Curebest 95GCのマイクロアレイ法からRNA-Seq法への移行研究

2022 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 20K08926
• 研究機関: 大阪大学
• 研究代表者: 直居 靖人 大阪大学, 大学院医学系研究科, 招へい教授 (30646211)
• 研究期間 (年度): 2020-04-01 – 2023-03-31
• キーワード: マイクロアレイ / RNA sequence / 多重遺伝子診断法 / 乳癌

研究実績の概要

乳癌の再発予測法の開発は、術後補助化学療法の適応を決定する上で臨床現場のニーズが高い。我々は再発予測精度が高い多重遺伝子診断法として、網羅的遺伝子発現解析用マイクロアレイによる原発巣の95個遺伝子発現値を用いた再発予測法95GC（製品名 Curebest 95GC)を開発し、2013年に実用化し、乳癌診療ガイドライン2015に掲載された。現在、国内121病院にて採用されている。本研究の目的は、Curebest 95GCをマイクロアレイのみならず、RNA-Seqでも解析可能なようにして、発現情報のみならず遺伝子変異、融合遺伝子、スプライスバリアント等の情報も得られる新たな検査法として改良することである。
本研究では最初に32例ペア（マイクロアレイ/RNAseq）のトレーニングセットを対象に、従来のFPKM法に代わり、マイクロアレイと相関性が高くなるような新規のRNA-Seq発現量算出法を開発し、Curebest 95GCをマイクロアレイからRNA-Seqへ再現性高く移行する方法を決定した。
次に117例ペアの独立したValidation setを対象に、95GCスコア（再発Lowリスク群：0-50、再発Highリスク群：51-100）の相関性を検証したところ、R=0.94と高い相関性を確認する事ができた。これをもって95GCのマイクロアレイからRNAseqへのプラットフォーム移行は可能であると考えられた。
現在、RNAseq DATAを対象に変異解析を試みているものの、RNAseqにおける数億に及ぶ膨大な配列情報を100人分以上解析するには、大阪大学のスーパーコンピューターを用いても2カ月程度かかり、途中のトラブルもあり難渋している。これら解析が終了し、当初の目的である遺伝子変異、融合遺伝子、スプライスバリアント等の情報も得られることを確認してから論文発表予定である。

研究成果

• [雑誌論文] Validation of the prognosis of patients with ER positive, HER2 negative and node negative invasive breast cancer classified as low risk by Curebest 95GC Breast in a multi institutional registry study (2023)
  • 著者名/発表者名: YASUTO NAOI1, RYO TSUNASHIMA2, KENZO SHIMAZU3, MASAHIRO OIKAWA4, SEIICHI IMANISHI5, HIROSHI KOYAMA6, YOSHIHIKO KAMADA7, KAZUHIRO ISHIHARA8, MASAHIKO SUZUKI9, TOMO OSAKO10, TAKAYUKI KINOSHITA11, AKIHIKO SUTO12, SEIGO NAKAMURA13, HITOSHI TSUDA14 and SHINZABURO NOGUCHI15
  • 雑誌名: ONCOLOGY LETTERS 巻: 25 ページ: 1-7
  • DOI: 10.3892/ol.2023.13794
  • 査読あり / オープンアクセス
• [学会発表] 閉経期乳癌の治療 (2023)
  • 著者名/発表者名: 直居 靖人
  • 学会等名: 日本乳癌学会2023シンポジウム
  • 招待講演
• [学会発表] 95GCを用いた乳癌オーダーメイド医療 (2022)
  • 著者名/発表者名: 直居靖人
  • 学会等名: 日本乳癌学会2022シンポジウム
  • 招待講演