| 研究課題/領域番号 |
20K07318
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| 研究機関 | 公益財団法人佐々木研究所 |
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研究代表者 |
中岡 博史 公益財団法人佐々木研究所, 附属研究所, 部長(移行) (70611193)
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| 研究期間 (年度) |
2020-04-01 – 2023-03-31
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| キーワード | 子宮内膜 / ゲノム解析 / トランスクリプトーム解析 / 体細胞変異 |
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| 研究実績の概要 |
空間的広がりを持つ子宮内膜組織において、癌関連遺伝子変異を保有する上皮細胞がどのように分布しているかを検討するため、子宮内膜組織における区域性を紐づけしたうえで腺管を採取し、体細胞変異プロファイリングを行った。その結果、病理学的に異型や悪性所見が観察されないにも関わらず、全く同じ体細胞変異を保有する上皮細胞からなる腺管が広範囲に分布している症例が認められた。癌関連遺伝子に体細胞変異を有する上皮細胞が月経周期による剥離・脱落・再生を繰り返すうちに、過剰な増殖能を獲得して子宮内膜の広範囲を占有するに至ったのではないかと考えられる。
体細胞変異によって過剰な増殖能を獲得したと考えられる上皮細胞の分子表現型特性について検討するため、体細胞変異プロファイリングを行ったものと同一の腺管からRNAを抽出し、RNA sequencingによるトランスクリプトーム解析を実施した。特に、子宮内膜において広い領域を占有する変異クローン由来の腺管と変異を有さない腺管を解析対象とした。同一個人の子宮内膜から採取した変異クローン由来の腺管と変異を有さない腺管を比較することで、月経周期や生活習慣、個人差の影響を最小限に抑えて、腺管の遺伝子発現パターンを比較することが可能となった。これまでに約300本の腺管について、RNA sequencingを実施することができた。バイオイフォマティクス解析によって、癌関連遺伝子変異を有する腺管と変異を有さない腺管の遺伝子発現パターンの差異について検討を進めている。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
1: 当初の計画以上に進展している
理由
単一腺管シーケンス技術によって、体細胞変異プロファイリングを行ったものと同一の腺管からRNA sequencingによるトランスクリプトーム解析を実施する実験基盤を構築し、これまでに約300本の腺管についてRNA sequencingを行うことができた。バイオインフォマティクス解析の結果も得られており、正常な子宮内膜において増殖している変異クローン由来の腺管の分子表現型特性を捉えることができると期待される。
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| 今後の研究の推進方策 |
クローン性に増殖した同一起源の腺管と変異を有さない腺管について遺伝子発現プロファイルを比較し、顕著な発現量変化を示す遺伝子群を同定する。細胞の過剰増殖を抑える生体防御機構が破綻した状態を特徴づける遺伝子発現パターンを同定するためのバイオインフォマティクス解析を行う。
さらに、単一腺管レベルでATAC-seqを行う。ATAC-seqは、核内に存在する転写因子などの高分子がDNAに近接することができる度合い、すなわち、クロマチン接近可能性を測定し、オープンクロマチン領域を同定するための手法である。
網羅的遺伝子発現解析およびオープンクロマチン領域解析を行うことで、過剰増殖能を獲得した上皮細胞の分子表現型特性について検討し、子宮内膜を起源とする婦人科疾患の発症機序解明を試みる。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
研究代表者は2020年4月より東京の公益財団法人佐々木研究所に異動して研究を開始したが、コロナウイルス蔓延による緊急事態宣言発令などで在宅勤務をしていた期間があり、研究費の執行を始めるのが遅れた。翌年度分と合わせて、次世代シーケンサーを用いたトランスクリプトーム解析に充当する。
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