| 研究課題/領域番号 |
20K06609
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 審査区分 |
小区分43060:システムゲノム科学関連
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| 研究機関 | 京都大学 |
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研究代表者 |
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| 研究期間 (年度) |
2020-04-01 – 2023-03-31
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| キーワード | bioinformatics / gene expression / gene co-expression / data normalization / batch effect correction / database |
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| 研究成果の概要 |
ヒトおよびマウスの様々な組織と細胞種から得られた大規模なRNA-seqデータを用いて、高品質な遺伝子共発現ネットワークの生成を目的としたデータ処理ワークフローの包括的な評価を行った。その結果、できるだけ多くのRNA-seqサンプルの収集、Upper Quartileの正規化、バッチ効果の修正が重要であることが明らかになった。最適な処理ワークフローを使用することで、高品質の遺伝子発現データセットが得られ、他のバイオインフォマティクス解析をサポートする事例を提供した。最後に、このヒトおよびマウスの遺伝子発現と共発現データから新たな知見を見出せるよう共発現ネットワークのデータベースを作成している。
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| 自由記述の分野 |
bioinformatics
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| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
Gene co-expression is widely used for the prediction of gene functions and regulatory mechanisms. We here showed how gene expression data can be processed to obtain high-quality co-expression values. This will contribute to improved bioinformatics analyses and new insights into gene regulation.
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