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2021 年度 実績報告書

RNAを基盤とする合成生命システムの創成

研究課題

研究課題/領域番号 20H05626
研究機関京都大学

研究代表者

齊藤 博英  京都大学, iPS細胞研究所, 教授 (20423014)

研究期間 (年度) 2020-07-30 – 2025-03-31
キーワードRNA / RNA-Protein相互作用 / 人工オルガネラ / 人工細胞 / 生命の起源
研究実績の概要

RNAを基盤とする生命システムが細胞の機能制御に果たす役割の多くは未知のままである。またRNAやRNA-Protein (RNP)相互作用は、生命の進化の過程で本質的な役割を果たしたと考えられるが、それらがいかに細胞や生命のシステムを形成するに至ったのか、その構築原理の解明には至っていない。本研究では、(1)細胞機能を制御するRNP相互作用ネットワークを包括的に同定するとともに、(2)RNPによる細胞内構造物の作動原理を解明し、細胞内で機能する人工RNPを構築する。また、得られた知見を生かして、(3)哺乳類細胞や個体で作用する人工のRNA・RNPシステムを開発する。同時に、(4)生命システムの創発原理の解明を目指し、人工RNA細胞モデルの創出に挑む。
本年度は主に、(3)人工のRNA・RNPシステムの基盤技術の開発に取り組み、マイクロRNA(miRNA)に応答して遺伝子発現を活性化させる合成mRNA(miRNA応答ONスイッチ)を開発することに成功した。このシステムはmiRNAを発現している細胞でだけ遺伝子を発現させることができる。これにより、iPS細胞やiPS細胞から分化した心筋細胞の高効率での純化が可能となった。加えて、光やタンパク質に応答して遺伝子発現を活性化させる仕組みも開発した。今後、これらの様々な翻訳制御システムの実装による、機能性人工細胞の構築に挑戦する。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

本年度は主に、(3)人工のRNA・RNPシステムの基盤技術の開発に取り組みんだ。その結果、マイクロRNA(miRNA)に応答して遺伝子発現を活性化させる合成mRNA(miRNA応答ONスイッチ)を開発した。このシステムはmiRNAを発現している細胞でだけ遺伝子を発現させることができる新規なシステムである。さらに、光やタンパク質に応答して遺伝子発現を活性化させる仕組みも開発した。このように、今後の機能性人工細胞の構築において有用なツールとなりうる基盤技術の開発に成功した。また、(2)RNPによる細胞内構造物の構築においても、細胞内における人工RNP顆粒の形成を示唆するデータなどが得られていることから、おおむね順調に進展していると判断した。

今後の研究の推進方策

【RNP構築原理の理解に基づく人工オルガネラの設計と構築】
細胞内における人工RNP顆粒の形成を示唆するデータが得られため、より詳細な解析を行い、人工的にデザインしたRNAおよびRNA結合タンパク質を使った顆粒の形成原理の詳細についての理解を得る。
【医療応用に資する機能性人工RNA/RNPシステム・細胞の開発】
これまでに構築したmiRNA応答スイッチを中心とした人工mRNA技術を統合し、RNAを基盤とする人工遺伝子回路の構築と細胞制御技術を開発する。また、マウス個体への適用を進める。
【生命進化における人工RNA/RNP 細胞モデルの創成】
RNAからなる小胞構造の形成について解析を行い、RNA細胞モデルの設計原理の確立を目指す。

  • 研究成果

    (41件)

すべて 2022 2021 その他

すべて 雑誌論文 (8件) (うち査読あり 4件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (27件) (うち国際学会 9件、 招待講演 14件) 備考 (2件) 産業財産権 (4件)

  • [雑誌論文] A versatile and robust cell purification system with an RNA-only circuit composed of microRNA-responsive ON and OFF switches2022

    • 著者名/発表者名
      Fujita Yoshihiko、Hirosawa Moe、Hayashi Karin、Hatani Takeshi、Yoshida Yoshinori、Yamamoto Takuya、Saito Hirohide
    • 雑誌名

