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2021 年度 実施状況報告書

混合DFT法を越えた高精度計算によるMn錯体としてのCaMn4O5の電子状態解析

研究課題

研究課題/領域番号 20K05528
研究機関大阪大学

研究代表者

川上 貴資  大阪大学, 理学研究科, 助教 (30321748)

研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2023-03-31
キーワード光合成PSII / OEC錯体 / Kokサイクル / 分子軌道法 / 強相関電子系 / LPNO-CC手法
研究実績の概要

光合成システム(PSII)における太陽光を用いる水分解反応は、Mn錯体と高度にカップリングしており、それを触媒するのが「CaMn4O5クラスター」である。これは強相関電子系に属しており、その電子物性・機能発現・反応性の解析には高精度量子化学計算が必須である。しかし、分子軌道法での高精度計算の王道と言われるCC法やMR-CI法は、その適用範囲が比較的少数原子系に限定されており、この巨大分子系に適用することは、計算機資源や計算時間などの制約から極めて困難である。その理由で、電子相関を交換相関汎関数に繰り込んだDFT法、特にHybrid-DFT法が、現在までに数多く行なわれた。しかし、手法内パラメータを順次変更すると、中間体の相対安定性が大幅に変動するため、水分解反応機構の解明には予見性を備えたアプローチが必須であり、その限界をこの研究を遂行することで突破する。

太陽光を利用する水分解反応を触媒するCaMn4O4XYZWクラスターの分子構造は、実験により解明されており、ここでのX, Y, Z, Wはクラスターに配位している水(H2O)あるいはその酸化誘導体(OH-, O2-)などである。しかし、実験では水素原子の位置は見えないため、理論計算で詳細な物性データを得る。

本年度では、特にKokサイクル(S0, S1, S2, S3, S4)の最高酸化状態であるS3状態の解析を行った。UB3LYP法(およびHF成分を15%,10%に変化させたHybrid-DFT)を構造最適化に用いて、複数の安定構造を決定した。加えて、高精度計算としてDLPNO-CCSD(T)法を実行し、相対安定性を厳密に求めた。一方、DMRG-CAS, QMC-CAS法をMn二核・Mn三核錯体に適用して、その磁気的相互作用の解析を進めた。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

現在までのUB3LYP法とDLPNO-CCSD(T)法を用いたCaMn4O5クラスターの解析を進めてきた。このKokサイクル(S1→S2→S3→(S4)→S0)に関する理論的解析では、基本S1状態(暗所で安定)の前後にあるS0・S2状態と、酸化数が最高度に進んだS3状態に関して、初年度と昨年度に学術論文にまとめることができた。それらの結果、UB3LYP法による構造最適化計算にて、L-open, R-open(およびその派生)という複数の安定構造が発見された。加えて、各酸素原子(O)の状態がO2-,OH-, H2Oであるかを理論的に考察すると(実験測定で水素原子(H)は観測できないから)、さらにこれらの安定構造は複雑になることが判明した。特にS3状態の分子構造は酸素発生の最終段階であり、続く化学反応経路を解析するために重要であると期待された。

計算手法論的には、UB3LYP法(およびHFとDFTの混合割合を15%,10%に変化させたHybrid-DFT法)を上記の構造最適化計算に活用してきた。ここでは、(2)蛋白場を連続体モデルで考慮した計算を実行した。さらに、これら判明した安定構造の全てにおいてDLPNO-CCSD(T)計算を実行した。この計算実行には非常にコストがかかり、高性能計算機(80core, 6TBメモリ)を2週間から1ヶ月間連続運転することで可能となった。その結果各安定構造間の相対安定性を詳細に解析できた。

今後の研究の推進方策

初年度・昨年度の研究を継続的発展することを基本方針として、次年度(研究最終年度)も強相関電子系であるCaMn4O5クラスターの解析に関して、高精度計算を駆使して遂行する。特に、Kokサイクル(S1→S2→S3→(S4)→S0)に関する理論的解析がこの触媒活性を理解するために必要である。初年度では基本S1状態(暗所で安定)の前後にあるS0・S2状態に関して理論計算し、昨年度ではS3状態に関して理論計算し学術論文にまとめた。特に、S3→(S4)→S0状態間の反応は実験で観測することが極めて困難であるため、分子軌道法の真価が期待される。そこで次年度(最終年度)にはこの解析に注力する。

