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消化管間質腫瘍(GIST)は原因遺伝子変異が同定されている疾患(c-kit遺伝子やPDGFRA遺伝子の突然変異)であり、さらに治療耐性獲得時には特定の部位に二次遺伝子変異が起こることが明らかにされている。今回、当院にて治療中のGIST患者を対象とし血漿中ctDNAにおける2次遺伝子変異をモニタリングし、治療耐性獲得の早期診断法として確立することを目的とする。最終的には、承認申請用臨床データを取得、企業との共同研究契約のもと、企業連携のうえ体外診断キットとして製造販売、薬事承認申請することを目標としたい。
昨年度は吸水性PVAスポンジ法によるリアルタイムPCRのfeasibility studyを実施した。吸水性PVAスポンジ法を用いたリアルタイムPCRの条件設定を検討し、より安定的で定量性の高いカラム法を開発した。また、実臨床にて多量のサンプルを対象に効率よく測定を実施るための手法としてダイレクト法を開発した。
今年度はさらに、健常人やGIST患者、がん患者の血液サンプルを用いて、既存のcfDNA測定キットと比較してPVAスポンジ法（カラム法）によるcfDNA回収効率の優位性を示すとともに、いくつかのサイズのサンプルcfDNAを用いてサイズによらずPVAスポンジ法によりcfDNAの回収測定が可能であることを示した。
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