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外界から皮膚を守る皮膚バリア機能に生まれつき障害を有する，遺伝性角化異常症において，皮膚細菌叢（マイクロバイオーム）が与える影響に着目した。遺伝性角化異常症患者の皮膚では，健常人の皮膚と比較して，バリア機能の障害から皮膚炎を起こしやすく，細菌の侵入が容易となるため皮膚感染症に罹患しやすい。本研究では遺伝性角化異常症において，16SrRNA解析の手法を用いて皮膚マイクロバイオームの解析を行うことで，細菌叢特異的治療法の開発に直結する基礎的データを得ることを目的とする。
過去に名古屋大学医学部付属病院皮膚科で遺伝子変異を同定し，遺伝子診断がついている遺伝性角化異常症患者を中心に，患者の皮膚を滅菌綿棒（スワブ）で擦過するスワブ法を用いて，皮膚表面の細菌を採取した。検体の採取は，皮膚炎の起きている時期と炎症の治まっている時期，患部と健常部など，複数個所から複数回にわたり，採取を行った。採取した検体は速やかに冷却し，DNAを抽出する。マイクロバイオームの解析方法としては，微生物間で高度に保存されている領域（16SリボゾームRNA（16S rRNA）遺伝子）の16Sアンプリコンの配列データをシークエンスした。次世代シーケンサーはMiSeqを用いて，シークエンスを行った。細菌叢全体の遺伝子情報を解明することで，病型や臨床症状に応じた細菌叢構成の違いや特徴を解明する。患者の皮膚バリア破綻の指標としては，Transepidermal Water Loss（TEWL）を用いた。角層の脂質の構成を評価するためには，セロテープを使用して角層の採取を行う，テープストリッピング法を用いた。
昨年度は、これまでの研究期間に採取した皮膚細菌叢の検体につき、一昨年に条件検討を行ったDNA抽出方法で、DNA抽出を行った。得られたDNAを用いて、MiSeqで16S rRNA解析を行い、菌叢解析を行った。
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