, T. Endoh, H. Tateishi-Karimata, N. Sugimoto
    • 学会等名
      第49回国際核酸化学シンポジウム
    • 国際学会
  • [学会発表] New parameters for accurate prediction of RNA/DNA hybrid duplex stability and their advantage in CRISPR- Cas9 technique2022

    • 著者名/発表者名
      D. Banerjee, H. Tateishi-Karimata, T. Ohyama, S. Ghosh, T. Endoh, S. Takahashi, N. Sugimoto
    • 学会等名
      第49回国際核酸化学シンポジウム
    • 国際学会
  • [学会発表] The effect of stability and topology of G-quadruplex on DNA methylation2022

    • 著者名/発表者名
      S. Matsumoto, H. Tateishi-Karimata, N. Sugimoto
    • 学会等名
      第49回国際核酸化学シンポジウム
    • 国際学会
  • [学会発表] Quantitative analysis for G-quadruplex and i-motif formations in malignant cancers2022

    • 著者名/発表者名
      H. Tateishi-Karimata, N. Sugimoto
    • 学会等名
      第49回国際核酸化学シンポジウム
    • 国際学会
  • [学会発表] 生物種を超えた多元応答機構の解明を目指した核酸構造の解析2022

    • 著者名/発表者名
      建石寿枝
    • 学会等名
      第95回日本生化学会大会
  • [学会発表] 環境応答性を示す非二重らせん核酸構造のスクリーニング法の構築2022

    • 著者名/発表者名
      遠藤 玉樹, 奥田 修二郎, 凌 一葦, 建石 寿枝, 杉本 直己
    • 学会等名
      第95回日本生化学会大会
  • [学会発表] グアニン四重らせん構造による転移因子 LINE?1 の発現抑制2022

    • 著者名/発表者名
      月生雅也, 李先民, Yemima Suryani Budirahardja, 鶴田充生, 橋本佳樹, 高宮渚, 木下菜月, 建石寿枝, 杉本直己, 三好大輔, 川内敬子
    • 学会等名
      第14回日本女性科学者の会(SJWS)学術会議
  • [学会発表] 核小体LLPSにおけるrDNA由来G-quadruplexの役割2022

    • 著者名/発表者名
      取井 猛流、杉本 渉、建石 寿枝、木下 菜月、鶴田 充生、月生 雅也、村嶋 貴之、西方 敬人、杉本 直己、三好 大輔、川内 敬子
    • 学会等名
      第45回日本分子生物学会年会
  • [学会発表] 液-液相分子により形成されるグアニン四重らせん構造集合体の役割2022

    • 著者名/発表者名
      川内 敬子、取井 猛流、谷口 慎也、木下 菜月、建石寿枝、杉本 直己、三好 大輔
    • 学会等名
      第45回日本分子生物学会年会
  • [学会発表] グアニン四重らせん構造による転移因子LINE-1の発現制御2022

    • 著者名/発表者名
      李 先民, 月生 雅也, Budirahardja Yemima Suryani, 木下 菜月, 谷口 慎也, 橋本 佳樹, 建石 寿枝, 杉本 直己, 三好 大輔, 川内 敬子
    • 学会等名
      第45回日本分子生物学会年会
  • [学会発表] ホヤ卵の胚軸形成におけるRNAのG-quadruplex(G4)の局在2022

    • 著者名/発表者名
      鳥居 柊平、後藤 俊志、建石 寿枝、杉本 直己、西方 敬人
    • 学会等名
      第45回日本分子生物学会年会
  • [学会発表] 核酸の姿と病気の関わり2022

    • 著者名/発表者名
      建石寿枝
    • 学会等名
      日本薬学会関西支部市民公開講座
    • 招待講演
  • [備考] 甲南大学先端生命工学研究所ホームページ

    • URL

      https://www.konan-fiber.jp/indexb/

  • [産業財産権] 核酸の立体構造を制御する方法及びその用途、並びに、細胞内分子クラウディング環境を再現するための組成物2022

    • 発明者名
      建石 寿枝、高橋 俊太郎、川内 敬子、杉本 直己
    • 権利者名
      建石 寿枝、高橋 俊太郎、川内 敬子、杉本 直己
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      特願2022-189538

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公開日: 2023-12-25  

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