また、理論解析を進めるための計算手法に関しては、初年度・昨年度ではDLPNO-CCSD(T)法を重点的に採用してきた。しかしながら、当初計画していたDMRG-CAS法・QMC-CAS法に関してはその活用が進んでいない。そこで、次年度(最終年度)にはこの実装に注力する。DMRG-CAS法ではMnイオンの個数が多い(四核)ことが災いして、通常の縮約パラメータMの値では計算値の精度が不十分であることが判明している。そこで、昨年度に進めたMn二核錯体・Mn三核錯体での計算結果を元にしてその精度を向上させる。

次年度使用額が生じた理由

本研究の申請当時よりも購入すべき計算機の性能が向上したため、本年度の執行金額を抑制することができた。その金額は次年度で購入計画である装置のグレードを向上させることに活用できる。その結果、当初計画よりも大規模な分子系を解析することが可能となる。

  • 研究成果

    (18件)

すべて 2022 2021

すべて 雑誌論文 (15件) (うち査読あり 15件) 学会発表 (3件)

  • [雑誌論文] Relative energies among S3 intermediates in the photosystem II revealed by DLPNO coupled cluster and hybrid DFT calculations. Possible pathways of water insertion in the S2 to S3 transition2022

    • 著者名/発表者名
      Miyagawa Koichi、Shoji Mitsuo、Isobe Hiroshi、Kawakami Takashi、Nakajima Takahito、Yamaguchi Kizashi
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters

      巻: 793 ページ: 139439~139439

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2022.139439

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Relative energies among proton-shifted S2 isomers in the photosystem II revealed by DLPNO coupled cluster and hybrid DFT calculations. Proton transfer coupled spin transitions of the CaMn4Ox cluster in OEC of PSII2022

    • 著者名/発表者名
      Koichi Miyagawa, Mitsuo Shoji, Hiroshi Isobe, Takashi Kawakami, Takahito Nakajima, Kizashi Yamaguchi
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters

      巻: 790 ページ: 139357

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2022.139357

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Diradical characters of s-indaceno [1, 2, 3-cd; 5, 6, 7-c’d’] diphenalene with and without interaction with MgO (001)2022

    • 著者名/発表者名
      Kohei Tada, Hiroyuki Ozaki, Koji Fujimaru, Yasutaka Kitagawa, Takashi Kawakami, Mitsutaka Okumura
    • 雑誌名

      e-J. Surf. Sci. Nanotechnol

      巻: 20 ページ: -

    • DOI

      10.1380/ejssnt.2022-011

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 化学反応における対称性の破れの理論(12):光合成水分解反応中間体の 結合クラスター(Coupled-Cluster)計算2022

    • 著者名/発表者名
      山口兆, 宮川晃一, 庄司光男, 磯部寛, 川上貴資, 中嶋隆人
    • 雑誌名

      豊田研究報告

      巻: 75 ページ: -

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Relative stability among intermediate structures in S2 state of CaMn4O5 cluster in PSII by using Hybrid-DFT and DLPNO-CC methods and evaluation of magnetic interactions between Mn ions2021

    • 著者名/発表者名
      K. Miyagawa, T. Kawakami*, Y. Suzuki, H. Isobe, M. Shoji, S. Yamanaka, M. Okumura, T. Nakajima and K. Yamaguchi
    • 雑誌名

      J. Photochem. Photobiol. A: Chem.

      巻: 405 ページ: 112923

    • DOI

      10.1016/j.jphotochem.2020.112923

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A three states model for hydrogen abstraction reactions with the cytochrome P450 compound I is revisited. Isolobal and isospin analogy among Fe(IV)=O, O=O and O2021

    • 著者名/発表者名
      Koichi Miyagawa, Hiroshi Isobe, Mitsuo Shoji*, Takashi Kawakami, Shusuke Yamanaka, Kizashi Yamaguchi
    • 雑誌名

      J. Photochem. Photobiol. A: Chem.

      巻: 405 ページ: 112902

    • DOI

      10.1016/j.jphotochem.2020.112902

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Estimation of spin contamination errors in DFT/plane-wave calculations of solid materials using approximate spin projection scheme2021

    • 著者名/発表者名
      Kohei Tada,* Shusuke Yamanaka, Takashi Kawakami, Yasutaka Kitagawa, Mitsutaka Okumura, Kizashi Yamaguchi, and Shingo Tanaka
    • 雑誌名

      Chem. Phys. Lett.

      巻: 765 ページ: 138291

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2020.138291

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Electron Density-based Estimation of Diradical Character: An Easy Scheme for DFT/Plane-wave Calculations2021

    • 著者名/発表者名
      Kohei Tada,* Yasutaka Kitagawa, Takashi Kawakami, Mitsutaka Okumura, Shingo Tanaka
    • 雑誌名

      Chem. Lett.

