2022 年度研究成果報告書

ロングリードシーケンサーを用いた筋強直性ジストロフィー2型伸長リピート構造の解明

研究課題

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研究課題/領域番号	20K07740
研究種目	基盤研究(C)
配分区分	基金
応募区分	一般
審査区分	小区分51030:病態神経科学関連
研究機関	自治医科大学
研究代表者	松浦徹自治医科大学, 医学部, 教授 (90402560)
研究期間 (年度)	2020-04-01 – 2023-03-31
キーワード	筋強直性ジストロフィー2型 (DM2) / 非翻訳領域リピート病 / 次世代シーケンサー / ハプロタイプ解析 / 伸長リピート内シーケンス / DNA メチル化
研究成果の概要	本研究ではナノポア・ロングリードシーケンサーを用いて、従来解析が困難であった筋強直性ジストロフィー2型 (DM2) のCCTGリピート伸長変異の解析を行い、下記の治験を得た。1)　日本人DM2は独自の単一ハプロタイプを共有し、欧米人DM2が共有するハプロタイプと異なっていた。2)　日本人DM2は異なるサイズのリピートを保有し、著明な体細胞モザイクを呈していた。3)　日本人CCTG 伸長リピート変異は、複数のCAGAリピート挿入配列を包含しており、近年欧米DM2で報告された所見と類似していた。4) CCTG正常リピートアリルと伸長リピートアリル間にCpGメチル化程度の相違を認めなかった。
自由記述の分野	神経遺伝学、神経内科学
研究成果の学術的意義や社会的意義	ナノポア・ロングリードシーケンサーを用いて、従来解析困難であった非翻訳領域リピート伸長の一つであるDM2 CCTGリピート伸長変異を解析した。ナノポア・ロングリードシーケンシングは、単一実験でリピート長・リピート内部配列・ハプロタイプ解析・CpGメチル化の同時解析が可能である。本研究は、同手法が伸長リピート変異解析に極めて有用なツールであることを実証した。