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2022 年度 実施状況報告書

複雑化合物における簡便な遷移状態計算手法の確立と天然物合成への応用

研究課題

研究課題/領域番号 20K15285
研究機関富山県立大学

研究代表者

深谷 圭介  富山県立大学, 工学部, 助教 (40821575)

研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2024-03-31
キーワード天然物合成 / 計算化学 / 遷移状態
研究実績の概要

本研究課題では有機合成化学者が簡便に扱うことのできる計算化学ツールの開発を目標の1つに掲げている。この目標に対して、前年度までに多配座解析処理プログラムACCeLを開発・公開(https://accel.kfchem.dev/)している。本年度は、開発したプログラムの改良と、その応用展開に注力した。ACCeLは配座異性体の一括処理を前提としたPythonライブラリであり、各種計算化学ソフトウェアの入力ファイル作成、実行、出力ファイル解析を簡便に実施することができる。本年度、多くの改良をACCeLに加えたことにより、低い学習コスト、高い汎用性、高度な計算自動化能力を有する強力な計算化学ツールとなり、本研究課題の標的とする反応性予測以外にも様々な応用が可能となった。ACCeL(開発段階のプログラム群を含む)を利用した関連研究は複数の学会や論文で報告した。本年度、DFT計算に基づく新規天然物の構造推定に関連する5報の論文を報告した。ACCeLの配座異性体を効率的に扱うことのできる特徴を最大限に活用することで迅速な構造決定が可能であった。また、天然物合成における反応機構解析として、2報の論文を報告した。これらの報告により、本研究課題で開発したACCeLの汎用性と有用性を示すことができた。また、本研究課題の開始当初から着手しているナキテルピオシンの合成研究については、その検討の一部を論文として報告した。今後は、ACCeLを用いた簡便な遷移状態計算プロトコルを実践的に活用し、天然物の合成研究における研究成果を目指したい。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

3: やや遅れている

理由

本年度は、本研究課題を通して開発したACCeLを大幅に改良することができ、実際の天然物合成での利用に十分な性能が備わったと考えている。一方で、昨年度に本年度の課題とした、ナキテルピオシン環化付加基質の合成過程における1,4-付加反応の立体選択性については未だ解決できておらず、合成研究においてやや遅れが生じている。

今後の研究の推進方策

次年度は、本研究課題の最終年度にあたるため、これまでの研究成果をまとめ、論文化することに注力したい。

  • 研究成果

    (26件)

すべて 2023 2022 その他

すべて 雑誌論文 (8件) (うち査読あり 8件) 学会発表 (16件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Species-specific secondary metabolism by actinomycetes of the genus Phytohabitans and discovery of new pyranonaphthoquinones and isatin derivatives2023

    • 著者名/発表者名
      Triningsih Desy W.、Harunari Enjuro、Fukaya Keisuke、Oku Naoya、Urabe Daisuke、Igarashi Yasuhiro
    • 雑誌名

      The Journal of Antibiotics

      巻: 76 ページ: 249~259

    • DOI

      10.1038/s41429-023-00605-2

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Total Synthesis and Anti-inflammatory Activity of Stemoamide-Type Alkaloids Including Totally Substituted Butenolides and Pyrroles2022

    • 著者名/発表者名
      Soda Yasuki、Sugiyama Yasukazu、Sato Shunsei、Shibuya Kana、Saegusa Junya、Matagawa Tomoe、Kawano Sayaka、Yoritate Makoto、Fukaya Keisuke、Urabe Daisuke、Oishi Takeshi、Mori Kento、Simizu Siro、Chida Noritaka、Sato Takaaki
    • 雑誌名

      Synthesis

      巻: 55 ページ: 617~636

    • DOI

      10.1055/a-1941-8680

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Krasilnikolides A and B and Detalosylkrasilnikolide A, Cytotoxic 20-Membered Macrolides from the Genus <i>Krasilnikovia</i>: Assignment of Anomeric Configuration by <i>J</i>-Based Configuration Analysis2022

    • 著者名/発表者名
      Lu Shiyang、Zhou Tao、Fukaya Keisuke、Harunari Enjuro、Oku Naoya、Urabe Daisuke、Igarashi Yasuhiro
    • 雑誌名

      Journal of Natural Products

      巻: 85 ページ: 2796~2803

    • DOI

      10.1021/acs.jnatprod.2c00781

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Cyclic enaminones and a?4-quinazolinone from an unidentified actinomycete of the family Micromonosporaceae2022

    • 著者名/発表者名
      Triningsih Desy W.、Zhou Tao、Fukaya Keisuke、Harunari Enjuro、Oku Naoya、Urabe Daisuke、Igarashi Yasuhiro
    • 雑誌名

      The Journal of Antibiotics

      巻: 75 ページ: 610~618

    • DOI

      10.1038/s41429-022-00558-y

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Catellatolactams A?C, Plant Growth-Promoting Ansamacrolactams from a Rare Actinomycete of the Genus <i>Catellatospora</i>2022

    • 著者名/発表者名
      Liu Chang、Zhang Zhiwei、Fukaya Keisuke、Urabe Daisuke、Harunari Enjuro、Oku Naoya、Igarashi Yasuhiro
    • 雑誌名

      Journal of Natural Products

      巻: 85 ページ: 1993~1999

    • DOI

      10.1021/acs.jnatprod.2c00331

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Stereocontrolled Synthesis of C20<i>S</i>-C26 and C20<i>R</i>-C26 Fragments of Amphidinolide L2022

