• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 課題ページに戻る

2021 年度 実績報告書

プログラム可能な動的微粒子群「オートマター」の創成と展開

研究課題

研究課題/領域番号 20H05701
研究機関東北大学

研究代表者

野村 慎一郎  東北大学, 工学研究科, 准教授 (50372446)

研究分担者 瀧ノ上 正浩  東京工業大学, 情報理工学院, 准教授 (20511249)
清水 義宏  国立研究開発法人理化学研究所, 生命機能科学研究センター, チームリーダー (90401231)
大野 博久  京都大学, iPS細胞研究所, 特定拠点助教 (90612391)
研究期間 (年度) 2020-08-31 – 2025-03-31
キーワードオートマター / 人工細胞 / 自己複製 / 大量生産 / 電子-分子インタフェイス
研究実績の概要

オートマター実現に向けた4つのサブテーマとその統合について以下のような進展があった。[サブテーマ1]自己複製溶液の構築を行うために、分担者・清水らのグループは巨大複合体のリボソームの自己組織化条件を探索している。これまでに報告したリボソーム小サブユニットに続いて、2種類のrRNAおよび33種類のリボソームタンパク質からなる大サブユニットに注目し、タンパク質合成活性を持つ構造を世界で初めて自己組織化させることに成功し報告した。[サブテーマ2]人工多細胞構造のプログラム可能性を実現するために、大野グループでは内部状態を時間的・空間的に制御する分子システムの開発に取り組んでいる。本年は特に空間制御システムとして、RNAを分子足場として特定の入力分子に応じた人工細胞内分子の空間配置制御を行うことを目指した。入力分子特異的な分子足場の形状変化を実現するため、リボスイッチやタンパク質結合RNAモチーフを組み込み、特定の入力分子によって形状変化を制御できる構造体を構築し論文準備中である。[サブテーマ3]人工多細胞の自動量産技術の確立を目指し、嵩高い脂質分子を用いることで全長がmm以上におよぶ人工多細胞構造が簡便かつ大量に得られること、さらにその調製操作が自動化できることを示した(論文採択済)。そしてサブテーマ1との連携で、内部でPUREタンパク質発現が可能であることを示し、「目で見て手で触れる」世界初の人工多細胞の例といえる。[サブテーマ4]オートマターの回路となる分子システムの外部操作可能性を求めて、瀧ノ上グループでは核酸を材料とした操作可能な機構を構築している。光応答性人工核酸を用いることで、分解・融合が制御可能なDNA液滴を実現した。これを電気信号に代わる外部刺激として研究を進め、報告した。以上の成果は、本課題が目指す自動微粒子群・オートマター実現に向けた重要な実績である。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

1: 当初の計画以上に進展している

理由

代表者・野村グループにおいて人工多細胞体の自動合成に関する研究が進み、mmスケール以上のサイズでの調製に成功した.これによって「目で見て手で触れる」ような人工多細胞構造を実現することが出来た(論文採択済)。さらに、自己複製を行う人工細胞を構築する上で最大の課題のひとつとされているタンパク質合成(翻訳)酵素・リボソームの自発的再構成が,大小2つのサブユニット共に,分担者・清水グループによって実現された。これによって、分子システムが自分自身を作り出す、いわゆる自己複製スープを実証する道が拓かれたとみなせる。これらは研究開始当初は最低でも3年はかかると予想していた結果であり、本課題が当初の期待以上に進展していると考えている。

