研究課題/領域番号 |
20K08527
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研究機関 | 東京医科大学 |
研究代表者 |
小山 信之 東京医科大学, 医学部, 兼任教授 (30353460)
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研究期間 (年度) |
2020-04-01 – 2023-03-31
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キーワード | 間質性肺炎合併肺癌 / RNA-seq / lncRNA / エクソソーム / バイオマーカー |
研究実績の概要 |
令和3年度では、埼玉医科大学総合医療センター倫理委員会承認後、間質性肺炎合併非小細胞肺癌及び間質性肺炎非合併非小細胞肺癌症例を対象として、各群3例に同意を取得した。各症例に対して外科切除後、間質性肺炎合併非小細胞肺癌の癌及び癌周囲の間質性肺炎組織、間質性肺炎非合併非小細胞肺癌の癌及び癌周囲肺組織を採取した。組織より抽出したRNAの質の問題、組織型および病期等の不一致から、間質性肺炎合併非小細胞肺癌1例、間質性肺炎非合併非小細胞肺癌4例を追加し、同意取得後、組織採取、RNA抽出を行った。最終的には間質性肺炎合併非小細胞肺癌3例、間質性肺炎非合併非小細胞肺癌4例に対して、次世代シークエンサーを用いたRNA-seq解析を行った。現在最終解析中だが、現時点までの解析から各群のlncRNA発現プロファイルのうち、間質性肺炎合併非小細胞肺癌の間質性肺炎組織、癌組織における複数のlncRNA発現が、間質性肺炎非合併非小細胞肺癌の癌組織および周囲の肺組織と比較して共通に変化しており、これらのlncRNA群は本研究の目的であるバイオマーカーとなることが期待される。今後はlncRNA群のセットに対してバイオマーカーとしての検証を行うべく、現在進行中の間質性肺炎合併非小細胞肺癌、間質性肺炎非合併非小細胞肺癌、肺癌非合併間質性肺炎の各患者血液中エクソソーム単離・精製およびRNA抽出を終了後、lncRNA発現解析を行う予定としている。 令和3年度も新型コロナウイルス感染症流行の遷延により、受診患者数減少が続いたことから、外科切除症例集積の遅延も予想外に遷延した。しかし、令和3年度内に症例集積が完了し、RNA-seq解析に着手して最終解析結果がまもなく得られるため、速やかにlncRNA群セットを同定し、令和4年度には予定していたエクソソーム解析と各lncRNAに対する機能解析を行うことが可能と思われる。
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現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
3: やや遅れている
理由
令和3年度前半までに間質性肺炎合併非小細胞肺癌および間質性肺炎非合併非小細胞肺癌の各群3例以上に対するRNA-seq解析を完了し、目的とするlncRNA群セットを同定して、機能解析、エクソソーム中のlncRNA発現解析を開始する予定だった。しかし、埼玉医科大学総合医療センター倫理委員会承認後も新型コロナ感染症流行の遷延から、間質性肺炎合併非小細胞肺癌のみならず、間質性肺炎非合併非小細胞肺癌も症例の集積が予測通りに進まなかった。その後、呼吸器外科の協力もあり、症例の集積が進んだが、臨床検体採取後、抽出したRNAの質、組織型および病期等の不一致から、症例の追加集積が必要となった。結果として、令和3年度内には、間質性肺炎合併非小細胞肺癌4例、間質性肺炎非合併非小細胞肺癌7例の計11例を集積するに至り、同意を得て組織を採取後、RNA抽出を行った。最終的にはRNAを抽出した11例中、間質性肺炎合併非小細胞肺癌3例、間質性肺炎非合併非小細胞肺癌4例を本研究の解析対象として、RNA-seq解析を行った。現在最終解析中ではあるが、間質性肺炎非合併非小細胞肺癌の癌組織および周囲の肺組織で複数のlncRNA発現に有意な変化が見られているため、最終解析結果取得後、エクソソーム解析および機能解析に向けた研究対象lncRNA群セットの同定を速やかに行うこととしている。 エクソソームに関する解析については、すでに新型コロナ感染症流行により研究計画を変更して、当初は外科切除検体採取によるRNA-seq解析後に開始する予定だった間質性肺炎合併非小細胞肺癌、間質性肺炎非合併非小細胞肺癌、肺癌非合併間質性肺炎の疾患群各20例に対するエクソソーム解析を令和2年度から開始している。対象症例集積完了後、患者血液中からのエクソソーム単離・精製、RNA抽出を行い、lncRNA群セットに対する発現解析を行う予定としている。
