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2021 年度 実績報告書

イソプレノイド生産に向けた革新的シャーシとなる微生物細胞の創製

研究課題

研究課題/領域番号 20H02899
研究機関名古屋大学

研究代表者

邊見 久  名古屋大学, 生命農学研究科, 教授 (60302189)

研究分担者 海野 英昭  長崎大学, 工学研究科, 准教授 (10452872)
伊藤 智和  名古屋大学, 生命農学研究科, 講師 (90584970)
研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2023-03-31
キーワードメバロン酸経路 / 古細菌 / イソプレノイド / 大腸菌
研究実績の概要

ATP消費量の少ない「低エネルギー負荷型」の代謝経路である古細菌型メバロン酸経路の大腸菌への導入により、イソプレノイド生産のモデルとして用いた揮発性セスキテルペンの生産性を向上させることに成功した。特にメバロン酸経路の一部酵素のプロモーターを強力なものに変更することにより、ファルネセン生産量を数倍に向上させることができた。
古細菌型メバロン酸経路に特異的に含まれる酵素について、酵素学的研究を進めるため、共同研究により有機合成したtrans-アンヒドロメバロン酸を用いた新たな酵素活性測定法を確立した。同化合物はホスホメバロン酸脱水酵素(PMDh)の生成物であり、かつホスホアンヒドロメバロン酸脱炭酸酵素(AMPD)の基質である。PMDhとAMPDをそれぞれ他酵素と組み合わせたカップリング反応の進行を比色定量することで、各酵素の速度論的解析を可能とした。
AMPDについては、プレニル化FMNという補酵素を要求することが既にわかっている。この補酵素を生合成するプレニル化FMN合成酵素(PFS)とAMPDの間に相互作用が存在することを明らかにした。ただし相互作用によって補酵素の受け渡し、すなわちAMPDのホロ化が進んでいるというデータは得られておらず、その生理的な意義は不透明である。
クライオ電子顕微鏡による古細菌由来プレニル基転移酵素の構造解析を目的としてサンプル調製を進めた。良質なグリッドを作製することはできたが、観察されるタンパク質の向きに偏りがあったため、最終的な構造解析には至らなかった。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

ファルネセン高生産大腸菌株の構築において、予想しなかったトラブルが発生したため、その解決と新たな生産株の構築に時間を要し、結果として研究期間を2022年度途中まで延長することとなった。しかし解決策(具体的には宿主の再選定)を見出してからは延長期間を含めて研究を順調に進めることができたため、進捗状況としてはおおむね順調に進展していると判断できる。

今後の研究の推進方策

ファルネセン高生産大腸菌株の構築において、一部大腸菌株の生育が極端に悪化し、ファルネセン生産が検出が難しくなるといった現象が観察された。おそらくプロモーターが誘導前に活性化され、前培養の段階で酵素発現が進み、それによる大腸菌株の生育阻害が起きていることが予想された。そこで、プロモーターの漏れを減らすために、インヒビターを保有する大腸菌株に宿主を変更することとした。研究期間を延長して研究を進めた結果、この予想は正しく、宿主の変更により安定した実験結果がえられるようになった。今後はそれらの大腸菌株を使ってファルネセン生産を検証する。

  • 研究成果

    (15件)

すべて 2022 2021 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (7件) (うち国際共著 1件、 査読あり 7件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (7件)

  • [国際共同研究] University of California Los Angeles(米国)

    • 国名
      米国
    • 外国機関名
      University of California Los Angeles
  • [雑誌論文] Mechanism of Pyridoxine 5′-Phosphate Accumulation in Pyridoxal 5′-Phosphate-Binding Protein Deficiency2022

    • 著者名/発表者名
      Ito Tomokazu、Ogawa Honoka、Hemmi Hisashi、Downs Diana M.、Yoshimura Tohru
    • 雑誌名

      Journal of Bacteriology

      巻: 204 ページ: jb.00521-21

    • DOI

      10.1128/jb.00521-21

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Identification and functional analysis of a new type of Z,E‐mixed prenyl reductase from mycobacteria2022

    • 著者名/発表者名
      Abe Tohru、Hakamata Mariko、Nishiyama Akihito、Tateishi Yoshitaka、Matsumoto Sohkichi、Hemmi Hisashi、Ueda Daijiro、Sato Tsutomu
    • 雑誌名

      The FEBS Journal

      巻: 289 ページ: 4981~4997

    • DOI

      10.1111/febs.16412

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Identification and characterization of a serine racemase in the silkworm Bombyx mori2022

