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2020 年度 実績報告書

ロングリードシーケンサーを活用した非コードリピート伸長病の病態解明研究

研究課題

研究課題/領域番号 20H03588
研究機関東京大学

研究代表者

石浦 浩之  東京大学, 医学部附属病院, 講師 (40632849)

研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2023-03-31
キーワードリピート伸長変異
研究実績の概要

臨床的に良性家族性ミオクローヌスてんかん(benign adult familial myoclonic epilepsy, BAFME)とされながらも、既知の遺伝子に変異を認めない1家系を含め、リピート伸長病の可能性が否定できないながらも変異が同定されていない6名の全ゲノム配列解析をNovaSeqを用いて行った。6名については、通常の変異同定に合わせて、リピート伸長変異を検出できるソフトウェアを用いて解析を行っている。既存の全ゲノム配列データについても再解析を行い、リピート伸長変異のリストを作成した。
ロングリード解析については、サンプルプレップを順調に進めている。また、publicly availableなロングリードデータをダウンロードし、解析パイプラインについての検討を行っている。現時点で、pbmm2, pbsvを用いたパイプラインについては完成に近づき、精度の評価を行うところである。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

サンプル収集、解析準備について順調に経過している。

今後の研究の推進方策

今後も検体収集を行うとともに、ロングリード解析を推進し、新規知見を見いだす準備ができている。

  • 研究成果

    (13件)

すべて 2021 2020

すべて 雑誌論文 (10件) (うち国際共著 2件、 査読あり 5件) 学会発表 (3件) (うち国際学会 1件、 招待講演 2件)

  • [雑誌論文] Cerebellar Ataxia as a Common Clinical Presentation Associated with DNMT1 p.Y511H and a Review of the Literature2021

    • 著者名/発表者名
      Kikuchi Junko Kanda、Nagashima Yu、Mano Tatsuo、Ishiura Hiroyuki、Hayashi Toshihiro、Shimizu Jun、Matsukawa Takashi、Ichikawa Yaeko、Takahashi Yuji、Karino Shotaro、Kanbayashi Takashi、Kira Junichi、Goto Jun、Tsuji Shoji
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Neuroscience

      巻: 71 ページ: 1796~1801

    • DOI

      10.1007/s12031-020-01784-5

    • 査読あり
  • [雑誌論文] CGGリピート病(神経核内封入体病、白質脳症を伴う眼咽頭型ミオパチー、眼咽頭遠位型ミオパチー)2021

    • 著者名/発表者名
      石浦浩之、柴田頌太
    • 雑誌名

      Clinical Neuroscience

      巻: 39 ページ: 370-371

  • [雑誌論文] Low Prevalence of NOTCH2NLC GGC Repeat Expansion in White Patients with Movement Disorders2020

    • 著者名/発表者名
      Yau Wai Yan、Vandrovcova Jana、Sullivan Roisin、Chen Zhongbo、Zecchinelli Anna、Cilia Roberto、Duga Stefano、Murray Malgorzata、Carmona Susana、Chelban Viorica、Ishiura Hiroyuki、Tsuji Shoji、Jaunmuktane Zane、Turner Chris、Wood Nicholas W.、Houlden Henry、Genomics England Research Consortium
    • 雑誌名

      Movement Disorders

      巻: 36 ページ: 251~255

    • DOI

      10.1002/mds.28302

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Clinical Characteristics of Neuronal Intranuclear Inclusion Disease-Related Retinopathy With CGG Repeat Expansions in the NOTCH2NLC Gene2020

    • 著者名/発表者名
      Nakamura Natsuko、Tsunoda Kazushige、Mitsutake Akihiko、Shibata Shota、Mano Tatsuo、Nagashima Yu、Ishiura Hiroyuki、Iwata Atsushi、Toda Tatsushi、Tsuji Shoji、Sawamura Hiromasa
    • 雑誌名

      Investigative Opthalmology & Visual Science

      巻: 61 ページ: 27~27

    • DOI

      10.1167/iovs.61.11.27

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Advances in repeat expansion diseases and a new concept of repeat motif?phenotype correlation2020

    • 著者名/発表者名
      Ishiura Hiroyuki、Tsuji Shoji
    • 雑誌名

      Current Opinion in Genetics & Development

      巻: 65 ページ: 176~185

    • DOI

      10.1016/j.gde.2020.05.029

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Adult-onset neuronal intranuclear inclusion disease mimicking Fragile X-associated tremor-ataxia syndrome in ethnic Chinese patients2020

    • 著者名/発表者名
      Lim Shen-Yang、Ishiura Hiroyuki、Ramli Norlisah、Shibata Shota、Almansour M. Asem、Tan Ai Huey、Houlden Henry、Lang Anthony E.、Tsuji Shoji
    • 雑誌名

      Parkinsonism & Related Disorders

      巻: 74 ページ: 25~27

    • DOI

      10.1016/j.parkreldis.2020.03.025

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] 良性成人型家族性ミオクローヌスてんかんの分子遺伝学2020

    • 著者名/発表者名
      石浦浩之
    • 雑誌名

      脳神経内科

      巻: 93 ページ: 310-315

  • [雑誌論文] 良性成人型家族性ミオクローヌスてんかんの臨床的特徴2020

    • 著者名/発表者名
      松川美穂、石浦浩之、辻省次
    • 雑誌名

      脳神経内科

      巻: 93 ページ: 286-290

  • [雑誌論文] ロングリードシークエンスによるリピート病概念の拡大2020

    • 著者名/発表者名
      石浦浩之
    • 雑誌名

      実験医学

      巻: 38 ページ: 2197-2202

  • [雑誌論文] リピート伸長とRAN翻訳関連疾患2020

    • 著者名/発表者名
      石浦浩之
    • 雑誌名

      医学のあゆみ

      巻: 273 ページ: 79-83

  • [学会発表] BAFMEにおけるリピート伸長変異の同定2020

    • 著者名/発表者名
      石浦浩之
    • 学会等名
      第61回日本神経学会学術大会
    • 招待講演
  • [学会発表] 続々同定される 非コード領域リピート伸長病2020

    • 著者名/発表者名
      石浦浩之
    • 学会等名
      第61回日本神経学会学術大会
    • 招待講演
  • [学会発表] Genotype-phenotype correlation study of Neuronal Intranuclear Inclusion Disease2020

    • 著者名/発表者名
      Shota Shibata, Hiroyuki Ishiura, Shoji Tsuji, Tatsushi Toda
    • 学会等名
      Annual meeting of American Society of Human Genetics
    • 国際学会

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公開日: 2021-12-27  

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