1分子シークエンサーを用いたウイルスゲノム解析によるウイルス制御後肝病態の解明

2022 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 20K08281
• 研究機関: 山梨大学
• 研究代表者: 前川 伸哉 山梨大学, 大学院総合研究部, 特任教授 (70397298)
• 研究期間 (年度): 2020-04-01 – 2023-03-31
• キーワード: ウイルスゲノム / 1分子シークエンシング / HCV / HBV / ウイルス制御後の病態進展

研究実績の概要

●肝病態に対するウイルスゲノム変異の関連解析において、HCVあるいはHBVは宿主中でウイルスはゲノムの混在状態(=quasispecies)で存在するが、従来のショートリードシークエンスでは個々のウイルスゲノムの病態への関与は断片的であり、ウイルス全ゲノムからみた解析が望まれていたが、これまでは技術的に困難であった。
● 本年度は、これまでに我々が構築した一分子シークエンサーNanopore にRCA法を導入することにより確立した高精度HCV一分子シークエンスシステムを用いることにより、遺伝子型1型における抗ウイルス薬耐性HCVの出現過程に加え、遺伝子型2型における抗ウイルス薬耐性HCVの出現過程、肝予備能低下(非代償性肝硬変等)に関連して生じるHCV構造蛋白遺伝子の欠損、肝障害の急性増悪に生じて出現する遺伝子変異等について検討を行い、現在これらの解析のまとめを行っている。
●本年度は上記に加え、HBVにおいても、RCA法・nanoporeシークエンシングを導入し、HBV全ゲノムの一分子シークエンスシステムの構築に成功した。肝病態ごとに生じるPreS/S領域あるいはX領域におけるの特徴的な欠損について明らかとしつつある。
●研究期間全体を通じて、HCV、HBV両者において、従来の断片的なウイルスゲノム解析ではなく、高精度なウイルス全ゲノムにわたる一分子シークエンシング解析プラットフォームを構築することに成功、またHCVに関しては型分けを行うためのハプロタイピングシステムを開発した。同システムを用いることにより、ウイルス全ゲノムの観点から多様な病態における病態に関与するウイルスゲノム関与の関わりを検討することが可能となった。

研究成果

• [雑誌論文] Significance of serum IP-10/CXCL10 measurement in predicting post-direct acting antiviral treatment liver function in patients with HCV-decompensated liver cirrhosis. (2023)
  • 著者名/発表者名: Katoh R, Maekawa S, Osawa L, Komiyama Y, Nakakuki N, Takada H, Matsuda S, Muraoka M, Suzuki Y, Sato M, Tatsumi A, Takano S, Fukasawa M, Yamaguchi T, Nakayama Y, Inoue T, Enomoto N.
  • 雑誌名: Hepatol Res 巻: 53 ページ: 280-288
  • 査読あり
• [雑誌論文] Early diagnosis of hepatic inflammation in Japanese nonalcoholic fatty liver disease patients using 3D MR elastography. (2023)
  • 著者名/発表者名: Komiyama Y, Motosugi U, Maekawa S, Osawa L, Nakakuki N, Takada H, Muraoka M, Suzuki Y, Sato M, Takano S, Fukasawa M, Yamaguchi T, Onishi H, Yin M, Enomoto N.
  • 雑誌名: Hepatol Res 巻: 53 ページ: 208-218.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Effect of a combination of pemafibrate and a mild low-carbohydrate diet on obese and non-obese patients with metabolic-associated fatty liver disease. (2023)
  • 著者名/発表者名: Suzuki Y, Maekawa S, Yamashita K, Osawa L, Komiyama Y, Nakakuki N, Takada H, Muraoka M, Sato M, Takano S, Fukasawa M, Yamaguchi T, Funayama S, Morisaka H, Onishi H, Enomoto N.
  • 雑誌名: J Gastroenterol Hepatol 巻: in press ページ: in press
  • DOI: 10.1111/jgh.16154.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Prediction of Therapeutic Response Using Contrast-Enhanced Ultrasound in Japanese Patients Treated with Atezolizumab and Bevacizumab for Unresectable Hepatocellular Carcinoma. (2023)
  • 著者名/発表者名: Takada H, Yamashita K, Osawa L, Komiyama Y, Nakakuki N, Muraoka M, Suzuki Y, Sato M, Takano S, Fukasawa M, Yamaguchi T, Maekawa S, Enomoto N.
  • 雑誌名: Oncology 巻: 101 ページ: 173-184.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Analysis of direct-acting antiviral-resistant hepatitis C virus haplotype diversity by single-molecule and long-read sequencing. (2022)
  • 著者名/発表者名: Yamauchi K, Sato M, Osawa L, Matsuda S, Komiyama Y, Nakakuki N, Takada H, Katoh R, Muraoka M, Suzuki Y, Tatsumi A, Miura M, Takano S, Amemiya F, Fukasawa M, Nakayama Y, Yamaguchi T, Inoue T, Maekawa S, Enomoto N.
  • 雑誌名: Hepatol Commun 巻: 6 ページ: 1634-1651
  • 査読あり