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近年、大腸癌（結腸癌、直腸癌）に対する効果的な薬物療法が創出され、生存率は改善しつつあるが、2017 年の大腸癌死亡者数は肺癌に次いで第2位となっており依然予後不良な疾患である。腫瘍の不均一性(heterogeneity)が腫瘍の生物像を決定しており、治療抵抗性に関わっていると考えられている。また、近年大腸癌をはじめとする消化器癌においてMicrobiomeの組成が発癌に関与するという報告がなされた。このMicrobiome自体も非常に不均一な集団であることがわかってきている。本研究の目的は、scRNAseq解析及びMicrobiome解析を用いて大腸癌組織での細菌叢も含めた周囲微小環境の機能的なheterogeneityを明らかにすることで、これまで見出せなかった発癌・治療抵抗性に関わる新規の細胞集団や微小環境中の相互作用を同定することである。
本年度は大腸癌患者より糞便採取を行った。抗菌薬使用などで腸内細菌叢の変化が疑われる患者は除外し、サンプル採取に適正と思われる患者からのみ糞便採取を行っている。また、同時に大腸癌を含む消化器癌より検体採取し、scRNAseqに必要なサンプル処理を施行した。現在、単一細胞懸濁液作成の主義は安定しており、50例以上のサンプル採取・処理およびNGS解析を行った。NGS解析後のデータは、Rパッケージ Seuratを用いて、単一細胞由来のRNA発現からその細胞集団の特徴や機能に着目した解析、細胞の分化の方向性をみる疑似系譜解析、細胞間相互作用の解析等を行っている。
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