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2021 年度 実施状況報告書

X線結晶学による甲殻類急性ウイルス血症の感染機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 20K06238
研究機関大阪大学

研究代表者

鈴木 守  大阪大学, 蛋白質研究所, 准教授 (40280507)

研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2023-03-31
キーワードX線結晶構造解析 / 甲殻類急性ウイルス血症
研究実績の概要

甲殻類急性ウイルス血症は、エビの養殖において最も甚大な被害が報告されている疾病であり、White Spot Syndrome Virus(WSSV)の感染により発生する。エビが感染すると3~10日のうちに100%死に至る。ウイルスがいったん養殖場に入り込んでしまうと、ウイルスを排除するためには、現状そこで飼育しているエビを全て廃棄するしかなく、有効な予防・防御方法が求められている。本申請では、感染に関係すると考えられるWSSVのVP37および感染関連分子群の立体構造をX線結晶構造解析により決定し、感染メカニズムを分子構造レベルで理解することを目的としている。
今年度は、VP37X線結晶構造解析に成功したKEK-Photon Factory のビームラインBL-17Aにおいて、低温窒素ガス気流下、検出器としてPilatus 6Mを用いて回折データを取得した。弱い硫黄信号による異常信号の改善と、試料吸収の長波長化によるデータ品質の低下との良い妥協点を達成するために、ネイティブデータでは波長0.98A、S-SAD位相決定用には2.00Aを用いた。1°の振動と1秒の露光時間で、ネイティブデータ用の360枚の回折像と位相決定用の5400枚の回折像を測定した。すべての回折データは、XDSを使用してインデックス付けと積分を行った。位相決定は、タンパク質中に含まれる硫黄原子を用いたSAD法によって行った。0.98 Aの波長で収集されたネイティブデータの高解像度データセットを用いて最終構造(2.51A)を得た。構造は、8本鎖のβバレルフォールドであった。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

分解能2.51AでVP37のX線結晶構造解析に成功した。

今後の研究の推進方策

得られた構造をもとに機能解析を目指す。

次年度使用額が生じた理由

コロナ禍の影響で実験室立ち入り制限等で実験および出張等がができなかったため、執行計画を達成できなかった。

  • 研究成果

    (9件)

すべて 2022 2021 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (3件) (うち国際共著 1件、 査読あり 3件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (5件)

  • [国際共同研究] King Mongkut's University of Technology/Synchrotron Light Research Institute/Mahidol University(タイ)

    • 国名
      タイ
    • 外国機関名
      King Mongkut's University of Technology/Synchrotron Light Research Institute/Mahidol University
    • 他の機関数
      1
  • [雑誌論文] Microcrystal preparation for serial femtosecond X-ray crystallography of bacterial copper amine oxidase2021

    • 著者名/発表者名
      Murakawa Takeshi、Suzuki Mamoru、Arima Toshi、Sugahara Michihiro、Tanaka Tomoyuki、Tanaka Rie、Iwata So、Nango Eriko、Tono Kensuke、Hayashi Hideyuki、Fukui Kenji、Yano Takato、Tanizawa Katsuyuki、Okajima Toshihide
    • 雑誌名

      Acta Crystallographica Section F Structural Biology Communications

      巻: 77 ページ: 356~363

    • DOI

      10.1107/S2053230X21008967

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystal structure of the C-terminal domain of envelope protein VP37 from white spot syndrome virus reveals sulphate binding sites responsible for heparin binding2021

    • 著者名/発表者名
      Somsoros Wasusit、Sangawa Takeshi、Takebe Katsuki、Attarataya Jakrada、Wongprasert Kanokpan、Senapin Saengchan、Rattanarojpong Triwit、Suzuki Mamoru、Khunrae Pongsak
    • 雑誌名

      Journal of General Virology

      巻: 102 ページ: -

    • DOI

      10.1099/jgv.0.001611

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Capturing structural changes of the S<sub>1</sub> to S<sub>2</sub> transition of photosystem II using time-resolved serial femtosecond crystallography2021

    • 著者名/発表者名
      Li Hongjie et al.
    • 雑誌名

      IUCrJ

      巻: 8 ページ: 431~443

    • DOI

      10.1107/S2052252521002177

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] ヤマブシタケ由来RNase He1の3’-GMP複合体のX線結晶構造解析2022

    • 著者名/発表者名
      小林弘子、寒川 剛 武部克希 元吉尚美、板垣正、鈴木守
    • 学会等名
      日本薬学会第142年会
  • [学会発表] COMT(カテコールO-メチル基転移酵素)-新規阻害剤の複合体の構造解析: Opicaponeは基質(SAM), 生成物(SAH)とも安定な複合体を形成する2022

    • 著者名/発表者名
      武部 克希、桑田(楠瀬) 隆生、鈴木 守、髙宮 知子、鵜澤 成一、飯島 洋
    • 学会等名
      日本薬学会第142年会
  • [学会発表] 賦活化化合物によるCOMTの生成物阻害の解除機構:結晶構造解析による検討2022

    • 著者名/発表者名
      飯島 洋、武部 克希、桑田(楠瀬) 隆生、鈴木 守、髙宮 知子、鵜澤 成一
    • 学会等名
      日本薬学会第142年会
  • [学会発表] 化膿レンサ球菌の不活性型ヒアルロン酸分解酵素の結晶構造解析と活性型変異体の構造予測2021

    • 著者名/発表者名
      東 孝太郎, 山口 雅也,中田 匡宣,武部 克希,住友 倫子,鈴木 守,川端 重忠
    • 学会等名
      第63回歯科基礎医学会学術大会
  • [学会発表] 二液混合シリアルフェムト秒結晶構造解析による酵素反応及び構造変化追跡2021

    • 著者名/発表者名
      南後恵理子、Fangjia Luo、木村哲就 、菅原道泰、中根崇智 、鈴木守 、桝田哲哉 、溝端栄一、登野健介、岩田想
    • 学会等名
      日本結晶学会令和3年度年会

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公開日: 2022-12-28  

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