      Science Advances

      巻: 8 ページ: eabj1793

    • DOI

      10.1126/sciadv.abj1793

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Versatile Design of Intracellular Protein-Responsive Translational Regulation System for Synthetic mRNA2022

    • 著者名/発表者名
      Nakanishi Hideyuki、Saito Hirohide、Itaka Keiji
    • 雑誌名

      ACS Synthetic Biology

      巻: 11 ページ: 1077~1085

    • DOI

      10.1021/acssynbio.1c00567

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Synthetic RNA-based post-transcriptional expression control methods and genetic circuits2022

    • 著者名/発表者名
      Pardi Malvin L.、Wu Juanqi、Kawasaki Shunsuke、Saito Hirohide
    • 雑誌名

      Advanced Drug Delivery Reviews

      巻: 184 ページ: 114196~114196

    • DOI

      10.1016/j.addr.2022.114196

  • [雑誌論文] Light-controllable RNA-protein devices for translational regulation of synthetic mRNAs in mammalian cells2021

    • 著者名/発表者名
      Nakanishi Hideyuki、Yoshii Tatsuyuki、Kawasaki Shunsuke、Hayashi Karin、Tsutsui Keita、Oki Choji、Tsukiji Shinya、Saito Hirohide
    • 雑誌名

      Cell Chemical Biology

      巻: 28 ページ: 662~674.e5

    • DOI

      10.1016/j.chembiol.2021.01.002

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Fluid flow-induced left-right asymmetric decay of Dand5 mRNA in the mouse embryo requires a Bicc1-Ccr4 RNA degradation complex2021

    • 著者名/発表者名
      Minegishi Katsura、Roth? Benjamin、Komatsu Kaoru R.、Ono Hiroki、Ikawa Yayoi、Nishimura Hiromi、Katoh Takanobu A.、Kajikawa Eriko、Sai Xiaorei、Miyashita Emi、Takaoka Katsuyoshi、Bando Kana、Kiyonari Hiroshi、Yamamoto Tadashi、Saito Hirohide、Constam Daniel B.、Hamada Hiroshi
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 12 ページ: 4071

    • DOI

      10.1038/s41467-021-24295-2

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] 人工RNA システム2021

    • 著者名/発表者名
      川﨑俊輔、齊藤博英
    • 雑誌名

      高分子

      巻: 70 ページ: 553-555

  • [雑誌論文] Purification of Specific Cell Populations Differentiated from Stem Cells Using MicroRNA-Responsive Synthetic Messenger RNAs2021

    • 著者名/発表者名
      Nakanishi Hideyuki、Saito Hirohide
    • 雑誌名

      Methods in Molecular Biology

      巻: 2312 ページ: 73~86

    • DOI

      10.1007/978-1-0716-1441-9_5

  • [雑誌論文] Isolation of Cardiomyocytes Derived from Human Pluripotent Stem Cells Using miRNA Switches2021

    • 著者名/発表者名
      Miki Kenji、Saito Hirohide、Yoshida Yoshinori
    • 雑誌名

      Methods in Molecular Biology

      巻: 2320 ページ: 35~51

    • DOI

      10.1007/978-1-0716-1484-6_5

  • [学会発表] RNA テクノロジーの医療応用:細胞の選別とプログラミング2022

    • 著者名/発表者名
      齊藤博英
    • 学会等名
      JST-CRDS 科学技術未来戦略ワ ークショップ
    • 招待講演
  • [学会発表] RNA を基盤とした新型コロナウイルス感染モデルの構築2022

    • 著者名/発表者名
      齊藤博英
    • 学会等名
      第21 回日本再生医療学会総会
    • 招待講演
  • [学会発表] RNA and RNP synthetic biology to expand the possibility of synthetic living systems2022

    • 著者名/発表者名
      Hirohide Saito
    • 学会等名
      JST アジア・太 平洋総合研究センター・日本―オーストラリア合成生物学ワークショップ
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] スイッチ型人工mRNA による細胞運命制御2022