    • 著者名/発表者名
      Koizumi Jun、Tanaka Kaoru、Fukaya Keisuke、Urabe Daisuke
    • 雑誌名

      The Journal of Organic Chemistry

      巻: 87 ページ: 11185~11195

    • DOI

      10.1021/acs.joc.2c01497

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Marinoquinolones and Marinobactoic Acid: Antimicrobial and Cytotoxic <i>ortho</i>-Dialkylbenzene-Class Metabolites Produced by a Marine Obligate Gammaproteobacterium of the Genus <i>Marinobacterium</i>2022

    • 著者名/発表者名
      Ul Karim Md. Rokon、Fukaya Keisuke、In Yasuko、Sharma Amit Raj、Harunari Enjuro、Oku Naoya、Urabe Daisuke、Trianto Agus、Igarashi Yasuhiro
    • 雑誌名

      Journal of Natural Products

      巻: 85 ページ: 1763~1770

    • DOI

      10.1021/acs.jnatprod.2c00281

    • 査読あり
  • [雑誌論文] RCM approach to the CDE-tricyclic structure of nakiterpiosin2022

    • 著者名/発表者名
      Matsuyuki Yoe、Fukaya Keisuke、Urabe Daisuke
    • 雑誌名

      Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry

      巻: 86 ページ: 832~836

    • DOI

      10.1093/bbb/zbac061

    • 査読あり
  • [学会発表] ピロールイミダゾールアルカロイド類の合成研究2023

    • 著者名/発表者名
      藤野雄大、深谷圭介、占部大介
    • 学会等名
      日本薬学会第143回年会
  • [学会発表] ent-カウレンの合成研究2023

    • 著者名/発表者名
      阪野奨太、深谷圭介、占部大介
    • 学会等名
      日本農芸化学会2023年度大会
  • [学会発表] イノールを用いた脱芳香族的転位反応の開発2023

    • 著者名/発表者名
      田中芳、深谷圭介、占部大介
    • 学会等名
      日本農芸化学会2023年度大会
  • [学会発表] ベラトリジンABC環部の合成研究2023

    • 著者名/発表者名
      塩野啓太、深谷圭介、占部大介
    • 学会等名
      日本農芸化学会2023年度大会
  • [学会発表] 抗トリパノソーマ活性天然物バルビフェラミドの合成研究2023

    • 著者名/発表者名
      甲斐瑛歩、深谷圭介、五十嵐康弘、占部大介
    • 学会等名
      日本農芸化学会2023年度大会
  • [学会発表] 計算化学を利用した天然物の合成研究:多配座計算解析プログラムACCeLとピロールイミダゾールアルカロイド類の合成研究2023

    • 著者名/発表者名
      深谷圭介
    • 学会等名
      日本農芸化学会2023年度大会シンポジウム
  • [学会発表] ピロールイミダゾールアルカロイド類の合成研究2022

    • 著者名/発表者名
      藤野雄大、深谷圭介、占部大介
    • 学会等名
      第48回反応と合成の進歩シンポジウム
  • [学会発表] 多配座解析処理プログラムの開発とNMR計算による天然物の構造解析2022

    • 著者名/発表者名
      深谷圭介
    • 学会等名
      第31回ケムステVシンポ
  • [学会発表] 固相合成法を利用した環状ペプチド触媒の開発2022

    • 著者名/発表者名
      甲斐瑛歩、深谷圭介、占部大介
    • 学会等名
      2022年度有機合成化学北陸セミナー
  • [学会発表] ベラトリジンABC環部の合成研究2022

    • 著者名/発表者名
      塩野啓太、深谷圭介、占部大介
    • 学会等名
      2022年度有機合成化学北陸セミナー
  • [学会発表] ピロールイミダゾールアルカロイド類の合成研究2022

    • 著者名/発表者名
      藤野雄大、深谷圭介、占部大介
    • 学会等名
      2022年度有機合成化学北陸セミナー
  • [学会発表] ent-カウレンジテルペノイド類の合成研究2022

    • 著者名/発表者名
      阪野奨太、深谷圭介、占部大介
    • 学会等名
      2022年度有機合成化学北陸セミナー
  • [学会発表] ホルモサリド類の立体選択的合成研究2022

    • 著者名/発表者名
      伊藤陽奈、茂住梨紗、駒津友美、深谷圭介、占部大介
    • 学会等名
      2022年度有機合成化学北陸セミナー
  • [学会発表] イノールを用いた脱芳香族的転位反応の開発2022

    • 著者名/発表者名
      田中芳、深谷圭介、占部大介
    • 学会等名
      2022年度有機合成化学北陸セミナー
  • [学会発表] 分子内鈴木カップリングを鍵としたPseudosporamideの合成研究2022

    • 著者名/発表者名
      菊田依乃、桂川美咲、深谷圭介、占部大介
    • 学会等名
      2022年度有機合成化学北陸セミナー
  • [学会発表] 多配座計算プログラムACCeLの開発と新規天然物の構造解析への応用2022

    • 著者名/発表者名
      深谷圭介、張智偉、劉暢、五十嵐康弘、占部大介
    • 学会等名
      第64回天然有機化合物討論会
  • [備考] 生物有機化学講座

    • URL

      https://www.pu-toyama.ac.jp/BR/urabe/

  • [備考] ACCeL

    • URL

      https://accel.kfchem.dev/

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公開日: 2023-12-25  

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