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2021 年度 実施状況報告書

ドライバー変異が惹起する発癌経路に基づいた血中新規バイオマーカーの探索

研究課題

研究課題/領域番号 20K07671
研究機関医療法人徳洲会札幌東徳洲会病院医学研究所

研究代表者

小野 裕介  医療法人徳洲会札幌東徳洲会病院医学研究所, ゲノム診断研究部, 部門長 (40742648)

研究分担者 水上 裕輔  旭川医科大学, 医学部, 教授 (30400089)
唐崎 秀則  医療法人徳洲会札幌東徳洲会病院医学研究所, がん生物研究部, 客員研究員 (50374806)
研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2023-03-31
キーワードがん早期発見 / リキッドバイオプシー / 遊離核酸 / バイオマーカー
研究実績の概要

1)これまでに血中cfDNAについてのデジタルPCR二次元マルチプレックス展開によるKRAS・GNAS遺伝子の膵癌におけるホットスポット変異(KRASコドン12、GNAS コドン201変異)の同定解析系を構築し、微量組織からの高率な変異検出に成功した。二次元マルチプレックスデジタルPCRの結果についての学術論文を投稿中である。2)血中遊離RNA(cfRNA)の変異解析、および発現プロファイリング解析を行う予備実験として、細胞培養上清より抽出した遊離RNAを疑似検体とした精製・検出プロトコールの検討を行った。疑似検体として細胞培養上清より抽出された遊離RNAを使用し、デジタルPCRを用いたKRAS変異検出を行うための前増幅系を構築した。さらにバイオマーカーの検討として膵癌特異的に発現すると考えられる既知のlncRNAの検出を試みた。さらに、構築した系を用い、血漿cfRNA、その他膵液等の消化液から抽出したRNAについてKRAS、lncRNAの検出量を比較したデータを蓄積している。また、体液あたりの遊離RNAの高品質・高収量をめざし、核酸自動精製装置を含めたRNA抽出の検討を行っている。3)倫理承認済みの臨床研究「血液を使った低侵襲的な癌の診断に関わる研究」において登録された膵癌・IPMN症例の中から特徴的な症例について組織病理像と ターゲットパネルシーケンスによる詳細な組織遺伝子プロファイルを評価した。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

申請時において2021年度には、1)遊離RNAの単離に関する条件検討。2)構築した系を用いて臨床検体を用いたcfRNAの解析
を2点が大きな計画であり、上記概要にて述べたように、それぞれの点について実験・評価が進展している。

今後の研究の推進方策

cfRNAの精製に関しては解析可能な収量が得られる系が構築されたものの、量的比較・低頻度のターゲット検出にはさらに
検討が必要と考えられ、条件検討を継続していく。
また、ゲノム編集により取得した膵癌細胞株における RNA-seqを実施し、その結果変動が大きな遺伝子について培養上清・血漿cfDNAでの検出と比較解析を進める。膵癌特異的なNon-codingのRNAバイオマーカー候補 についてもcfRNAからの検出を引き続き検討する。

次年度使用額が生じた理由

2021年度に予定していた臨床検体の解析は2022年度に重点的に行うことにしため、予算を繰り越した。

  • 研究成果

    (14件)

すべて 2022 2021 2020

すべて 雑誌論文 (9件) (うち査読あり 9件) 学会発表 (3件) 図書 (1件) 産業財産権 (1件)

  • [雑誌論文] Intracholecystic papillary neoplasm arising in the cystic duct and extending into common bile duct: a case report2021

    • 著者名/発表者名
      Iseki Masahiro、Omori Yuko、Ono Yusuke、Mizukami Yusuke、Furukawa Toru、Unno Michiaki et al
    • 雑誌名

      Clinical Journal of Gastroenterology

      巻: 14 ページ: 668~677

    • DOI

      10.1007/s12328-020-01311-4

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Prognostic significance of skeletal muscle decrease in unresectable pancreatic cancer: Survival analysis using the Weibull exponential distribution model2021

    • 著者名/発表者名
      Sato Hiroki、Goto Takuma、Hayashi Akihiro、Kawabata Hidemasa、Okada Tetsuhiro、Takauji Shuhei、Sasajima Junpei、Enomoto Katsuro、Fujiya Mikihiro、Oyama Kyohei、Ono Yusuke、Sugitani Ayumu、Mizukami Yusuke、Okumura Toshikatsu
    • 雑誌名

      Pancreatology

      巻: 21 ページ: 892~902

    • DOI

      10.1016/j.pan.2021.03.002

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Serine/Threonine Kinase 11 Plays a Canonical Role in Malignant Progression of KRAS-mutant and GNAS-wild-type Intraductal Papillary Mucinous Neoplasms of the Pancreas2021

    • 著者名/発表者名
      Omori Yuko、Ono Yusuke、Morikawa Takanori、Motoi Fuyuhiko、Higuchi Ryota、Yamamoto Masakazu、Hayakawa Yuko、Karasaki Hidenori、Mizukami Yusuke、Unno Michiaki、Furukawa Toru
    • 雑誌名

      Annals of Surgery

      巻: Publish Ahead of Print ページ: -

    • DOI

      10.1097/sla.0000000000004842

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Monitoring epidermal growth factor receptor C797S mutation in Japanese non-small cell lung cancer patients with serial cell‐free DNA evaluation using digital droplet PCR2021

