2022 年度研究成果報告書

Characterizing the mechanism of chromatin remodeling by molecular dynamics simulations

研究課題

研究課題/領域番号	20K06587
研究種目	基盤研究(C)
配分区分	基金
応募区分	一般
審査区分	小区分43040:生物物理学関連
研究機関	京都大学
研究代表者	Brandani Giovanni 京都大学, 理学研究科, 特定講師 (70869073)
研究期間 (年度)	2020-04-01 – 2023-03-31
キーワード	nucleosome sliding / all-atom MD simulation / string method / twist defects
研究成果の概要	私たちの核内の DNA はタンパク質に包まれてヌクレオソームと呼ばれる複合体を形成しており、その構造と動態は遺伝情報の処理に大きな影響を与えます。本研究では、ヌクレオソームの分子動力学を個々の原子レベルで可視化するコンピューターシミュレーションを実行しました。私たちのシミュレーションにより、DNAへのアクセスを制御する重要なプロセスであるゲノムに沿ったヌクレオソームの運動の分子機構が明らかになり、ヌクレオソーム内のタンパク質-DNA相互作用の高い可塑性が強調されました。
自由記述の分野	chromatin
研究成果の学術的意義や社会的意義	Chromosomes inside our nucleus are not just a passive containers of genetic information: their structure and dynamics have great effect on many cellular processes. Our research used computer simulations to reveal how subtle molecular motions of chromosomes control the access to the genetic material.