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2023 年度 実績報告書

タンパク質構造安定性における疎水性相互作用仮説の検証と共溶媒効果の理論・実験解明

研究課題

研究課題/領域番号 20K05431
研究機関岡山大学

研究代表者

墨 智成  岡山大学, 異分野基礎科学研究所, 准教授 (40345955)

研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2024-03-31
キーワードタンパク質 / 疎水性相互作用 / 水和効果 / 分子内直接相互作用 / 共溶媒効果 / アルコール / 尿素 / 選択的溶媒和
研究実績の概要

本研究では,大きく分けて二つの研究目的を掲げている。一つは水中でのタンパク質の天然構造安定性における水和効果の解明,もう一つはアルコールおよび尿素などの変性剤によるタンパク質構造安定性に対する共溶媒効果のメカニズムの解明である。
前者では,私共が開発した密度汎関数理論に基づく溶媒和自由エネルギー計算手法を駆使して,モデルタンパク質GCN4-p1の天然および変性構造に対する水和の寄与を解析した。その結果,水は疎水基を嫌っておらず,変性に伴う疎水基の水への露出を好み,アンフォールド構造の安定化を導くことが明らかとなった。すなわち,タンパク質の天然構造安定性はタンパク質分子内相互作用に起因しており,水和はその不安定化により天然構造の柔軟性を導いていることが明らかとなった。本研究による結論は,長年信じられてきたKauzmannによる疎水性相互作用仮説,すなわち水が疎水基を嫌うことによる「疎水効果」がタンパク質の構造安定性に主要な役割を果たすという古典的学説に対する再検討を示唆している。
後者では,私共が先行研究において,トリフルオロエタノール(TFE)によるタンパク質のヘリックス誘導に関する実験データの分析に適用した熱力学的恒等式を,GCN4-p1の分子動力学シミュレーションのデータ分析に適用した。それにより,TFEと尿素による相反する共溶媒効果,すなわちTFEによるヘリックス安定化並びに尿素によるコイル誘導に関する分子機構を,選択的溶媒和に基づいて解析した。その結果,TFEは側鎖と強く静電相互作用することにより,ヘリックスへの選択的溶媒和を強めてその安定化を導き,尿素は主鎖との相互作用によりコイルへの選択的溶媒和を強めてその安定化を導くことが明らかとなった。
今年度は本成果をアメリカタンパク質科学会誌Protein Scienceにオープンアクセス掲載し,プレスリリース発表も行った。

  • 研究成果

    (12件)

すべて 2024 2023 その他

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (6件) (うち国際学会 3件、 招待講演 2件) 図書 (1件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] How do water-mediated interactions and osmotic second virial coefficients vary with particle size?2024

    • 著者名/発表者名
      Naito Hidefumi、Sumi Tomonari、Koga Kenichiro
    • 雑誌名

      Faraday Discussions

      巻: 249 ページ: 440~452

    • DOI

      10.1039/d3fd00104k

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Molecular mechanism of the common and opposing cosolvent effects of fluorinated alcohol and urea on a coiled coil protein2023

    • 著者名/発表者名
      Nakata Noa、Okamoto Ryuichi、Sumi Tomonari、Koga Kenichiro、Morita Takeshi、Imamura Hiroshi
    • 雑誌名

      Protein Science

      巻: 32 ページ: e4763~e4763

    • DOI

      10.1002/pro.4763

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Solvation free energies of alcohols in water: temperature and pressure dependences2023

    • 著者名/発表者名
      Taira Aoi、Okamoto Ryuichi、Sumi Tomonari、Koga Kenichiro
    • 雑誌名

      Physical Chemistry Chemical Physics

      巻: 25 ページ: 31107~31117

    • DOI

      10.1039/d3cp03799a

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 共溶媒溶液の小角散乱データを用いたタンパク質構造への共溶媒効果の解析2024

    • 著者名/発表者名
      墨智成
    • 学会等名
      PF研究会「物質・生命研究における小角散乱法の展開:現状と展望のための討論会」
    • 招待講演
  • [学会発表] Water-mediated interaction destabilizes protein2023

    • 著者名/発表者名
      Tomonari Sumi
    • 学会等名
      International Congress on Pure & Applied Chemistry Bali, 2023
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Quantification of the water-mediated interaction varying with solute size2023

    • 著者名/発表者名
      Hidefumi NAITO, Tomonari SUMI, and Kenichiro KOGA
    • 学会等名
      Water at interfaces Faraday Discussion
    • 国際学会
  • [学会発表] Temperature and pressure dependences of the solvation properties of alcohols in water2023

    • 著者名/発表者名
      Aoi TAIRA, Ryuichi OKAMOTO, Tomonari SUMI, Kenichiro KOGA
    • 学会等名
      Water at interfaces Faraday Discussion
    • 国際学会
  • [学会発表] 二成分溶液のクラスター形成密度と浸透第二ビリアル係数の関係について2023

    • 著者名/発表者名
      松原稜, 甲賀研一郎, 墨智成
    • 学会等名
      第37回分子シミュレーション討論会
  • [学会発表] 水溶性ポリマーのコンフォメーション変化と凝集挙動の関係2023

    • 著者名/発表者名
      小松寿弐千, 甲賀研一郎, 墨智成
    • 学会等名
      第37回分子シミュレーション討論会
  • [図書] タンパク質の構造解析手法とIn silicoスクリーニングへの応用事例2023

    • 著者名/発表者名
      墨智成,今村比呂志 (担当:共著, 範囲:タンパク質構造安定性における疎水性相互作用仮説の検証 (第4章 第8節))
    • 総ページ数
      530
    • 出版者
      技術情報協会
    • ISBN
      9784861049712
  • [備考] タンパク質と水と共溶媒の「三角関係」を解く方法を考案

    • URL

      https://www.okayama-u.ac.jp/tp/release/release_id1142.html

  • [備考] Modulation of protein stability: a new approach

    • URL

      https://www.eurekalert.org/news-releases/1005242

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公開日: 2024-12-25  

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