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本研究では、前年度までに開発した修飾塩基の可逆的な光架橋反応を利用し、テンプレート特異的なSNAの光ライゲーション法の開発を目指した。このために、配列末端に光架橋型修飾塩基を導入した二つのSNA鎖断片を合成した。二つのSNA鎖断片はテンプレートRNAと安定なNick入り二重鎖を形成し、二重鎖形成時に修飾塩基は向かい合うように配置されることが確認された。ここに可視光を照射すると架橋反応が進行し、SNA鎖断片同士をライゲーションできることがわかった。また、紫外光を照射すれば逆反応が起き、SNA鎖断片が再生することも確認された。さらに、可視光照射後にSNA鎖断片（2等量目）を加え、再度可視光を照射する形で、RNAテンプレートに対して過剰のSNA鎖断片を逐次的にライゲーションできることも示唆された。次に、末端に修飾塩基とアジド基あるいはDBCO基を持つSNA鎖断片を設計した。ここでは、光照射とクリック反応によりにSNA鎖断片が環状化し、RNAテンプレートを軸とした擬ロタキサン構造が形成されることを期待した。しかし（恐らく、環状化SNAのサイズが大きくRNAから容易に分離してしまうこともあり）光照射後のゲル電気泳動の結果からは擬ロタキサン構造の形成を評価できなかった。そこで、より強固な核酸擬ロタキサン構造の形成を目指した。このために、相補塩基をフリップアウトし光照射によって相補鎖を挟み込む形で環状化する光架橋型修飾塩基を新たに設計・合成した。核酸配列中に導入した修飾塩基は意図した光架橋反応を起こし、強固な擬ロタキサン構造の形成に必要である“小さな環構造”を形成することが示唆された。
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