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PSTT患者から採取した腫瘍組織に対して網羅的RNA解析を行ったところ、既存の分子標的治療薬の候補分子を同定することができた。Microarrayによる網羅的RNA発現の解析データから既存の分子標的治療薬の標的となる分子のRNA発現の検討を行った。またそれらのRNA発現をRT-PCRで確認後、候補分子の選択を行った。RNA発現の確認ができた分子については、病理検体を用いて抗体による免疫組織染色法にて蛋白発現とその様式を観察したところ、いくつかの候補を得ることができた。
一方、PSTTとETTのそれぞれの組織と正常組織から抽出したDNAを次世代シークエンサーでエクソームシーケンス解析する計画については、半分父方由来の遺伝情報を含有する特性から、通常のがん組織解析とは異なる解析の立案が必要であった。より解析精度を上げる目的で、腫瘍組織のSingle cell analysisを目指し、条件検討を行った結果、腫瘍のsingle cell isolationに成功した。
当該single cellに対して全ゲノム解析を行った結果、腫瘍進展に関わるゲノム変化がいくつかピックアップされたため、同部に対してGene ontology、Enritchment解析や、候補遺伝子に対してのPathway解析などを通じて、癌化ならびに腫瘍進展因子の同定を進めている。
今後、腫瘍細胞の全ゲノム解析から得られたデータから、該当遺伝子のノックアウトまたは症例と同様の変異をCRISPR/Cas9ゲノム編集法でEVT前駆細胞の細胞性栄養膜細胞をh-TERT 導入で不死化したSwan71細胞(米国エール大学Gil Mor 博士より供給)に順番に導入して癌化を誘導する方針である。
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