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今後の研究の推進方策 |
埼玉医科大学総合医療センター倫理委員会にて、本研究は速やかに承認された。そのため研究計画通り、令和3年度中にRNA-seq解析を完了して、解析結果からlncRNA発現プロファイルを検出し、間質性肺炎合併非小細胞肺癌の肺癌と間質性肺炎組織に特有のlncRNA発現を同定する予定だったが、新型コロナ感染症流行の遷延に伴う症例集積遅延により、RNA-seq解析の最終結果取得は令和4年5月予定となった。しかしながら、RNA-seq解析後のlncRNA発現プロファイル検出から目的とするlncRNA群の同定に関しては、予定していたソフトウェアの使用のみならず、以前から研究協力ならびに共同研究を行ってきた国立遺伝学研究所、公益財団法人かずさDNA研究所等、他施設から本研究にても協力を得ることになった。特に、かずさDNA研究所ゲノム情報解析施設長の平川英樹博士とは、既に本研究関連で共同研究が行い、研究成果を得ており、本研究も同様の手順で行うことになっているため、当初の予想よりも速やかに目的とするデータを取得することが可能と考えられる。これに伴い、同定したlncRNA群の機能についても迅速かつ的確な予測が可能になると思われ、機能解明の促進が期待できる。 RNA-seq解析から得られたlncRNA発現プロファイルの結果をもとに進めることとしているエクソソーム解析に関しては、令和2年度中より準備を行い、令和3年度から間質性肺炎合併非小細胞肺癌、間質性肺炎非合併非小細胞肺癌、肺癌非合併間質性肺炎の3疾患群各20例を目標に、当該施設倫理委員会承認後、症例の集積を開始している。さらに、令和4年度より新たに研究協力者を加えることとなったため、症例の集積、血液からのエクソソーム単離・精製、エクソソームからのRNA抽出、lncRNA群に対する発現解析を、当初の予測よりも迅速に進めることが可能になると期待できる。
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次年度使用額が生じた理由 |
新型コロナウイルス感染症流行による症例集積遅延から、令和3年度に延期となった間質性肺炎合併非小細胞肺癌と間質性肺炎非合併非小細胞肺癌の外科切除検体からの肺癌組織、間質性肺炎組織、肺癌周囲正常肺組織採取とRNA抽出後のRNA-seq解析に関しては、埼玉医科大学総合医療センター倫理委員会においても速やかに研究が承認された。その一方で、新型コロナ感染症流行の遷延から、症例集積遅延も予想外に続き、RNA-seq解析の最終結果取得が令和4年度5月予定となり、RNA-seq解析に対する支出分が令和4年度に繰り越され、次年度使用額として生じた。しかしながら、令和4年度5月現在行っているRNA-seq解析の最終結果取得後に、今回計上した次年度使用額はRNA-seq解析の費用に予定通り充当されるため、速やかに支出する予定となっており、令和4年度前半に繰り越された次年度使用額の支出は完了する。なお、RNA抽出検体数およびRNA-seq解析検体数が当初の予定よりも多くなったため、次年度使用額は現在行っているRNA-seq解析に対する支出へ、ほぼ完全に充当される予定となっている。残額が生じた場合は、予定されているRNA-seq解析から同定したlncRNA群に対する機能解析で使用する細胞培養液、遺伝子導入およびPCR等に用いる試薬、RNA免疫沈降およびRNA-EMSA等に用いる抗体に充当することとしている。
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