      巻: 50 ページ: 392-396

    • DOI

      10.1246/cl.200741

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Magnetic Properties of a Mixed Spin-(1/2, 5/2) Chain in (4-Cl-o-MePy-V)FeCl42021

    • 著者名/発表者名
      Hironori Yamaguchi, Taiki Okita, Yoshiki Iwasaki, Yohei Kono, Yuko Hosokoshi, Takanori Kida, Akira Matsuo, Takashi Kawakami, and Masayuki Hagiwara
    • 雑誌名

      Journal of the Physical Society of Japan

      巻: 90 ページ: 064707

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Gibbs energy of hydrogen adsorption on Pt surface by machine learning potential and metadynamics2021

    • 著者名/発表者名
      Hayashi, Akihide; Ato, Yoshinori; Yamamoto, Akira; Yoshida, Hisao; Yamanaka, Shusuke; Kawakami, Takashi; Okumura, Mitsutaka
    • 雑誌名

      Chem. Lett.

      巻: 50 ページ: 1329-1332

    • DOI

      10.1246/cl.210137

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Extension of the linear response function of electron density to a plane-wave basis and the first application to periodic surface systems2021

    • 著者名/発表者名
      Tomohiro Maruyama, Jinta Ohnari, Kohei Tada, Yoyo Hinuma, Takashi Kawakami, Shusuke Yamanaka, Mitsutaka Okumura
    • 雑誌名

      Chem. Lett.

      巻: 50 ページ: 1801-1805

    • DOI

      10.1246/cl.210375

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Can we enhance diradical character using interaction with stoichiometric surfaces of ionic oxides ? A theoretical investigation by chemical indices2021

    • 著者名/発表者名
      Kohei Tada*, Hiroyuki Ozaki, Koji Fujimaru, Yasutaka Kitagawa, Takashi Kawakami, Mitsutaka Okumura
    • 雑誌名

      Phys. Chem. Chem. Phys.

      巻: 23 ページ: 25024-25028

    • DOI

      10.1039/d1cp03439a

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Mechanism of Water Oxidation in Photosynthesis Elucidated by Interplay Between Experiment and Theory2021

    • 著者名/発表者名
      Kizashi Yamaguchi, Shusuke Yamanaka, Hiroshi Isobe, Mitsuo Shoji, Takashi Kawakami, Koichi Miyagawa
    • 雑誌名

      Photosynthesis : Molecular Approaches to Solar Energy Conversion, Advances in Photosynthesis and Respiration

      巻: 47 ページ: -

    • DOI

      10.117/978-3-030-67407-6_2

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Isolobal and isospin analogy between organic and inorganic open-shell molecules Application to oxygenation reactions by active oxygen and oxy-radicals and water oxidation in the native and artificial photosynthesis2021

    • 著者名/発表者名
      Kizashi Yamaguchi, Koichi Miyagawa, Hiroshi Isobe, Mitsuo Shoji, Takashi Kawakami, Shusuke Yamanaka
    • 雑誌名

      Advances in Quantum Chemistry

      巻: 84 ページ: -

    • DOI

      10.1016/bs.aiq.2021.10.001

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 化学反応における対称性の破れの理論(11):開核分子種のアンソローバル及びアイソスピン類似に基づく酸化反応解析2021

    • 著者名/発表者名
      山口兆, 庄司光男, 磯部寛, 川上貴資, 宮川晃一, 中嶋隆人
    • 雑誌名

      豊田研究報告

      巻: 74 ページ: 132-152

    • 査読あり
  • [学会発表] 高原子価Mn三核錯体([Mn3(IV)O4]4+)の電子状態と磁気的相互作用に関するCASCI-DMRG法による解析2022

    • 著者名/発表者名
      川上 貴資・土川 真理恵・鳥居 真人・宮川 晃一・山中 秀介・奥村 光隆・中嶋 隆人・山口 兆
    • 学会等名
      第102日本化学会春季年会
  • [学会発表] Mn三核錯体(YMn3O4)での電子状態と磁気的相互作用に関するCASCI-DMRG,-QMC法による解析2021

    • 著者名/発表者名
      川上 貴資・土川 真理恵・鈴木 雄太・宮川 晃一・山中 秀介・奥村 光隆・中嶋 隆人・山口 兆
    • 学会等名
      分子科学会
  • [学会発表] Mn三核錯体(YMn3O4)の競合する磁気的相互作用経路に関するhybrid DFT法およびCASCI-DMRG法による解析2021

    • 著者名/発表者名
      川上貴資、土川真理恵、鈴木雄太、宮川晃一、山中秀介、奥村光隆、中嶋隆人、山口兆
    • 学会等名
      コンピュータ化学会

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公開日: 2022-12-28  

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