Ab initio法を活用した造血系腫瘍におけるlncRNAの統合的機能解析

2023 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 20K08716
• 研究機関: 福島県立医科大学
• 研究代表者: 森 努 福島県立医科大学, 看護学部, 准教授 (60244373)
• 研究分担者: 合山 進 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (80431849)
• 研究期間 (年度): 2020-04-01 – 2024-03-31
• キーワード: 造血器腫瘍 / システム生物学 / ab initio遺伝子軌道法 / long non-coding RNA / 薬剤標的性

研究実績の概要

私たちは実験なしで遺伝子機能を解析する手法の計算方法について特許を取得し（特許第6820621号），ab initio遺伝子軌道法として論文でも公開した。この方法は原理的にはnon-coding RNAに応用できるものである。そこで本法をTCGAのデータベースに適用し，linc RNAとタンパクをコードする遺伝子protein-coding geneとのab initio法による情報解析を行った。
TCGAに登録されたlinc RNAは871種類であるが，その中でprotein-coding geneとの有意な相互作用が検出されたlinc RNAは，最終的に121個であった。それらをab initio機能計算に掛けることでネットワーク機能を算出したところ，細胞分裂や癌化に関わる機能を持つことが予測されるものが多数を占めることが判った。個々のlinc RNAの機能解析は，完了次第，個別に公開していく方針である。

研究成果

• [雑誌論文] Alterations of UHRF family Expression and was regulated by High Risk Type HPV16 in Uterine Cervical Cancer (2024)
  • 著者名/発表者名: Yoshimoto Masafumi、Tokuda Aoi、Eguchi Ayami、Nozawa Yoshihiro、Mori Tsutomu、Yaginuma Yuji
  • 雑誌名: Experimental Cell Research 巻: 437 ページ: 114018～114018
  • DOI: 10.1016/j.yexcr.2024.114018
  • 査読あり
• [雑誌論文] Alterations of UHRF Family Expression and UHRF1/ICBP90 Inhibits Phosphatase and Tensin Homolog Expression in Endometrial Cancer (2023)
  • 著者名/発表者名: Yoshimoto Masafumi、Tokuda Aoi、Eguchi Ayami、Nozawa Yoshihiro、Mori Tsutomu、Yaginuma Yuji
  • 雑誌名: Oncology 巻: 101 ページ: 457～468
  • DOI: 10.1159/000531209
  • 査読あり
• [雑誌論文] NIRF研究会報告「情報と確率の等価性原理」 (2023)
  • 著者名/発表者名: 森 努
  • 雑誌名: 福島県立医科大学看護学部紀要 巻: 25 ページ: 31-41
  • オープンアクセス
• [学会発表] 影響力 －その定式化と応用について－ (2023)
  • 著者名/発表者名: 森 努
  • 学会等名: 福島医学会学術研究集会
• [学会発表] 情報と確率の等価性原理 (2023)
  • 著者名/発表者名: 森 努
  • 学会等名: 福島医学会学術研究集会
• [学会発表] Identification of a Novel Immune Checkpoint KYNU by the Ab Initio Genetic Orbital Method (2023)
  • 著者名/発表者名: Tsutomu Mori, Takashi Kawamura, Susumu Goyama
  • 学会等名: 日本癌学会学術総会
  • 国際学会
• [学会発表] Discovery of a Novel Immune Checkpoint KYNU by the Ab Initio Genetic Orbital Method (2023)
  • 著者名/発表者名: Tsutomu Mori, Takashi Kawamura, Susumu Goyama, Tsuyoshi Shirai
  • 学会等名: 日本バイオインフォマティクス学会年会
• [学会発表] Ab initio遺伝子軌道法による新規免疫チェックポイントKYNUの同定 (2023)
  • 著者名/発表者名: 森 努，合山 進
  • 学会等名: 第42回日本トリプトファン研究会学術集会
• [産業財産権] 免疫チェックポイント阻害剤及びスクリーニング方法 (2023)
  • 発明者名: 森 努
  • 権利者名: 福島県立医科大学
  • 産業財産権種類: 特許
  • 産業財産権番号: 特願2023-135357