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2021 年度 実施状況報告書

遊離非定型ユビキチン鎖の物性および細胞内機能解析

研究課題

研究課題/領域番号 20K15757
研究機関京都大学

研究代表者

森本 大智  京都大学, 工学研究科, 助教 (40746616)

研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2023-03-31
キーワードユビキチン / ATP / 非定型鎖
研究実績の概要

(1)ユビキチンとATPとの弱い相互作用の原子レベル解析
細胞内に大量に存在するアデノシン三リン酸 (ATP) は、天然変性タンパク質FUSの凝集を大幅に阻害する効果があると報告された(Patel, et al. Science 2017)。凝集の阻害にはATPとタンパク質との直接的な相互作用が重要であり、この相互作用はある特定のタンパク質に限られたものでは無いことが示唆されるが、詳細な機構はわかっていなかった。本研究では溶液NMR法や等温滴定カロリメトリー法を用いて、ATPとユビキチンとの相互作用を定量的に明らかにした。ATPはユビキチンの柔軟または疎水性の高い領域に弱く相互作用することがわかった。この相互作用はタンパク質の水和状態を変化させ、自己会合や凝集を阻害することが示唆された。本研究で得られた結果をまとめ、学術論文として発表した(Nishizawa, Morimoto, et al. JACS 2021, 143, 31, 11982-11993)。
(2)環状ユビキチン鎖の作製と物性の評価
本研究では、ユビキチン鎖が関与する液液相分離を詳細に解明するため、さまざまなユビキチン鎖、特に研究があまり進んでいない非定型のユビキチン鎖を試験管内で作製し、液滴形成能を検証することを目指している。本年度では、作製が困難なK48結合型の環状ユビキチン鎖を高純度かつ大量に試料調製し(Sorada, Morimoto, et al. BBRC 2021, 562, 12, 94-99)、直鎖状のユビキチン鎖と異なる物性を示すことを見出した。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

研究は順調に遂行し、遊離非定型ユビキチン鎖の物性解析の基盤を構築できている。新型コロナウイルス感染症の影響で発注した物品が年度内に納品されず繰越ならびに延長申請をおこなった。

今後の研究の推進方策

2021年度で開発した環状ユビキチン鎖の調製方法ならびに2020年度に確立した非定型ユビキチン鎖の調製方法を用いて、結合様式や長さに応じた構造学的ならびに液滴形成能といった物理的性質を明らかにする。

次年度使用額が生じた理由

新型コロナウイルス感染症の影響で、予定していた物品の納期が遅れたため。また、研究室内に貯蔵していた試薬を使用することで予定していた実験を遂行することができたため。

  • 研究成果

    (6件)

すべて 2022 2021

すべて 雑誌論文 (6件)

  • [雑誌論文] Structural Insights into Methylated DNA Recognition by the Methyl-CpG Binding Domain of MBD6 from <i>Arabidopsis thaliana</i>2022

    • 著者名/発表者名
      Mahana Yutaka、Ohki Izuru、Walinda Erik、Morimoto Daichi、Sugase Kenji、Shirakawa Masahiro
    • 雑誌名

      ACS Omega

      巻: 7 ページ: 3212~3221

    • DOI

      10.1021/acsomega.1c04917

  • [雑誌論文] Multiple-State Monitoring of SOD1 Amyloid Formation at Single-Residue Resolution by Rheo-NMR Spectroscopy2021

    • 著者名/発表者名
      Iwakawa Naoto、Morimoto Daichi、Walinda Erik、Shirakawa Masahiro、Sugase Kenji
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 143 ページ: 10604~10613

    • DOI

      10.1021/jacs.1c02974

  • [雑誌論文] Backbone resonance assignments of the A2 domain of mouse von Willebrand factor2021

    • 著者名/発表者名
      Morimoto Daichi、Osugi Masanori、Mahana Yutaka、Walinda Erik、Shirakawa Masahiro、Sugase Kenji
    • 雑誌名

      Biomolecular NMR Assignments

      巻: 15 ページ: 427~431

    • DOI

      10.1007/s12104-021-10041-8

  • [雑誌論文] Effects of Weak Nonspecific Interactions with ATP on Proteins2021

    • 著者名/発表者名
      Nishizawa Mayu、Walinda Erik、Morimoto Daichi、Kohn Benjamin、Scheler Ulrich、Shirakawa Masahiro、Sugase Kenji
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 143 ページ: 11982~11993

    • DOI

      10.1021/jacs.0c13118

  • [雑誌論文] Expression, solubility monitoring, and purification of the co-folded LUBAC LTM domain by structure-guided tandem folding in autoinducing cultures2021

    • 著者名/発表者名
      Walinda Erik、Morimoto Daichi、Sorada Tomoki、Iwai Kazuhiro、Sugase Kenji
    • 雑誌名

      Protein Expression and Purification

      巻: 187 ページ: 105953~105953

    • DOI

      10.1016/j.pep.2021.105953

  • [雑誌論文] Rigorous analysis of the interaction between proteins and low water-solubility drugs by qNMR-aided NMR titration experiments2021

    • 著者名/発表者名
      Hirakawa Takuya、Walinda Erik、Morimoto Daichi、Sugase Kenji
    • 雑誌名

      Physical Chemistry Chemical Physics

      巻: 23 ページ: 21484~21488

    • DOI

      10.1039/D1CP03175A

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公開日: 2022-12-28  

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