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2021 年度 実施状況報告書

複雑化合物における簡便な遷移状態計算手法の確立と天然物合成への応用

研究課題

研究課題/領域番号 20K15285
研究機関富山県立大学

研究代表者

深谷 圭介  富山県立大学, 工学部, 助教 (40821575)

研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2024-03-31
キーワード天然物合成 / 計算化学 / 遷移状態
研究実績の概要

本年度は研究課題の2年度目にあたるため、前年度の成果をより発展させた研究に注力した。本研究課題では合成化学者が簡便に扱うことのできる化学計算ツールの開発を一つの目標に掲げている。そこで、まず前年度に作成したプログラムを改良し、より汎用性高く簡便に扱えるプログラムライブラリとしてまとめた。開発したライブラリ(名称:ACCeL)は、複雑化合物の多配座計算を迅速に処理可能なpythonパッケージとして、Web上で公開した。本プログラム群の簡便さについては、pythonの使用経験がない学生でも2時間程度の講習で使用可能なほどであった。また、本プログラム群を用いて配座探索と遷移状態計算を組み合わせた活性化エネルギー評価プログラムを作成し、天然物の全合成へと応用した。6環性化合物である天然物ナキテルピオシンを全合成するにあたり、そのDE環に相当するインダノンを分子内Diels-Alder反応により構築することとした。すなわち、アルキニルフランの分子内環化付加で生じたオキサビシクロ環を芳香族化してインダノンへと変換する反応を検討した。前年度に、アルキン部分に種々の置換基を有する10以上のDiels-Alder反応モデル基質を仮想的に設計し、作成したプログラムでそれぞれが環化付加する活性化エネルギーを算出した。その結果、トシル体が最適であると判明した。本年度は、実際にそのモデル基質の合成を試みた。トシル体を合成すると、精製段階において環化付加反応が進行し、計算予測の妥当性を実験的に確認した。さらに、本構築法をナキテルピオシンのDE環合成に展開した。出発原料である2-メチル-1,3-シクロヘキサンジオンから5工程を経て環化付加基質への変換したところ、痕跡量ながら望みの環化付加体を確認した。。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

開発したプログラムを合成化学者が簡単に利用可能なライブラリとしてWeb上に公開したことに加えて、ナキテルピオシン全合成に応用して計算予測の実用性を示すことができたことから、おおむね順調に進展していると判断した。

今後の研究の推進方策

ナキテルピオシンの合成研究に注力する。本合成では、環化付加基質の合成過程における1,4-付加反応の立体選択性が課題となっている。そこで不斉1,4-付加反応の適用を検討している。その後は、ナキテルピオシンの有する官能基を順次導入する予定である。また、開発した活性化エネルギー評価プログラムについては、分子間反応の計算など、さらに適用範囲を広げた利用を可能とするための改良を加える。

  • 研究成果

    (17件)

すべて 2022 2021 その他

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件) 学会発表 (12件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Kumemicinones A-G, Cytotoxic Angucyclinones from a Deep Sea-Derived Actinomycete of the Genus <i>Actinomadura</i>2022

    • 著者名/発表者名
      Zhang Zhiwei、In Yasuko、Fukaya Keisuke、Yang Taehui、Harunari Enjuro、Urabe Daisuke、Imada Chiaki、Oku Naoya、Igarashi Yasuhiro
    • 雑誌名

      Journal of Natural Products

      巻: 85 ページ: 1098~1108

    • DOI

      10.1021/acs.jnatprod.1c01205

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Nomimicins B-D, new tetronate-class polyketides from a marine-derived actinomycete of the genus <i>Actinomadura</i>2021

    • 著者名/発表者名
      Zhang Zhiwei、Zhou Tao、Yang Taehui、Fukaya Keisuke、Harunari Enjuro、Saito Shun、Yamada Katsuhisa、Imada Chiaki、Urabe Daisuke、Igarashi Yasuhiro
    • 雑誌名

      Beilstein Journal of Organic Chemistry

      巻: 17 ページ: 2194~2202

    • DOI

      10.3762/bjoc.17.141

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Development of a Chiral N-Alkoxyamide Strategy and Application to the Asymmetric Total Synthesis of Fasicularin2021

    • 著者名/発表者名
      Sato Takaaki、Minamikawa Ryo、Fukaya Keisuke、Kobayashi Akihiro、Komiya Yukinori、Yamamoto Shio、Urabe Daisuke、Chida Noritaka
    • 雑誌名

      Synthesis

      巻: 53 ページ: 4621~4635

    • DOI

      10.1055/a-1561-7815

    • 査読あり
  • [学会発表] DFT計算による反応設計を鍵としたナキテルピオシンDE環の合成研究2022

    • 著者名/発表者名
      松雪洋恵、深谷圭介、占部大介
    • 学会等名
      日本薬学会第142年会
  • [学会発表] ent-ホルモサリドAの合成研究2022

    • 著者名/発表者名
      占部大介、茂住梨紗、駒津 友美、深谷圭介
    • 学会等名
      日本薬学会第142年会
  • [学会発表] Pseudosporamideの合成研究2022

    • 著者名/発表者名
      桂川美咲、深谷圭介、占部大介
    • 学会等名
      日本農芸化学会2022年度大会
  • [学会発表] Palau'amineの合成研究2022

    • 著者名/発表者名
      藤野雄大、深谷圭介、占部大介
    • 学会等名
      日本農芸化学会2022年度大会
  • [学会発表] アンフィジノリドMのC16-C26フラグメントの合成研究2022

    • 著者名/発表者名
      渡辺颯太、深谷圭介、占部大介
    • 学会等名
      日本農芸化学会2022年度大会
  • [学会発表] ナキテルピオシンの合成研究:計算支援による合成経路設計2021

    • 著者名/発表者名
      松雪洋恵、深谷圭介、占部大介
    • 学会等名
      2021年度有機合成化学北陸セミナー
  • [学会発表] アンフィジノリドMの合成研究2021

    • 著者名/発表者名
      渡辺颯太、深谷圭介、占部大介
    • 学会等名
      2021年度有機合成化学北陸セミナー
  • [学会発表] Pseudosporamideの合成研究2021

    • 著者名/発表者名
      桂川美咲、深谷圭介、占部大介
    • 学会等名
      2021年度有機合成化学北陸セミナー
  • [学会発表] ベラトリジンの合成研究2021

    • 著者名/発表者名
      塩野啓太、深谷圭介、占部大介
    • 学会等名
      2021年度有機合成化学北陸セミナー
  • [学会発表] 計算化学を利用したオンデマンド環状ペプチド触媒の開発2021

    • 著者名/発表者名
      甲斐瑛歩、深谷圭介、占部大介
    • 学会等名
      2021年度有機合成化学北陸セミナー
  • [学会発表] ホルモサリド類の合成研究2021

    • 著者名/発表者名
      茂住梨紗、駒津友美、深谷圭介、占部大介
    • 学会等名
      第63回天然有機化合物討論会
  • [学会発表] 海洋細菌が生産する新規アルカノイルイミダゾール類およびキノロン類の構造2021

    • 著者名/発表者名
      Md Rokon Ul Karim、Amit Raj Sharma、Agus Trianto、Mada Triandala Sibero、赤坂和昭、尹康子、深谷圭介、占部大介、春成円十朗、奥直也、五十嵐康弘
    • 学会等名
      第63回天然有機化合物討論会
  • [備考] 生物有機化学講座

    • URL

      https://www.pu-toyama.ac.jp/BR/urabe/

  • [備考] ACCeL

    • URL

      https://github.com/kfchem/accel

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公開日: 2022-12-28  

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