今後の研究の推進方策

下記4つのサブテーマについて研究を進め、その成果の統合を目指す。
サブテーマ1:人工的に調製した構成要素によってリボソームの組織化を行うためには、rRNAの修飾状態を人工的に制御可能にする必要があることから、リボソームの機能に必須なRNA修飾塩基の探索研究を行い、自己複製溶液の実現を目指す。
サブテーマ2:これまでに構築した分子制御システムを発展させ、自律的な遺伝子発現周期を有するシステム、およびその外来分子による制御機構を開発する。それらをPURE system複製系とリンクさせ、人工細胞を単位とした自己複製の制御を目指す。また、RNA足場分子を用いて膜結合タンパク質の密度や三次元配置、配向を制御し、人工細胞膜の形状変化・極性の制御に挑戦する。 サブテーマ3:人工多細胞体の自動調製システムと、コンパートメント間相互作用/内外情報伝達システムの実現に注力する。自動調製システムのロボット操作による実現を目指しつつ,人工多細胞体のスケールに応じた巨視的な動作を取り出す(並進運動,物質交換)研究を進める。 サブテーマ4:外部制御可能な分子デバイスとして、光応答性核酸液滴の開発を進める。これまでに実現したDNA液滴の均一なサイズでの生成(単分散性)と直接的な操作の研究をさらに進め,人工多細胞体に導入できる新しい高機能DNA液滴の開発に取り組む。 以上のサブテーマを各チームで進めることに加えて、今後テーマ間の連携を深める。特に、サブテーマ1での自己複製機構の試験管内実装と、他のサブテーマとの統合を積極的に進める。分子的・外的な制御と、人工多細胞体内部での機能評価を進める予定である。 これらを通じて、分子的・外的に制御可能な自己複製機構を有する人工多細胞体・オートマターのプロトタイプ構築を目指す。

  • 研究成果

    (34件)

すべて 2022 2021 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (11件) (うち査読あり 11件、 オープンアクセス 5件) 学会発表 (21件) (うち国際学会 10件、 招待講演 4件) 図書 (1件)

  • [国際共同研究] University of West of England(英国)

    • 国名
      英国
    • 外国機関名
      University of West of England
  • [雑誌論文] Efficient and Precise Protein Synthesis in a Cell-Free System Using a Set of In Vitro Transcribed tRNAs with Nucleotide Modifications2022

    • 著者名/発表者名
      Amikura Kazuaki、Hibi Keita、Shimizu Yoshihiro
    • 雑誌名

      Methods in Molecular Biology, Cell-Free Gene Expression

      巻: 2433 ページ: 151~168

    • DOI

      10.1007/978-1-0716-1998-8_9

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Autonomous and Programmable Strand Generator Implemented as DNA and Enzymatic Chemical Reaction Cascade2022

    • 著者名/発表者名
      Kawamata Ibuki、Nomura Shin-ichiro M.、Murata Satoshi
    • 雑誌名

      New Generation Computing

      巻: - ページ: -

    • DOI

      10.1007/s00354-022-00156-4

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Cell-Free Synthesis of Human Endothelin Receptors and Its Application to Ribosome Display2022

    • 著者名/発表者名
      Nakai Hiroki、Isshiki Kinuka、Hattori Masato、Maehira Hiromasa、Yamaguchi Tatsumi、Masuda Keiko、Shimizu Yoshihiro、Watanabe Takayoshi、Hohsaka Takahiro、Shihoya Wataru、Nureki Osamu、Kato Yasuhiko、Watanabe Hajime、Matsuura Tomoaki
    • 雑誌名

      Analytical Chemistry

      巻: 94 ページ: 3831~3839

    • DOI

      10.1021/acs.analchem.1c04714

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Versatile and multiplexed mass spectrometry-based absolute quantification with cell-free-synthesized internal standard peptides2022

    • 著者名/発表者名
      Masuda Keiko、Kasahara Keiko、Narumi Ryohei、Shimojo Masaru、Shimizu Yoshihiro
    • 雑誌名

      Journal of Proteomics

      巻: 251 ページ: 104393~104393

    • DOI

      10.1016/j.jprot.2021.104393

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Biomolecules for molecular robot structures2022

    • 著者名/発表者名
      Nomura, S.-i. M., Archer R. J.
    • 雑誌名

      Encyclopedia of Robotics.

