| 研究課題/領域番号 |
20K16440
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| 研究機関 | 大阪大学 |
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研究代表者 |
堀江 真史 大阪大学, 医学系研究科, 准教授 (60732659)
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| 研究期間 (年度) |
2020-04-01 – 2023-03-31
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| キーワード | ELF3 / 肺小細胞癌 / マスター転写因子 / 個別化医療 / エピゲノム / ATAC-seq / CUT&Tag |
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| 研究実績の概要 |
本年度はCUT＆Tagアッセイの実験系の構築を行った。CUT&Tagとは、Cleavage Under Targets and Tagmentationの略で、ChIP-seqよりより簡便、高感度でシーケンスコストを抑えられる近年注目されている実験系である。肺小細胞癌細胞株・DMS53を中心とした数種類の細胞株に対して、ヒストン3種類（プロモーター：H3K4me3, エンハンサー：H3K27ac, リプレッサー：H3K27me3）のCUT&Tagアッセイを行った。pilot的に行っていたChIP-seqのデータから想定されていた通り、ELF3のゲノム領域周辺にH3K4me3とH3K27acのピークがしっかり出現していることが確認できた。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
エピゲノム解析実験系のコアとなるATAC-seqとCUT&Tagの安定した実験系の構築が完了した。
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| 今後の研究の推進方策 |
最終年度はRNA-seqによるトランスクリプトーム、ATAC-seqとCUT&Tagアッセイによるエピゲノム解析の統合を行い、ELF3による転写制御の全貌を描出する。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
購入を予定していた物品が納期に間に合わなかったため。
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