2023 年度実績報告書

ニホンウナギの生活史多型に関与する遺伝子の探索：集団ゲノム学的アプローチ

研究課題

研究課題/領域番号	20H03065
研究機関	国立研究開発法人水産研究・教育機構
研究代表者	關野正志国立研究開発法人水産研究・教育機構, 水産資源研究所(横浜), グループ長 (90371799)
研究分担者	山本佑樹国立研究開発法人水産研究・教育機構, 水産資源研究所(横浜), 研究員 (10881980) 横内一樹国立研究開発法人水産研究・教育機構, 水産資源研究所(横浜), 主任研究員 (50723839) 中道礼一郎国立研究開発法人水産研究・教育機構, 水産資源研究所(横浜), 主任研究員 (70401255) 白井厚太朗東京大学, 大気海洋研究所, 准教授 (70463908) 中村洋路国立研究開発法人水産研究・教育機構, 水産資源研究所(横浜), 主任研究員 (90463182)
研究期間 (年度)	2020-04-01 – 2024-03-31
キーワード	自然選択 / 一塩基多型 / 集団ゲノミクス / 集団遺伝学 / 分子生態学
研究実績の概要	2023年度は、2022年度の冬季に浜名湖で採集された53個体の銀ウナギ（産卵降河回遊中のニホンウナギ）についてゲノムDNAを抽出し、RADseq法により制限酵素SpeI認識配列部位付近の塩基配列を得た。また電子線プローブマイクロアナライザー（EMPA)により耳石のストロンチウム・カルシウム比を調べ、各個体の回遊履歴を明らかにした。53個体のうち、15個体は来遊後、海に下っていない川ウナギ、26個体は河川に遡上したことがない海ウナギ、12個体は海と川を往来した履歴のあるシフターであった。これまでに採集した浜名湖と愛媛の海ウナギと川ウナギサンプルを用いて、集団多型解析に用いることができるSNPセット選択した。ジェノタイプの信頼性を高めるための種々のSNPフィルタリング後、利用できるSNPマーカー数は48,374であった。これらのマーカーを用いて、outlier解析、機械学習（random forest)などの統計手法を用いて、海ウナギ・川ウナギを特徴づけるゲノム領域の探索を行った。
現在までの達成度 (段落)	令和5年度が最終年度であるため、記入しない。
今後の研究の推進方策	令和5年度が最終年度であるため、記入しない。