    • 著者名/発表者名
      齊藤博英
    • 学会等名
      公益社団法人新化学技術推進協会・ライフサイエ ンス技術部会反応分科会勉強会
    • 招待講演
  • [学会発表] Molecular design of RNP networks for self-organized reaction fields2022

    • 著者名/発表者名
      安海一優、大野博久、齊藤博英、野村M.慎一郎
    • 学会等名
      International workshop on molecular cybernetics: toward chemical AI
    • 国際学会
  • [学会発表] Motif-MaP detects RNA higher-order structures by mutational profiling using target-binding small molecules2022

    • 著者名/発表者名
      Emi Miyashita, Kazumitsu Onizuka, Yutong Chen, Shunnichi Kashida, Fumi Nagatsugi, Hirohide Saito, Kaoru R. Komatsu
    • 学会等名
      RNA フロンティアミーティング2021
  • [学会発表] Programmable synthetic circular mRNA devices that ebnable superior stability and gene expression persistence2022

    • 著者名/発表者名
      Shigetoshi Kameda, Hirohisa Ohno, Hirohide Saito
    • 学会等名
      CiRA 2022 International Symposium
    • 国際学会
  • [学会発表] An Expanded Library of Translational Regulators for Synthetic Gene Circuits in Mammalian Cells2022

    • 著者名/発表者名
      Hiroki Ono, Shunsuke Kawasaki, Moe Hirosawa, Hirohide Saito
    • 学会等名
      CiRA 2022 International Symposium
    • 国際学会
  • [学会発表] Synthetic RNA Technologies for mammalian synthetic biology and drug discovery2021

    • 著者名/発表者名
      Hirohide Saito
    • 学会等名
      The 2021 International Chemical Congress of Pacific Basin Societies
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] RNA を基盤とする合成生命システムの創成2021

    • 著者名/発表者名
      齊藤博英
    • 学会等名
      慶應義塾大学先端生命科学研究所 2021 先端研究 セミナー
    • 招待講演
  • [学会発表] Synthetic RNA switch technologies: Possible applications as mRNA drugs2021

    • 著者名/発表者名
      Hirohide Saito
    • 学会等名
      ISRNN 3rd Conference on Biomotors, Virus Assembly, and RNA Nanobiotechnology
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Synthetic RNA technologies to control cell fate2021

    • 著者名/発表者名
      Hirohide Saito
    • 学会等名
      Centre for Stem Cells and Regenerative Medicine, King’s College London, KCL CSCRM Seminar Series
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] A versatile cell purification system with RNA -only circuit composed of microRNA ON and OFF switches2021

    • 著者名/発表者名
      Hirohide Saito
    • 学会等名
      Malaysian Society for Stem Cell Research and Therapy, 2nd MSCRT Stem Cell Symposium
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] RNA テクノロジーによる細胞の運命制御2021

    • 著者名/発表者名
      齊藤博英
    • 学会等名
      さきがけ第10 回懇話会
    • 招待講演
  • [学会発表] Programmable mammalian translational modulators using synthetic RNA and RNA switches2021

    • 著者名/発表者名
      Hirohide Saito
    • 学会等名
      第94 回 日本生化学会大会,
    • 招待講演
  • [学会発表] 国際研究で加速する次世代RNA テクノロジー2021

    • 著者名/発表者名
      齊藤博英
    • 学会等名
      BioJapan2021/AMED スポンサーセミナー
    • 招待講演
  • [学会発表] iPS 細胞と RNA が拓く未来の医療2021

    • 著者名/発表者名
      齊藤博英
    • 学会等名
      NPO 法人岸和田健老大学 市民公開講座
    • 招待講演
  • [学会発表] RNA 構造ライブラリ作成技術を活用した機能性RNA モチーフの発見と細胞制御2021

    • 著者名/発表者名
      齊藤博英
    • 学会等名
      特定非営利 活動法人 mRNA ターゲット創薬研究機構セミナー
    • 招待講演
  • [学会発表] An Expanded Library of Translational Regulators for Synthetic Gene Circuits in Mammalian Cells2021

