| 研究課題/領域番号 |
20H03779
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| 研究機関 | 千葉大学 |
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研究代表者 |
中田 孝明 千葉大学, 大学院医学研究院, 教授 (20375794)
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| 研究分担者 |
関根 章博 千葉大学, 大学院医学研究院, 特任教授 (30425631)
島田 忠長 千葉大学, 医学部附属病院, 助教 (40436423)
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| 研究期間 (年度) |
2020-04-01 – 2023-03-31
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| キーワード | 敗血症 / 遺伝子多型 / ゲノム / 網羅解析 |
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| 研究実績の概要 |
本研究チームは、千葉大学医学部の生命倫理審査委員会での承認が得られた後から平成31年3月まで、国内の複数施設に協力を得て、大規模な日本人敗血症コホート（約 800症例）を作成し、敗血症GWASを目的とした血液検体・詳細な患者臨床データの収集をおこなってきた。そして令和元年度より、収集した敗血症患者の全血中の白血球よりgenomic DNAを抽出し、そのDNAをSNPアレイ(Illumina Infinium Omni2.5 Exome-8)を用いて250万箇所のゲノムワイドSNPsのgenotypingを行なった。令和2年度、このゲノムワイドSNPs のgenotyping raw dataに関し最終的なGWAS解析の準備の解析を行い、GWAS解析用SNPsデータセットを最終化した。またGWAS解析用の臨床データに関してもmissing dataの再確認などを行い、臨床データセットの最終化し、GWAS解析準備を完了した。令和3年度、これらの網羅的なSNPs genotypingデータを用い、死亡をoutcomeとしたGWAS解析を行った。GWAS解析結果では、マンハッタンプロットで敗血症の死亡転帰に関連する4箇所の遺伝子座にピークを認めた。これまで敗血症に関して本研究と同規模のGWAS報告は数報しかない。令和4年度、敗血症GWASの既報に加え、炎症性疾患や感染疾患に関するGWASの中で、今回検出された遺伝子座に関する既報を調査し、一部オーバラップする部分を同定した。現在、敗血症GWAS研究成果の論文作成中である。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
計画通り、これまで長期間かけて収集してきた大規模な日本人敗血症コホート（約 800症例）の遺伝子データと臨床データを用いたGWAS解析と論文作成を行なった。GWAS解析は、解析手法が経時的に更新され、最新の解析手法を確実に実施しているかどうかが査読者らに重視され、研究成果報告の受理を左右する重要なポイントになっている。そこで先進的な手法を確実に実施できる外部機関を選定し、支援を得て、質の高いGWAS解析が実施し、死亡に関する敗血症GWASを実施し、マンハッタンプロットで4箇所の遺伝子座を同定した。敗血症GWASはこれまで報告数は極めて少なく、本研究の希少性を示す部分であるが、一方で、既報との比較は少なくなる、そのため広い領域のGWASの研究成果との比較が重要である。そこで敗血症GWASにとどまらない広い疾患・病態を対象としたGWASの既報の調査を行い、一部オーバラップすることを確認している。このように本研究の成果が過去の他の研究成果の発見と重なる部分を同定することは、本研究の発見の普遍性を示す重要な要素であり、良い成果と考えられ、研究全体として順調に進捗していると考える要素である。現在、同内容を考察に含めて敗血症GWAS論文を作成し、研究成果の公表へと確実に近づいている。これらより、現在までの進捗状況は、おおむね順調に進展しているといえる。
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| 今後の研究の推進方策 |
令和5年度以降の方針に関しては、本研究でこれまでに得られた日本人敗血症GWASの死亡と関連する遺伝子座の結果が、他の敗血症コホートでも認められるかどうかを検証することが一つの重要なポイントである。そこで、研究代表者が留学していたカナダ ブリティッシュコロンビア大学の敗血症GWAS研究チームとの連携を推進している。具体的にはブリティッシュコロンビア大学の敗血症GWAS研究チームが収集したカナダ敗血症GWASコホートを用いて、日本人敗血症GWASで得られた遺伝子座が同様にカナダ敗血症GWASコホートでも死亡と関連するかどうか検証を進めていく。現在、当教室の研究者が留学しており、しっかりとした共同研究体制が構築できており、研究を一層推進していく予定である。具体的には、共同研究することで発展できる敗血症GWASチームがないか探索し、より広い検証作業の展開を目指す。またもう一つの方策は、細胞を用いて敗血症を模した基礎実験で得られた研究成果との融合である。国際的遺伝子多型プロジェクト(HapMapプロジェクト)で採取されたlymphocyteをEB virusで不死化したlymphoblastoid cellsを用い、敗血症刺激を模したcytokine mixture(TNFα,IL-1β, IFN-gamma, CpG)で細胞を刺激し、刺激24h後の細胞培養液中の蛋白レベル(IL-6)を測定し，大規模データ解析用のweb-based platform (Galaxy)と遺伝子解析ソフト(PLINK)を利用し得たeQTL解析結果を本研究代表者は得ており、このeQTL解析結果とGWASデータと統合し、さらなる研究成果を得られることを追求する方針である。またこの研究で得られた成果を別の日本人敗血症コホートで検証することが今後の個別化医療の礎の構築に重要と考えられる。そこで、次の敗血症コホート作成に向けた研究計画を推進していく方針である。
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