      巻: - ページ: -

    • DOI

      10.1007/978-3-642-41610-1

    • 査読あり
  • [雑誌論文] <i>In vitro</i> reconstitution of the <i>Escherichia coli</i> 70S ribosome with a full set of recombinant ribosomal proteins2021

    • 著者名/発表者名
      Aoyama Ryo、Masuda Keiko、Shimojo Masaru、Kanamori Takashi、Ueda Takuya、Shimizu Yoshihiro
    • 雑誌名

      The Journal of Biochemistry

      巻: 171 ページ: 227~237

    • DOI

      10.1093/jb/mvab121

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Capsule-like DNA Hydrogels with Patterns Formed by Lateral Phase Separation of DNA Nanostructures2021

    • 著者名/発表者名
      Sato Yusuke、Takinoue Masahiro
    • 雑誌名

      JACS Au

      巻: 2 ページ: 159~168

    • DOI

      10.1021/jacsau.1c00450

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] System concentration shift as a regulator of transcription-translation system within liposomes2021

    • 著者名/発表者名
      Akui Toshiki、Fujiwara Kei、Sato Gaku、Takinoue Masahiro、Nomura Shin-ichiro M.、Doi Nobuhide
    • 雑誌名

      iScience

      巻: 24 ページ: 102859~102859

    • DOI

      10.1016/j.isci.2021.102859

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Antisense Oligonucleotide Modified with Disulfide Units Induces Efficient Exon Skipping in <i>mdx</i> Myotubes through Enhanced Membrane Permeability and Nucleus Internalization2021

    • 著者名/発表者名
      Hiraoka Haruka、Shu Zhaoma、Tri Le Bao、Masuda Keiko、Nakamoto Kosuke、Fangjie Lyu、Abe Naoko、Hashiya Fumitaka、Kimura Yasuaki、Shimizu Yoshihiro、Veedu Rakesh N.、Abe Hiroshi
    • 雑誌名

      ChemBioChem

      巻: 22 ページ: 3437~3442

    • DOI

      10.1002/cbic.202100413

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Aqueous Triple-Phase System in Microwell Array for Generating Uniform-Sized DNA Hydrogel Particles2021

    • 著者名/発表者名
      Masukawa Marcos Kunihiro、Okuda Yukiko、Takinoue Masahiro
    • 雑誌名

      Frontiers in Genetics

      巻: 12 ページ: 705022

    • DOI

      10.3389/fgene.2021.705022

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Manipulation technologies for molecular robots2021

    • 著者名/発表者名
      Takinoue M.
    • 雑誌名

      Encyclopedia of Robotics.

      巻: - ページ: -

    • DOI

      10.1007/978-3-642-41610-1

    • 査読あり
  • [学会発表] DNA nanotechnology for soft micromachines and molecular robots2022

    • 著者名/発表者名
      Masahiro Takinoue
    • 学会等名
      AROB-ISBC-SWARM 2022
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Programmable synthetic circular mRNA devices that ebnable superior stability and gene expression persistence2022

    • 著者名/発表者名
      Shigetoshi Kameda, Hirohisa Ohno, Hirohide Saito
    • 学会等名
      CiRA 2022 International Symposium
  • [学会発表] Target-dependent RNA polymerase as a versatile biosensor platform2022

    • 著者名/発表者名
      Shodai Komatsu, Hirohisa Ohno, Hirohide Saito
    • 学会等名
      CiRA Retreat 2021
  • [学会発表] Automatter prototype: toward creating programmable artificial and autonomous molecular system2021

    • 著者名/発表者名
      Nomura, S.-i. M., Takinoue, T., Shimizu, Y., Saito, H.
    • 学会等名
      PacifiChem2021
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Development of molecular information transmitting devices for chemical AI2021

    • 著者名/発表者名
      Nomura, S.-i. M.
    • 学会等名
      PacifiChem2021
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] DNA droplet technology for novel soft micromachines and molecular robots2021

    • 著者名/発表者名
      Masahiro Takinoue
    • 学会等名
      NANO Korea 2021
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Controlled division of DNA-droplet-based artificial cells coupled with enzymatic reaction cascade2021

    • 著者名/発表者名
      Tomoya Maruyama, Akihiro Yamamoto, Masahiro Takinoue
    • 学会等名
      microTAS2021
    • 国際学会
  • [学会発表] DNA computing droplet to detect miRNAs for cancer diagnosis2021