    • 著者名/発表者名
      Hiroki Ono, Shunsuke Kawasaki, Moe Hirosawa, Hirohide Saito
    • 学会等名
      The 2021 International Chemical Congress of Pacific Basin Societies
    • 国際学会
  • [学会発表] 人工RNA を基盤としたmiRNA 活性の大規模解析手法2021

    • 著者名/発表者名
      小武健二郎、藤田祥彦、齊藤博英
    • 学会等名
      日本分子生物 学会年会
  • [学会発表] 遺伝子発現の高持続性と生体分子応答性を併せ持つ人工環状mRNA の開 発2021

    • 著者名/発表者名
      亀田重賢、大野博久、齊藤博英
    • 学会等名
      日本分子生物 学会年会
  • [学会発表] 哺乳類細胞内で機能するRNA を用いた新規分子検出プラットフォーム2021

    • 著者名/発表者名
      川﨑俊輔、桑原傑、齊藤博英
    • 学会等名
      日本分子生物 学会年会
  • [学会発表] Development of design and control techniques of RNP molecular assemblies for bottom-up construction of molecular networks2021

    • 著者名/発表者名
      安海一優、大野博久、齊藤博英、野村M.慎一郎
    • 学会等名
      第59 回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Molecular Design and Evaluation of RNA-Protein Networks Growing up to μm Scale2021

    • 著者名/発表者名
      安海一優、大野博久、齊藤博英、野村M.慎一郎
    • 学会等名
      「細胞を創る」研究会 14.0
  • [学会発表] Motif-MaP detects RNA higher-order structures by mutational profiling using target-binding small molecules2021

    • 著者名/発表者名
      Emi Miyashita, Kazumitsu Onizuka, Yutong Chen, Shunnichi Kashida, Fumi Nagatsugi, Hirohide Saito, Kaoru R. Komatsu
    • 学会等名
      第22 回日本RNA 学会年会
  • [学会発表] Programmable synthetic circular mRNA devices that can improve stability and gene expression persistence2021

    • 著者名/発表者名
      Shigetoshi Kameda, Hirohisa Ohno, Hirohide Saito
    • 学会等名
      第22 回日本RNA 学会年会
  • [学会発表] Cell-type-specific CRISPR activation with miRNA-responsive AcrllA4 switch2021

    • 著者名/発表者名
      弘澤萌、藤田祥彦、齊藤博英
    • 学会等名
      日本ゲノム編集学会 第6 回大会
  • [備考] 2つの合成mRNAスイッチを活用した純度の高い細胞選別システムの開発

    • URL

      https://www.cira.kyoto-u.ac.jp/j/pressrelease/news/220106-040000.html

  • [備考] 体の左右非対称性はmRNAの分解から始まる

    • URL

      https://www.cira.kyoto-u.ac.jp/j/pressrelease/news/210730-100000.html

  • [産業財産権] SARS-CoV-2 由来ポリヌクレオチド及びその使用2022

    • 発明者名
      齊藤博英、朝長啓造、高山和雄、牧野晶子、橋本里菜、小野紘貴
    • 権利者名
      齊藤博英、朝長啓造、高山和雄、牧野晶子、橋本里菜、小野紘貴
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      2022-011911
  • [産業財産権] RNA分子2021

    • 発明者名
      齊藤博英、川﨑俊輔、桑原傑
    • 権利者名
      齊藤博英、川﨑俊輔、桑原傑
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      2021-194197
  • [産業財産権] 細胞純化方法2021

    • 発明者名
      齊藤博英、藤田祥彦、弘澤萌、正木魁人
    • 権利者名
      齊藤博英、藤田祥彦、弘澤萌、正木魁人
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      2021-177971
  • [産業財産権] タンパク質の翻訳制御システム2021

    • 発明者名
      齊藤博英、中西秀之、位高啓史
    • 権利者名
      齊藤博英、中西秀之、位高啓史
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      2021-139141

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公開日: 2023-12-25  

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