マイトファジーは不要なミトコンドリアを隔離、分解する。分裂酵母の網羅的探索より、マイトファジーに必須のミトコンドリアタンパク質Atg43とAtg44を同定した。Atg43は外膜に局在し、隔離膜上のAtg8と結合することでミトコンドリアに隔離膜を安定化させることを見出した。一方、Atg44は膜間腔に存在し、その欠損はミトコンドリアの形態異常を引き起こすが、過剰発現はミトコンドリアの断片化をもたらした。したがって、Atg44はミトコンドリアの分裂を促進し、隔離膜に収納可能な断片を生成すると考えられる。以上より、隔離膜のリクルートとミトコンドリア分裂が、マイトファジーの主要なプロセスといえる。
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