    • 著者名/発表者名
      Jing Gong, Nozomi Tsumura, Yusuke Sato, Masahiro Takinoue
    • 学会等名
      microTAS2021
    • 国際学会
  • [学会発表] Assembly and purification of DNA structures in aqueous-aqueous two-phase emulsion2021

    • 著者名/発表者名
      Marcos Masukawa, Yukiko Okuda, Fujio Yu, Yusuke Sato, Kanta Tsumoto, Kenichi Yoshikawa, Masahiro Takinoue
    • 学会等名
      microTAS2021
    • 国際学会
  • [学会発表] Pattern formation on capsule-like DNA hydrogels induced by lateral phase separation of DNA nanostructure2021

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Sato, Masahiro Takinoue
    • 学会等名
      DNA27
    • 国際学会
  • [学会発表] DNA computing droplets for cancer diagnosis based on identifying biomarker miRNAs2021

    • 著者名/発表者名
      Jing Gong, Nozomi Tsumura, Yusuke Sato, Masahiro Takinoue
    • 学会等名
      DNA27
    • 国際学会
  • [学会発表] Purification of DNA nano/microstructures by aqueous two-phase system2021

    • 著者名/発表者名
      Marcos Masukawa, Fujio Yu, Yusuke Sato, Kanda Tsumoto, Kenichi Yosikawa, Masahiro Takinoue
    • 学会等名
      DNA27
    • 国際学会
  • [学会発表] 遺伝子発現の高持続性と生体分子応答性を併せ持つ人工環状mRNAの開発2021

    • 著者名/発表者名
      亀田重賢、大野博久、齊藤博英
    • 学会等名
      日本分子生物学会年会
  • [学会発表] Division phase control of artificial liquid DNA droplet by time-delay reaction2021

    • 著者名/発表者名
      丸山智也, 山本陽大, 瀧ノ上正浩
    • 学会等名
      『細胞を創る』研究会14.0
  • [学会発表] 多段階酵素反応によるDNA液滴ベース人工細胞の分裂制御2021

    • 著者名/発表者名
      丸山智也, 山本陽大, 瀧ノ上正浩
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] DNA computing droplet-based sensing system for the detection of miRNAs2021

    • 著者名/発表者名
      Jing Gong, Nozomi Tsumura, Yusuke Sato, Masahiro Takinoue
    • 学会等名
      Cheminas44
  • [学会発表] Cancer diagnosis based on identifying miRNAs with DNA computing droplets2021

    • 著者名/発表者名
      Jing Gong, Nozomi Tsumura, Yusuke Sato, Masahiro Takinoue
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] 光制御が可能なDNA自己集積体の動的な相転移操作2021

    • 著者名/発表者名
      鵜殿 寛岳,野村M. 慎一郎,瀧ノ上 正浩
    • 学会等名
      Cheminas44
  • [学会発表] Formation and numerical investigation of liquid-liquid phase separation droplets based on artificial RNA nanostructures2021

    • 著者名/発表者名
      Fan Minzhi, Hirohide Saito, Masahiro Takinoue
    • 学会等名
      第5回分子ロボティクス年次大会
  • [学会発表] Formation and numerical investigation of liquid-liquid phase separation droplets based on artificial RNA nanostructures2021

    • 著者名/発表者名
      Fan Minzhi, Hirohide Saito, Masahiro Takinoue
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
  • [学会発表] Programmable synthetic circular mRNA devices that can improve stability and gene expression persistence2021

    • 著者名/発表者名
      Shigetoshi Kameda, Hirohisa Ohno, Hirohide Saito
    • 学会等名
      第22回日本RNA学会年会
  • [図書] 「翻訳,リボソーム」, 公益財団法人 遺伝学普及会 日本遺伝学会 編 「遺伝学の百科事典-継承と多様性の源」2021

    • 著者名/発表者名
      大野博久, 齊藤博英
    • 総ページ数
      690
    • 出版者
      丸善出版
    • ISBN
      9784621306604

URL: 

公開日: 2022-12-28  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi