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2023 年度 実績報告書

陸上植物において側生葉状器官の獲得を可能にした根幹原理の探索と解析

研究課題

研究課題/領域番号 20K06682
研究機関東京大学

研究代表者

中山 北斗  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 助教 (30610935)

研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2024-03-31
キーワード葉 / 発生 / 進化 / 多様性 / シロイヌナズナ / アンボレラ / 被子植物
研究実績の概要

本研究計画では、被子植物において葉の獲得を可能にした分子機構を世界に先駆けて明らかにすることを目的とした。具体的には、これまでその詳細が全くの謎であった葉の獲得を可能にした分子機構を、進化学的観点から複数の植物を選択し、分子生物学的手法、インフォマティクスなどを駆使して明らかにする計画として本研究計画を申請した。
2022年度までに、現存する被子植物の系統樹の中で最基部に位置し、単葉を形成するアンボレラ(Amborella trichopoda)、そして同じく単葉で最も研究の進んだモデル植物であるシロイヌナズナ(Arabidopsis thaliana)の二種の茎頂と葉原基を用いてbulk RNA-seqを行ない、マーカー遺伝子の発現解析やgene co-expression networkの構築、それらの比較解析を行なった。 比較の結果、単葉をもつアンボレラとシロイヌナズナの2種の葉原基の遺伝子発現プロファイルは、系統的に離れた2種であっても、その基本的な部分に関しては類似していることが明らかになった。
最終年度である2023年度は、その類似した葉の発生に関わる遺伝子の獲得時期をphylostratigraphic解析により推定したところ、その多くの遺伝子の起源は植物が陸上に進出する以前に獲得されていたことが示唆された。このデータについては、国際共同研究強化(A)に採択されたため、University of California, DavisのNeelima Sinha教授の元で行なった。
以上のことから、アンボレラとシロイヌナズナの2種が属する被子植物における単葉の発生プログラムは、被子植物の基部において、その基本的な部分はすでに確立していたことが示唆された。また、被子植物の葉の発生に関わる遺伝子の多くは、葉の獲得よりも以前にすでに存在していたことが示唆された。

  • 研究成果

    (13件)

すべて 2024 2023

すべて 雑誌論文 (7件) (うち国際共著 5件、 査読あり 6件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (6件) (うち国際学会 2件、 招待講演 2件)

  • [雑誌論文] A chromosome-level genome assembly for the amphibious plant Rorippa aquatica reveals its allotetraploid origin and mechanisms of heterophylly upon submergence2024

    • 著者名/発表者名
      Sakamoto Tomoaki、Ikematsu Shuka、Nakayama Hokuto、Mand?kov? Terezie、Gohari Gholamreza、Sakamoto Takuya、Li Gaojie、Hou Hongwei、Matsunaga Sachihiro、Lysak Martin A.、Kimura Seisuke
    • 雑誌名

      Communications Biology

      巻: 7 ページ: -

    • DOI

      10.1038/s42003-024-06088-7

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Leaf form diversity and evolution: a never-ending story in plant biology2024

    • 著者名/発表者名
      Nakayama Hokuto
    • 雑誌名

      Journal of Plant Research

      巻: - ページ: -

    • DOI

      10.1007/s10265-024-01541-4

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Dancing in the sun: maize azimuthal canopy re-orientation for efficient light capture2024

    • 著者名/発表者名
      Jhu Min-Yao、Nakayama Hokuto
    • 雑誌名

      The Plant Cell

      巻: - ページ: -

    • DOI

      10.1093/plcell/koae026

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] How to utilize comparative transcriptomics to dissect morphological diversity in plants2023

    • 著者名/発表者名
      Li Siyu、Nakayama Hokuto、Sinha Neelima R.
    • 雑誌名

      Current Opinion in Plant Biology

      巻: 76 ページ: 102474~102474

    • DOI

      10.1016/j.pbi.2023.102474

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Regulatory Genes in Plant Development: Homeobox2023

    • 著者名/発表者名
      Nakayama Hokuto、Sinha Neelima R.
    • 雑誌名

      Encyclopedia of Life Sciences

      巻: 3 ページ: 1~9

    • DOI

      10.1002/9780470015902.a0029556

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Evolution of two gene networks underlying adaptation to drought stress in the wild tomato<i>Solanum chilense</i>2023

    • 著者名/発表者名
      Wei Kai、Sharifova Saida、Zhao Xiaoyun、Sinha Neelima、Nakayama Hokuto、Tellier Aur?lien、Silva-Arias Gustavo A
    • 雑誌名

      bioRxiv

      巻: - ページ: -

    • DOI

      10.1101/2023.01.18.524537

    • 国際共著
  • [雑誌論文] Diversity of tomato leaf form provides novel insights into breeding2023

    • 著者名/発表者名
      Nakayama Hokuto、Ichihashi Yasunori、Kimura Seisuke
    • 雑誌名

      Breeding Science

      巻: 73 ページ: 76~85

    • DOI

      10.1270/jsbbs.22061

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Amborella trichopodaとシロイヌナズナのトランスクリプトーム/ゲノムデータを用いた被子植物の葉の獲得に関する進化発生学的研究2024

    • 著者名/発表者名
      中山北斗、塚谷裕一
    • 学会等名
      日本植物生理学会
  • [学会発表] 「UJA留学のすゝめ2023」 日本の科学技術を推進するネットワーク構築2023

    • 著者名/発表者名
      中山北斗
    • 学会等名
      日本分子生物学会
    • 招待講演
  • [学会発表] Toward elucidating the mechanisms of angiosperm leaf evolution2023

    • 著者名/発表者名
      Hokuto Nakayama
    • 学会等名
      Taiwan-Japan Plant Biology
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Crassothonna属(キク科)の多肉葉に見られる細胞サイズの増加は核内倍化と関連する2023

    • 著者名/発表者名
      中山北斗、澤﨑賢斗、ドル有生、古賀皓之、森山安武、塚谷裕一
    • 学会等名
      日本植物学会
  • [学会発表] Investigation of the relationship between petiole formation and the adaxial-abaxial patterning in Arabidopsis2023

    • 著者名/発表者名
      YUJIE ZHAO, 中山北斗, 塚谷裕一
    • 学会等名
      日本植物形態学会
  • [学会発表] Exploring Genetic Regulation of Compound Leaf Development in Eudicots: A Comparative Transcriptomic Approach2023

    • 著者名/発表者名
      Siyu Li, Hokuto Nakayama, Neelima, R., Sinha
    • 学会等名
      The American Society of Plant Biologists
    • 国際学会

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公開日: 2024-12-25  

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