    • 著者名/発表者名
      Ariyasu Ryo、Uchibori Ken、Sasaki Takaaki、Tsukahara Mika、Kiyotani Kazuma、Yoshida Ryohei、Ono Yusuke、Kitazono Satoru、Ninomiya Hironori、Ishikawa Yuichi、Mizukami Yusuke、Yanagitani Noriko、Fujita Naoya、Nishio Makoto、Katayama Ryohei
    • 雑誌名

      Cancer Science

      巻: 112 ページ: 2371~2380

    • DOI

      10.1111/cas.14879

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The feasibility of circulating tumor DNA analysis as a marker of recurrence in triple-negative breast cancer2021

    • 著者名/発表者名
      Okazaki Satoshi、Sasaki Takaaki、Yasuda Shunsuke、Abe Masahiro、Yoshida Nana、Yoshida Ryohei、Ishibashi Kei、Minami Yoshinori、Okumura Shunsuke、Chiba Shinichi、Takei Hidehiro、Hayashi Ryusuke、Nagato Toshihiro、Kobayashi Hiroya、Sugitani Ayumu、Ono Yusuke、Mizukami Yusuke、Kitada Masahiro、Ohsaki Yoshinobu
    • 雑誌名

      Oncology Letters

      巻: 21 ページ: -

    • DOI

      10.3892/ol.2021.12681

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Pathways for the development of multiple epithelial types of intraductal papillary mucinous neoplasm of the pancreas2021

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi Toshikazu、Omori Yuko、Ono Yusuke、Karasaki Hidenori、Mizukami Yusuke、Makino Naohiko、Motoi Fuyuhiko、Unno Michiaki、Ueno Yoshiyuki、Furukawa Toru
    • 雑誌名

      Journal of Gastroenterology

      巻: 56 ページ: 581~592

    • DOI

      10.1007/s00535-021-01783-2

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A Case of Adult Pancreatoblastoma With Novel APC Mutation and Genetic Heterogeneity2021

    • 著者名/発表者名
      Suemitsu Yamato、Ono Yusuke、Mizukami Yusuke、Ye Juanjuan、Yamakawa Keiko、Takamoto Takeshi、Nakano-Narusawa Yuko、Mukai Yuri、Takamatsu Manabu、Nakazawa Atsuko、Mino-Kenudson Mari、Kumasaka Toshio、Matsuda Yoko
    • 雑誌名

      Frontiers in Oncology

      巻: 11 ページ: -

    • DOI

      10.3389/fonc.2021.725290

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Case Report: A Rare Case of Esophagogastric Junctional Squamous Cell Carcinoma After the Successful Treatment of Neuroendocrine Carcinoma: Clonal Tumor Evolution Revealed by Genetic Analysis2021

    • 著者名/発表者名
      Sato Hiroki、Ono Yusuke、Mizukami Yusuke、Okumura Toshikatsu et al
    • 雑誌名

      Frontiers in Genetics

      巻: 12 ページ: -

    • DOI

      10.3389/fgene.2021.608324

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Long Non-Coding RNAs in Epithelial-Mesenchymal Transition of Pancreatic Cancer2021

    • 著者名/発表者名
      Takahashi Kenji、Taniue Kenzui、Ono Yusuke、Fujiya Mikihiro、Mizukami Yusuke、Okumura Toshikatsu
    • 雑誌名

      Frontiers in Molecular Biosciences

      巻: 8 ページ: -

    • DOI

      10.3389/fmolb.2021.717890

    • 査読あり
  • [学会発表] 分子バーコードを用いた 十二指腸液由来核酸の変異解析 -より高濃度の変異検出をターゲットとした 膵癌リキッドバイオプシー-2022

    • 著者名/発表者名
      小野 裕介、前田 知歩、高橋 賢治、唐崎 秀則、水上 裕輔
    • 学会等名
      第6回 Liquid Biopsy研究会
  • [学会発表] 分子バーコードを用いた十二指腸液由来核酸の変異解析 -より高濃度の変異検出をターゲットとした膵癌リキッドバイオプシー--2021

    • 著者名/発表者名
      小野 裕介、前田 知歩、高橋 賢治、唐崎 秀則、水上 裕輔
    • 学会等名
      第80回 日本癌学会 学術総会
  • [学会発表] 臨床残余検体を用いた遺伝子変異検出のためのマルチプレックスデジタルPCR前増幅法の確立2021

    • 著者名/発表者名
      前田 知歩、小野 裕介、高橋 賢治、水上 裕輔
    • 学会等名
      第80回 日本癌学会 学術総会
  • [図書] がんゲノム病理学2021

    • 著者名/発表者名
      田中伸哉、西原広史 (小野担当:分担執筆, 範囲:第3章 ゲノムにおける解析手法 V.リキッドバイオプシー)
    • 総ページ数
      234
    • 出版者
      文光堂
    • ISBN
      978-4-8306-0485-0
  • [産業財産権] 遺伝子解析用サンプルの製造方法2020

    • 発明者名
      水上裕輔、小野裕介、林明宏
    • 権利者名
      水上裕輔、小野裕介、林明宏
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      特願2020-217083

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公開日: 2022-12-28  

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