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2022 年度 実績報告書

グラフ構造に対する実用的な最適化・列挙アルゴリズムの理論設計と実装開発

研究課題

研究課題/領域番号 20K11691
研究機関京都大学

研究代表者

永持 仁  京都大学, 情報学研究科, 教授 (70202231)

研究分担者 Shurbevski A  京都大学, 情報学研究科, 助教 (70750230) [辞退]
研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2023-03-31
キーワード離散最適化 / グラフ理論 / アルゴリズム / 整数計画法 / 動的計画法
研究実績の概要

情報可視化に応用を持つグラフ描画問題の研究を行い,直線描画,上向き描画を拡張した理論を構成し,その結果の一つとして,1-平面的グラフは常に上向き描画を持つことを証明した.さらに,与えられた埋め込みが1-平面的に再埋め込み可能であるための必要十分条件を求め,線形時間の判定・再埋め込みアルゴリズムを設計した.
各点に属性として幾つかのアイテムが与えられたグラフから共通アイテムの集合が極大となる点の部分集合で連結グラフを誘導するものを列挙する問題は多くの応用を持つが,これに対して多項式遅延アルゴリズムを設計した.
生物進化の系統樹の構築に応用を持つ点対比較可能グラフ(PCG)を特定するための方法を線形計画法の択一定理と整数計画法への定式化を利用することにより構築し,節点数が8であるPCGをすべて特定することに成功した.また,星型PCGについては完全なグラフ論的特徴付けと多項式時間判定法を導き出した.
学習済みの人工ニューラルネットワークを用いて,指定の物性値を有する化学グラフを設計する問題を整数線形計画問題として定式化を行い,整数計画問題を解いて得られた化学グラフの構造異性体を列挙するアルゴリズムの設計を行った.線形回帰にORの線形計画法を組み合わせた新しい学習方法として適応線形回帰(Adjustive Linear Regression)を提案し,多くの物性に対して従来の性能を大きく上回る学習結果を得た.また,木状化学グラフの列挙問題に対して分枝限定法よりも有効に働く動的計画法に基づいたアルゴリズムの設計に成功した.扱える化学グラフの対象を木構造,単環構造,二環構造,一般構造と順に拡大し,提案法の設計能力の高度化を進めることができた.

  • 研究成果

    (9件)

すべて 2023 2022 その他

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 4件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (2件) (うち国際学会 2件) 図書 (1件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Enumeration of support-closed subsets in confluent systems2022

    • 著者名/発表者名
      Kazuya Haraguchi, Hiroshi Nagamochi
    • 雑誌名

      Algorithmica

      巻: 84 ページ: 1279-1315

    • DOI

      10.1007/s00453-022-00927-x

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A new approach to the design of acyclic chemical compounds using skeleton trees and integer linear programming2022

    • 著者名/発表者名
      Fan Zhang, Jianshen Zhu, Rachaya Chiewvanichakorn, Aleksandar Shurbevski, Hiroshi Nagamochi, Tatsuya Akutsu
    • 雑誌名

      Applied Intelligence

      巻: 52 ページ: 17058-17072

    • DOI

      10.1007/s10489-021-03088-6

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] On the enumeration of minimal non-pairwise compatibility graphs2022

    • 著者名/発表者名
      Naveed Ahmed Azam, Aleksandar Shurbevski, Hiroshi Nagamochi
    • 雑誌名

      Journal of Combinatorial Optimization

      巻: 44 ページ: 2871-2892

    • DOI

      10.1007/s10878-021-00799-x

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A novel method for inferring chemical compounds with prescribed topological substructures based on integer programming2022

    • 著者名/発表者名
      Jianshen Zhu, Naveed Ahmed Azam, Fan Zhang, Aleksandar Shurbevski, Kazuya Haraguchi, Liang Zhao, Hiroshi Nagamochi, Tatsuya Akutsu
    • 雑誌名

      IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics

      巻: 19 ページ: 3233-3245

    • DOI

      10.1109/TCBB.2021.3112598

    • 査読あり
  • [学会発表] Adjustive linear regression and its application to the inverse QSAR2022

    • 著者名/発表者名
      Jianshen Zhu, Kazuya Haraguchi, Hiroshi Nagamochi, Tatsuya Akutsu
    • 学会等名
      13th International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms
    • 国際学会
  • [学会発表] Molecular design based on integer programming and quadratic descriptors in a two-layered model2022

    • 著者名/発表者名
      Jianshen Zhu, Naveed Ahmed Azam, Shengjuan Cao, Ryota Ido, Kazuya Haraguchi, Liang Zhao, Hiroshi Nagamochi and Tatsuya Akutsu
    • 学会等名
      The 21st International Conference on Bioinformatics
    • 国際学会
  • [図書] ケモインフォマティクスにおけるデータ解析の進め方と具体的応用法2023

    • 著者名/発表者名
      永持仁(分担執筆)
    • 総ページ数
      -
    • 出版者
      技術情報協会
  • [備考] 京都大学情報学研究科離散数理分野ホームページ

    • URL

      https://www-or.amp.i.kyoto-u.ac.jp/index.html

  • [備考] 化学グラフの構造推定を行う計算プログラムのサイト

    • URL

      https://github.com/ku-dml/mol-infer

URL: 

公開日: 2023-12-25  

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