| 研究課題/領域番号 |
20K17621
|
|---|
| 研究機関 | 九州大学 |
|---|
研究代表者 |
水内 祐介 九州大学, 大学病院, 助教 (20849088)
|
|---|
| 研究期間 (年度) |
2020-04-01 – 2022-03-31
|
| キーワード | scRNAseq / 大腸癌 / 腸内細菌叢 / 微小環境 |
|---|
| 研究実績の概要 |
近年、大腸癌（結腸癌、直腸癌）に対する効果的な薬物療法が創出され、生存率は改善しつつあるが、2017 年の大腸癌死亡者数は肺癌に次いで第2位となっており依然予後不良な疾患である。腫瘍の不均一性が腫瘍の生物像を決定しており、治療抵抗性に関わっていると考えられている。また、近年大腸癌をはじめとする消化器癌においてMicrobiomeの組成が発癌に関与するという報告がなされた。このMicrobiome自体も非常に不均一な集団であることがわかってきている。本研究の目的は、scRNAseq解析及びMicrobiome解析を用いて大腸癌組織での細菌叢も含めた周囲微小環境の機能的なheterogeneityを明らかにすることで、これまで見出せなかった発癌・治療抵抗性に関わる新規の細胞集団や微小環境中の相互作用を同定することである。
本年度は大腸癌患者より糞便採取を行った。抗菌薬使用などで腸内細菌叢の変化が疑われる患者は除外し、サンプル採取に適正と思われる患者からのみ糞便採取を行っている。また、同時に大腸癌を含む消化器癌より検体採取し、シングルセル解析に必要なサンプル処理の手技の安定を目指した。現在では十分量の単一細胞懸濁液を安定して作成することに成功しており、30例以上のサンプル採取・処理およびNGS解析を行い、。NGS解析後のデータは、Rパッケージ Seuratを用いて単一細胞由来のRNA発現からその細胞集団の特徴や機能に着目し解析を行っている。
|
| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
3: やや遅れている
理由
手術切除標本をもとに十分量の単細胞懸濁液を作成すること、ライブラリー作成を行うこと、それぞれにおいて安定した結果を得ることができるようになり、それらをもとにNGSで得られたデータの解析についても習熟してきている。術前の抗菌薬使用など、サンプル採取の対象として不適切と判断される症例も多く、症例の蓄積がまだ不十分である。
|
| 今後の研究の推進方策 |
サンプル採取に適した症例を選別し、糞便採取・解析および手術検体のシングルセル処理・解析をすすめる。解析にて治療抵抗性や癌免疫寛容などに関わる特定の機能を持つ細胞集団（あるいは細菌種）が同定できれば、同定した細胞集団と癌細胞との相互作用や、細胞集団が癌細胞の進展に及ぼす影響をin vitro, in vivo実験を行いさらに解明する。
|
| 次年度使用額が生じた理由 |
サンプル採取に適した症例の選別のため症例の蓄積が不十分であり、研究計画がやや遅れているため。次年度はシングルセル解析用の試薬、受託解析費に使用する予定である。
|
