| 研究課題/領域番号 |
20K08716
|
|---|
| 研究機関 | 福島県立医科大学 |
|---|
研究代表者 |
森 努 福島県立医科大学, 看護学部, 准教授 (60244373)
|
|---|
| 研究分担者 |
合山 進 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (80431849)
|
|---|
| 研究期間 (年度) |
2020-04-01 – 2023-03-31
|
| キーワード | 造血器腫瘍 / システム生物学 / ab initio遺伝子軌道法 / long non-coding RNA |
|---|
| 研究実績の概要 |
白血病の病態で重要な役割を持つlncRNAを同定する目的で，informaticな解析を開始した。TCGAに登録された18種の癌種で公開されている全てのmRNAとncRNAの情報をダウンロードし，そこからRNAの発現レベルと，DNAメチル化情報を抽出した。このうち，DNAメチル化情報はひとつの遺伝子当たり10から５０個の数値データが登録されており，その最適な利用法の開発が必要である。現在までにDNAメチル化に関する情報の抽出手段の最適化を行ってきたが，なお改良の余地がある状況である。この改良が完成した後に，ab initio遺伝子軌道法の本計算に入る予定である。この手法は１遺伝子当たり10億回の計算を行う大掛かりなもので，約3ヶ月ほど掛けて遺伝子ネットワークの数値的描出を進める予定である。
|
| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
計算法の構築には試行錯誤を繰り返した結果，完成に近づいてきたから。
|
| 今後の研究の推進方策 |
ab initio遺伝子軌道法の本計算は，２つの方向から進める。①現在のmRNA+lncRNA計算と，②mRNA+mutation+DNA copy number計算。①と②は，それぞれlncRNAと通常遺伝子のmRNAの機能計算を別個に進め，最終的にそれらを結びつける為のものである。既に②については計算法が確立しており，①の計算が終了し次第，統合に入る予定である。その結果を踏まえ，白血病細胞を用いた合山の検討結果との照合に進みたい。
|
| 次年度使用額が生じた理由 |
2020年度は，プログラム作成の第一段階までの開発経費に充てた。
次年度は第二段階の開発経費と，informaticアプリケーションの使用料金に充当する。
|