    • 著者名/発表者名
      Tanaka Yui、Yoshimura Tohru、Hakamata Maho、Saito Chiaki、Sumitani Megumi、Sezutsu Hideki、Hemmi Hisashi、Ito Tomokazu
    • 雑誌名

      The Journal of Biochemistry

      巻: 172 ページ: 17~28

    • DOI

      10.1093/jb/mvac026

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Total Synthesis and Structure Confirmation of trans-Anhydromevalonate-5-phosphate, a Key Biosynthetic Intermediate of the Archaeal Mevalonate Pathway2021

    • 著者名/発表者名
      Yasuno Yoko、Nakayama Atsushi、Saito Kai、Kitsuwa Kohei、Okamura Hironori、Komeyama Mutsumi、Hemmi Hisashi、Shinada Tetsuro
    • 雑誌名

      Journal of Natural Products

      巻: 84 ページ: 2749~2754

    • DOI

      10.1021/acs.jnatprod.1c00615

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Urinary l-erythro-β-hydroxyasparagine - a novel serine racemase inhibitor and substrate of the Zn2+-dependent d-serine dehydratase2021

    • 著者名/発表者名
      Ito Tomokazu、Tono Mayuka、Kitaura Yasuyuki、Hemmi Hisashi、Yoshimura Tohru
    • 雑誌名

      Bioscience Reports

      巻: 41 ページ: BSR20210260

    • DOI

      10.1042/BSR20210260

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Isopentenyl diphosphate/dimethylallyl diphosphate-specific Nudix hydrolase from the methanogenic archaeon Methanosarcina mazei2021

    • 著者名/発表者名
      Ishibashi Yumi、Matsushima Natsumi、Ito Tomokazu、Hemmi Hisashi
    • 雑誌名

      Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry

      巻: 86 ページ: 246~253

    • DOI

      10.1093/bbb/zbab205

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Evolution and properties of alanine racemase from Synechocystis sp. PCC68032021

    • 著者名/発表者名
      Ashida Hiroyuki、Murakami Kaho、Inagaki Kenji、Sawa Yoshihiro、Hemmi Hisashi、Iwasaki Yugo、Yoshimura Tohru
    • 雑誌名

      The Journal of Biochemistry

      巻: 171 ページ: 421~428

    • DOI

      10.1093/jb/mvab155

    • 査読あり
  • [学会発表] アーキア型メバロン酸経路を用いた大腸菌のイソプレノイド生産能強化2022

    • 著者名/発表者名
      高橋拓矢、吉田 稜、伊藤智和、吉村 徹、邊見 久
    • 学会等名
      2022年度日本農芸化学会大会
  • [学会発表] カイコセリンラセマーゼの同定と酵素学的性質の解析2022

    • 著者名/発表者名
      田中優衣、伊藤智和、邊見 久、吉村 徹
    • 学会等名
      2022年度日本農芸化学会大会
  • [学会発表] 哺乳類のピリドキサールレダクターゼ同定に向けた取り組み2021

    • 著者名/発表者名
      西山尚来、伊藤智和、邊見 久、吉村 徹
    • 学会等名
      日本ビタミン学会第73回大会
  • [学会発表] アーキア型メバロン酸経路の鍵酵素であるホスホメバロン酸脱水酵素は[4Fe-4S]型鉄硫黄クラスターを有する2021

    • 著者名/発表者名
      米山 睦、三野広幸、保野陽子、品田哲郎、伊藤智和、邊見 久
    • 学会等名
      日本Archaea研究会第33回講演会
  • [学会発表] 大腸菌における長鎖アーキア膜脂質の生合成経路の構築2021

    • 著者名/発表者名
      吉田 稜、邊見 久
    • 学会等名
      第31回イソプレノイド研究会例会
  • [学会発表] ヘテロサブユニットの融合による古細菌由来cis-プレニルトランスフェラーゼの解析2021

    • 著者名/発表者名
      長坂有紗、Kitty Sompiyachoke、吉村 徹、邊見 久
    • 学会等名
      第94回日本生化学会大会
  • [学会発表] Escherichia coliにおけるビタミンB6脱リン酸化酵素の同定2021

    • 著者名/発表者名
      松尾ひなの、伊藤智和、邊見 久、吉村 徹
    • 学会等名
      第94回日本生化学会大会

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公開日: 2023-12-25  

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